国初循前代之制，以昭文馆、史馆、集贤院为三馆，通名之曰崇文院。直馆至校勘通谓之馆职，必试而后命；不试而命者，皆异恩与功伐，或省府监司之久次者。元丰官制行，尽以三馆职事归秘书省，省官自监少至正字皆为职事官。至元佑中，又举试学士院入等者，命以为校理、校勘，供职秘书省；若秘书省官，则不试而命。至于进擢之异，待遇之渥，资任之优，选除之遴，简书之略，盖不与他司等也。
端拱元年五月辛酉，诏置秘阁于崇文院中堂。按《六典》，秘书省中外三阁，掌典图书，古今文字皆在禁中。两汉或徙金马门外，历代不常其处。唐季乱离，中原多故，儒雅之风，几将坠地。故百王之书，荡然散失，兰台延阁，空存名号。上崇尚儒术、屡下明诏，访求羣书，四方文籍，往往而出，未数年间，已充牣于书府矣。至是，乃于史馆建秘阁，仍选三馆书万余卷以实其中，及内出古画墨迹藏其中。凡史馆先贮天文、占候、谶纬、方术书五千十二卷，图画百十四轴，尽付秘阁。有晋王羲之、献之、庾亮、萧子云、唐太宗、明皇、颜真卿、欧阳询、柳公权、怀素、怀仁墨迹，顾恺之画维摩诘像、韩干马、薛稷鹤、戴崧牛及近代东丹王李赞华千角鹿、西川黄筌白兔，亦一时之妙也。
淳化元年八月，李至等言：「王者藏书之府，自汉置未央宫，即麒麟、天禄阁在其中。命刘向、扬雄典校，皆在禁中，谓之中书，即内库书也。东汉藏之东观，亦在禁中也。至桓帝，始置秘书监掌禁中图书秘记，谓之秘书。及魏分秘书为中书，而秘书监掌艺文图籍之事。后以秘书属少府，故王肃为秘书监，表论不应属少府，以为魏之秘书即汉之东观，因是不属少府。而兰台亦有所藏之书，故薛夏云兰台为外台，秘书为内阁。然则秘阁之书，藏之于内明矣。晋、宋以还，皆有秘阁之号，故晋孝武好览文艺，敕秘书郎徐广典秘书阁，辑四部三万余卷。宋谢灵运为秘书监，补秘阁之遗逸。齐末兵火延烧秘阁，经籍遗散。梁江子一亦请归秘阁观书。隋写秘阁之书，分为三品，于观文殿东西廊贮之。然则秘阁之设，其来久矣。及唐开元五年，亦于干元殿东廊写四库书以充内库，命散骑常侍褚无量、秘书监马怀素总其事。至十三年，乃更为集贤殿，因置集贤书院。虽沿革不常，然秘阁之书皆置于内也。自唐室陵夷，中原多故，经籍文物，荡然流离，近及百年，斯道几废。国家承衰弊之末，复兴经籍，三馆之书，访求渐备。馆内复建秘阁，以藏奇书，总羣经之博要，资乙夜之观览，斯实出于宸心，非因羣下之议也。况睿藻宸翰，盈编积简，则其奥秘非复与羣司为比。然自建置之后，寒暑再周，顾其官司，未详所处。乞降明诏，令与三馆并列。至于高下之次，先后之称，亦昭示明文，着为定式。其秘书省既无书籍，原隶京百司，诸如旧制。」诏曰：「朕肇兴秘府，典掌羣书，仍选名儒，入直于内。文籍大备，粲然可观，处中禁以宏开，非外司之为比。自今秘阁宜次三馆，其秘书省依旧属京百司。」
淳化三年五月，诏增修秘阁。先是，度崇文院之中堂为秘阁之址，而层宇未立，书籍止置偏厅庑内。至是始修之，八月阁成。景德四年五月，诏分内藏西库地广秘阁。
