命門為精血之海，脾胃為水谷之海，均為五髒六腑之根。然命門為元氣之本，為水火之宅，五髒之陰氣非此不能滋，五髒之陽氣非此不能發。而脾胃中州待火能生，然必少陽春氣始于下，則三陽從地起，而後萬物得以化生，豈非命門之陽氣，正為脾胃之母乎？吾故曰︰脾胃為灌注之本，得後天之氣；命門為化生之源，得先天之氣，此中本末固有先後。而東垣曰補腎不若補脾，須知可曰補脾不若補腎，可不辨而明矣。
然命門有火候，即元陽之謂也。稟賦有強弱，元氣有盛衰，陰陽有勝負，病治有微甚，此火候之所宜辨也。蓋一陽之元氣，必自下而升；而三焦之普護，乃各見其候。下焦之候，如地土化生之本也；中焦之候，如灶釜水谷之爐也；上焦之候，如太虛神明之宇也。
地土有肥瘠，而出產異；山川有濃薄，而藏蓄異。聚散操權，總由陽氣，得一分則有一分之用，失一分則有一分之虧。凡壽夭勇怯，精血病治之基，無不由此，元陽之足與不足，以為消長盈縮之主，下焦火候之謂也。
中焦如灶釜者，胃中陽氣，其熱如釜。飲食之滋，本于水谷，食強則體壯，食少則身衰。若灶釜之少一炬則遲化一頃，增一炬則速化一時，火力不到則全然不化。故脾胃之化與不化，及飲食之能與不能，亦總由陽明之氣強與不強，而陰寒之邪有犯與不犯耳。及其既病，則漸痞漸長，或隔或嘔，或膨聚不消，或吞酸噯腐，食氣不變，或腹疼肚痛，終日不饑，或清濁不分，或完谷不化。蓋化則無不營運，不化則無不留滯，營運則為氣為血，留滯則為積為痰。此中焦火候之謂也。
上焦如太虛者，神明根于陽氣，陽氣化為神靈，陽之在下則溫暖，故曰相火以位；陽之在上則昭明，故曰君火以明。是以陽長陰消，五官治而萬類盛。若陽衰陰勝，而陽為陰折，聰明奪而神氣減，此上焦火候之謂也。
夫以三焦論火候，非不各有所司，惟命門實，先天真一之氣藏于坎中，自下而上，與後天胃氣相接，此生生之本也。使真陽不發于淵泉，則總屬無根之火矣。
火而無根，即病氣也，非元氣也。《易》以雷在地下而為復，可見火之標在上，而火之本在下。若使命門陰勝，則元陽畏避，而龍火無藏身之地，游散不歸而為煩熱格陽等證。善治此者，惟從其性，使陽和之氣直入坎中，相求同氣，虛陽歸原矣。故曰甘溫除大熱，正此謂也。昧者不明此理，以虛陽作實熱，不思溫養此火，但知寒涼可以滅火，安望其尚留生意耶？若三焦有客熱邪火，皆凡火耳，固不得不除。而除火何難，本非正氣火候之謂也。
況命門有生氣，即干元不息之機。
不息則惟動惟升，所以陽得生氣；息則惟靜惟降，所以陰得死氣。故干元之氣始于下而盛于上，升則向生；坤元之氣始于上而盛于下，降則向死。此陰陽之歧，相間不過毛發，而終竟遠以千里，故死生之柄，惟此毫厘升降之機耳。譬之水暖則化氣，化氣是升，生也；水寒則成冰，成冰是降，死也。故腎氣獨沉，則奉生者少，即此生氣之理也。
至若人之生氣，無所不在，如髒氣、顏色、聲音、脈息、四肢、二便俱有生氣。生氣即神氣，神自形生，何不可辨？明者察之，孰者能益生氣，孰者能損生氣？或先攻病氣以保生氣，或先固生氣以御病氣。使不有原始要終之明，則是寸光之流耳。
蓋命門有門戶，為一身鞏固之關。經曰︰倉凜不藏者，是門戶不要也︰水泉不止者，是膀胱不藏也。
得守者生，失守者死。又曰︰腎者胃之關也，關門不利，故聚水而從其類。又曰︰黑色通于腎，開竅于二陰。可見北門之主總在乎腎，而腎之政令總在乎命門。
命門司陰陽之柄，陰陽和則出入有常；陰陽病則啟閉無序，故有癃閉不通者，以陰竭水枯，干涸之不行也。有滑泄不禁者，以陽虛火敗，收攝之無主也。陰精既竭，非壯水必不能行；陽氣既虛，非益火必不能固，此治法也。
