凡本院習業分十三科，自御醫以下，與醫土醫生各專一科。
凡本院院使、院判、御醫，日于內府御藥局分兩班輪直供事。
凡醫士俱以父祖世業代補，或令在外訪保醫官、醫士以充，其精通醫術者，本院奏進御藥局供事。
凡收受四方進貢及諸蓄上用藥品，俱于內府收掌供用。藥餌國初令醫官就內局修制。本院官診視御脈，御醫參看校同，會內臣就內局合藥，將藥貼連名封記，具本開瀉本方藥性、治證之法于日用之下，醫官、內臣書名以進，置簿歷，用中書省印合縫進藥。奏本既具，隨即附簿，年月下書名，內臣收掌，以憑稽考。烹調御藥，本院官與內臣監視，每二服合為一服，候熟分為二器，其一器御醫先嘗，次院判，次內臣，其一器進御。
凡各王府差人請醫視疾，本院奉旨差官或醫士往視。若文武大臣及外夷酋長有疾，亦奉旨往視，其治療可否，皆具本覆奏。或軍中缺醫，亦憑總兵巡撫官奏請撥用。
凡醫家子弟，舊例選入本院教習醫術，弘治五年奏復行之，推堪任教師者二三人教習。每季考試，三年或五年堂上官一員同醫官二員考試，通曉本科者收充醫士，食糧當差；未通曉者听令習學一年再試，三試不中者黜之。若五年考試成材多，其教師奏請量加升授。
凡醫士醫生，洪武間各有額數，其後增減不一，俱于本院修合藥餌。若醫官醫士仍差委各處用藥。
東直房（醫士三十六名）安樂堂（醫官三員醫士三十六名）司禮監（醫士二名）書堂（醫士六名）干明門（醫士三名）浣衣局（醫士二名）天壽山（醫士二名）松林靈台（醫士三名）團營（醫官一員醫士十二名）五軍營（醫士三名）三千營（醫士四名）錦衣衛（醫士三名）神機營（醫官一員，醫士四名）府軍前衛（醫士三名）惠民局（醫士三名）會同館（醫士三名）大慈恩寺（醫士三名）宣府（醫士一名）紫荊關（醫士二名）居庸關（醫士一名）龍門千戶所（醫士一名）萬全右衛（醫士一名）懷來衛（醫士一名）山海關（醫士一名）廣寧衛（醫士二名）寺子峪（醫士一名）開原（醫士一名）永寧衛（醫士一名）獨石（醫士一名）倒馬關（醫士一名）白羊口（醫士一名）
凡醫士食糧月支七斗，醫生月支四斗，醫官先年月支二石，弘治間照醫士例止支七斗。
凡各王府缺良醫，從本院推舉醫士，送吏部選用。
凡本院取充醫役者，洪武以來例免原籍民差。弘治二年令御藥局供事者免二丁，本院應役者免一丁。
凡醫官生理殘障，及年七十以上不堪應役者放免。
凡天下歲辦藥材，俱于出產地方派納，永樂以後，例共五萬五千四百七十四斤。成化以來，其數漸增，今共計一十六萬三千五百五十七斤有零，蜈蚣、蛇六十四條，蛤蚧、天雄二十一對，蟲蛀木瓜二十個。
【浙江布政司】三萬一千八百五十一斤七兩，金箔一百八貼，銀箔七十二貼。
【江西布政司】七千五百五十六斤一十二兩。
【湖廣布政司】四千八百四十九斤七兩七錢二分六厘，白花蛇九條，烏蛇十條。
【福建布政司】二千七百六十五斤一兩九錢一分。
【四川布政司】一萬六千四百二十斤八兩，天雄四對。
【廣東布政司】九千九百二十九斤三兩四錢，蛤蚧一十七對。
【廣西布政司】九千七百二十三斤一十兩。
【山西布政司】八千九百五十五斤四錢五分。
【山東布政司】八千七百三十八斤六兩。
【河南布政司】八千六百四十九斤四兩。
【陝西布政司】一萬一千七百四十四斤七兩。
【遼東都司】八百斤。
【應天府】三千六百五十八斤八兩。
【鎮江府】三千七百一十七斤六兩六錢，赤頭蜈蚣四十五條。
【甦州府】一萬八千七十九斤三兩。
【松江府】一千四百四十斤。
【徽州府】九百四十九斤八兩。
【寧國府】四千九百九十四斤一十兩二錢，烏爛蟲蛀下木瓜二十個。
【太平府】一百八十一斤七兩六錢。
【池州府】六百一十三斤。
【鳳陽府】二千七斤。
【揚州府】七百四十五斤三兩二錢。
【淮安府】三千一百二十七斤八兩。
【廬州府】八十五斤一十二兩五錢九分。
【安慶府】四百五十八斤。
【廣德州】六百三十斤。
【滁州】一千五百九十二斤一十一兩二錢五分。
【徐州】六十三斤。
【和州】二百二十三斤一十四兩。
【永平府】二百一十五斤。
【慶州】七百斤。
【保安州】七百斤。
【大名府】一千五十斤。
【河間府】二千一百七十七斤。
【保定府】五十斤。
【真定府】七百六十五斤。
凡天下解納藥材，俱貯本院生藥庫，以御醫二員與大使一員辨驗收放，禮部仍委官一員監收。
至年終照例造冊二本，一留本院備照，一送禮部查考。
凡藥材如丹砂、鹿茸等項，先因在外鎮守等官額外進貢，沿途害人，成化二十三年詔禁止勿進。
凡軍中馬病，本院給與藥餌。
凡天下府州縣舉到醫士，堪任醫官者，俱從禮部送本院考試，仍委該司官一員會考。中者送吏部選用；不中者發回原籍為民，原保官吏治罪。
凡本院合用紙札，俱令府州縣舉到醫士考中者量納應用，後不行，成化十八年奏準仍照舊例。
