10月13日，孫中山到了廣州，陳少白、鄭士良等人也來到廣州。
重陽節前夕，廣州附近的各路隊伍，打著醒目的燈籠，雲集廣州。省城巡防勇丁和城外兵丁的戰斗力很弱。有戰斗力的安勇一部3000人，經過興中會運動，答應起義時反正。珠江中噸位最大的安瀾、鎮濤兩艘軍艦，也由興中會會員程奎光控制，準備響應起義。陳清率領的炸彈隊，在城內要道埋伏。
翌日，天剛黎明，好幾路會黨、綠林、民團首領已經在起義總機關等候命令。他們以“除暴安良”作口號，紅帶纏臂做標志。身藏利器的100多名衛隊戰士，也在起義總機關周圍待命。
等待孫中山下命令，可是，孫中山沒有按時回到起義總機關。
原來，孫中山在自己的住所接到汕頭、西江兩路會黨的報告︰“官軍戒備，無法前進。”他還接到楊衢雲的電報︰“貨不能來，延期兩日。”
孫中山匆匆趕到起義總機關，向陸皓東、陳少白、鄭士良說明情況有變化，商量應急辦法。
陳少白大吃一驚，連忙說︰“凡事過了期，風聲必然走漏，如果硬要發動，一定要失敗的。我們還是暫時把事情壓下去，待以後再說吧！”
這話說得有道理。孫中山當機立斷，把錢分發給各路首領，叫他們回去再听命令。
孫中山意識到形勢必然是越來越危險，他命令戰友們立即離開廣州，走晚了恐怕出不去了。他自己去給楊衢雲發電報︰“貨不要來，以待後命。”
形勢果然發生突變。
當天上午，兩廣總督譚鐘麟接到香港總督密電︰“有人從香港私運武器進入廣州，請留神。”
年邁昏憒的譚鐘麟淡淡一笑，說道︰“英國人連是誰私運武器也沒弄清楚，要我留神，豈非捕風捉影？”
省緝捕統帶李家焯氣喘吁吁地跑來向譚鐘麟報告︰“市面外地人突然大增，行跡可疑，可能是要造反。”
譚鐘麟半信半疑地問道︰“黨首是哪一個？”
“孫文！”
譚鐘麟認識這位名醫孫文，孫文常出入督府給少爺、小姐看病。他不相信孫文會造反，不由仰面哈哈大笑︰“孫乃狂士，好作大言，豈敢造反？”
但譚鐘麟畢竟是個老奸巨滑之徒。他閉目沉思了一會，決定派人暗中監視孫中山，並令軍隊加強巡防。
偵探到了河南瑞華坊，並不知道孫中山的住處，便問在街口閑坐的轎夫︰“孫醫生住在這里嗎？”
轎夫平日與孫中山友好，見來者不善，便佯裝著糊涂︰
“這里只有伊醫生，並沒有孫醫生。”
偵探信以為真，也就走了。
孫中山宛如常日一樣，他和區鳳墀牧師準時赴王煜初牧師娶媳宴會。城內謠言四起，街上兵弁來回不斷。孫中山情知有變，仍然談笑自若，旁若無人。
區鳳墀卻很詫異，問孫中山︰“為什麼今天的兵弁這麼多？”
孫中山微微一笑︰“是來偵探我的行跡的吧！”
區鳳墀大吃一驚，忙回︰“什麼緣故？”
孫中山反問他︰“行人都說我孫文要舉事，你沒有听到嗎？”
譚鐘麟得到飛報，興中會會員朱淇自首告密，他大吃一驚，連忙調兵遣將，把守各處關口、碼頭。
朱淇的哥哥朱湘，是清舉人，主持西關清平局事務，當他知道朱淇名列黨籍，作《討滿檄文》，生怕株連自己，便冒用朱淇名義向李家焯自首告密。
陸皓東得到消息，立即安排機關人員轉移，自己最後離開，走到半路，忽然想起黨員名冊，不知經管的同志是否帶走，決定返回機關尋找。這樣做十分危險，同行的同志極力勸阻他。陸皓東說︰“黨員名冊最重要，如果落人敵手，我們豈不是被一網打盡？我個人即使冒生命危險，也要保全同志，實屬份內的事。”說罷，毅然返回機關。
陸皓東進了機關，迅速緊閉大門，取出黨員名冊燒毀。門外，兵勇果然接踵而來，將機關包圍得水泄不通。待兵勇破門而入，名冊已經燒成灰燼。如釋重負的陸皓東露出欣慰的笑容，從容被捕。
譚鐘麟令南海縣縣衙李征庸審訊陸皓東，妄圖迫使他供出同黨，一網打盡。陸皓東昂首挺立，不跪不拜。他反令李征庸拿紙、筆、墨來。陸皓東奮筆疾書︰“吾姓陸名中桂，號皓東，香山翠微鄉人，年29歲。向居外處，今始返粵，與同鄉孫文同憤異族政府之腐敗專制，官吏之貪污庸懦，外人之陰謀窺伺，憑吊中原，荊榛滿目，每一念及，真不知涕淚之何從也。居滬多年，碌碌無所就，乃由滬返粵，恰遇孫君，客寓過訪。遠別故人，風雨連床，暢談竟夕。吾方以外患之日迫，欲治其標，孫則主滿仇之必報，思治其本，連日辯駁，宗旨遂定，此為孫君與吾倡行排滿之始。蓋務求驚醒黃魂，光復漢族。無奈貪官污吏，劣紳腐儒， 顏鮮恥，甘心事仇，不曰本朝深仁厚澤，即曰我輩踐土食毛。詎知滿清以建州賊種，入主中國，奪我土地，殺我民眾，據我子女玉帛，試思維食誰之毛，誰踐誰之土，揚州十日，嘉定三屠，與夫兩王入粵，殘殺我漢人之歷史尤多，聞而知之，而謂此為恩澤手。要知今日非廢滅滿清，決不足以光復漢族；非誅除漢奸，又不足以廢滅滿清，故吾等尤欲誅一二狗官，以為我漢人當頭一棒。今事雖不成，此心甚慰，但我可殺，而繼我而起者不可盡殺。公羊既歿，九世含冤；異人歸楚，吾說自驗，吾言盡矣，請速行刑。”
李征庸狂施酷刑，陸皓東拒絕供出同黨。鐵釘插入陸皓東的手、足，鑿掉了他的牙齒，鮮血淋淋的他始終堅貞不屈。他橫眉冷對審判官，嘲弄地問︰“你雖然嚴刑加之我身，但我肉痛心不痛，你又奈我如何？”
11月7日，陸皓東在廣州英勇就義，成了中國有史以來為共和革命而犧牲的第一人。
廣州起義失敗後，譚鐘麟發出布告，以懸賞花紅銀1000或數百元緝拿孫中山、楊衢雲、鄭士良等人。
孫中山化裝成商人，鎮定自若地來到水鬼潭埠頭，登上一只事先準備好的小汽艇，輾轉水路，經香山唐家灣到澳門，然後抵香港。
陳少白、鄭士良早已來到香港，他們坐臥不安，憂心如焚。他們听說孫中山已經被捕，一時不知如何是好。孫中山突然出現在他們眼前，使他們驚喜交集，連忙問道︰“你是怎麼逃出來的？”
孫中山放下行李，神秘地笑了笑︰“這個待以後再說，先談談現在我們該怎麼辦。”
大家面面相覷，一時間不知說什麼好。
孫中山想起他的老師康德黎，便去請教。
他向康德黎通報了廣州起義失敗的經過，詢問他們住在這里是否安全。
康德黎听罷，自己也無主意。他沉思一會，說自己不久要回英國，要孫中山去見友人丹尼斯律師。
丹尼斯詳細詢問了情況，覺得這是個棘手的事情。他翻閱了法律書籍，查無案例。他根據自己的經驗勸告孫中山︰“像這樣的事情，我看最有效的安全措施，還是你們馬上遠走高飛為妙。”
孫中山鞠躬致謝，正要告辭，丹尼斯把他叫住，不厭其煩地叮囑他︰“北京的臂膀雖然弱，但仍然是長的。不論你走到世界哪個角落，都必須留心總理衙門的耳目。”
果然不出丹尼斯所料，香港政府在清政府的要求下，宣布五年內禁止孫中山等人入境。
香港既然不是久留之地，三十六計，走為上計。孫中山、陳少白、鄭士良決定立即離開香港。
到哪里去呢？一時間，他們又茫無頭緒。
從報紙上，看到當天晚上有船開赴安南。正是急不擇路的時刻，去安南也未嘗不可，就派人去買船票。怎知，這是艘貨船，不載客人。再去打听，還有一艘“廣島丸”的日本貨船，有4個客位，11月2日啟航日本。再也沒有別的選擇了，他們決定乘坐這艘貨船出走。
孫中山從匯豐銀行里取出300美元，以備東渡之用。時間倉促，也來不及向康德黎老師告別了。
“廣島丸”一出港口，便遇上大風，海浪像山起谷落。
8天之後，“廣島丸”在日本神戶港靠岸。他們踉踉蹌蹌地走上岸來，舉目四望，一切都異常陌生，到了一個使人茫茫然的世界。
孫中山等人從神戶轉到橫濱，在那里見到了陳清、譚發等人，又結識了僑商馮鏡如、馮紫珊兄弟，聯絡了20多位華僑，成立了興中會橫濱分會，馮鏡如任分會長。
孫中山決定到歐美各國向華僑宣傳革命。他先赴美國，爾後去英國。
1896年10月11日，孫中山在倫敦去探望他以前的老師康德黎，在大街上被鄧廷鏗等3個中國人糾纏，以認同鄉為名，拉著孫中山去“吃午飯”。孫中山被他們挾持到一幢房子里，關閉起來。
綁架孫中山的鄧廷鏗是清朝政府駐英公使館三等翻譯。公使龔照瑗在清廷授意下，出7000英鎊的高價，向格來輪船公司租了一艘2000噸位的輪船，造了一只木箱，準備秘密地把孫中山裝進箱內運回國殺害。
孫中山被幽禁在使館三樓的一個有鐵柵的小房間里。他是坐以待斃，還是設法沖破羅網，重獲自由，必須迅速作出選擇。古之成大事者，不惟有超世之才，亦有堅韌不拔之志。危在旦夕的孫中山，決計逃走，不肯坐以待斃。重獲自由的關鍵，在于能傳消息于外，他多次耐心說服常給他打掃衛生的使館英僕賀維太太和清潔工柯爾，暗中給康德黎送信。
康德黎知孫中山被囚禁，四處奔走，積極設法營救。他先後到英國外務部和倫敦警察署、清政府駐英公使館交涉，都無結果。最後，康德黎只得把孫中山被非法誘捕的消息以《可驚可駭之新聞︰革命家被誘禁于倫敦、公使館的拘囚》為題在《地球報》上發表，其他各報紛紛轉載，震動了倫敦的輿論界，引起英國人民對清朝公使極大不滿，公使館門前聚集著數百名示威的群眾，高呼︰“釋放孫逸仙！”一些市民號召搗毀清使館。
英國政府怕引起風潮，派遣代表去清政府使館交涉，首相兼外相沙侯向清使館遞交備忘錄，要求按國際公法和國際慣例，迅速釋放私捕人犯。
清使館不得不把羈壓12天的孫中山釋放。孫中山從使館里走出來的時候，街頭人山人海的群眾向他揮手致敬。孫逸仙的名字傳遍世界，聲名大著。
1897年8月的一天，孫中山在日本橫濱陳少白的寓所，接待了慕名而來的一位日本人宮崎滔天，這位日本人比孫中山小5歲。
他們寒暄之後，宮崎首先發問︰“我早已听說先生以中國為志，希望詳細領教先生的革命宗旨和方法。”
孫中山低頭沉思，徐徐開口︰“我認為，人民自治是政治的極則。因此，我的政治主張是共和主義。”
宮崎急劇地思索著一連串的問題︰這個人能擔起振興中國的重任嗎？他能夠身居4萬萬百姓之上掌握政權嗎？我幫助這個人能夠實現自己的抱負嗎？
宮崎滔天原名寅藏，別號白浪奄滔天，出生在自由民權運動活躍地區的一個“自由民權之家”——日本熊本縣荒尾村一個下級武士的家庭。他少懷大志，早有救世的念頭，對弱肉強食的現狀深惡痛絕，對現今國與國之間的競爭甚為憎厭。目睹當時亞洲大部分國家變成歐美侵略者的殖民地和半殖民地，他曾經希望日本能負起挽救亞洲的責任。可是，明治維新後的日本政府，卻成了歐美列強壓迫中國和亞洲一些國家的伙伴，充當了侵華急先鋒。這樣，他把復興亞洲的希望寄托于中國革命事業。他遍訪才俊之士，終于得遇孫逸仙先生。
孫中山繼續說︰“單就這一點來說，我認為就有責任從事革命。何況清廷執掌政權已經200多年，以愚民政策為要義，以壓榨人民為能事，積弊日深，坐令大好山河陷入任人宰割的境地。有志之士，誰忍袖手旁觀？因此，我輩力量雖小，仍然冒險起事，只是不幸遭受失敗。”
宮崎凝視著孫中山，全神貫注地听下去。
“作為世界上的一個平民和人道主義的維護者，尚且不能坐視，何況我生于此邦，與它直接痛癢相關？我才疏學淺，本不足以擔當大事。然而，現在不是以此重任推給別人，而自己袖手旁觀的時候。”
孫中山一言重于一言，一語熱于一語︰“因此，我才自告奮勇，願為革命的前驅，順應時勢的要求。如果上天庇佑我黨，有豪杰之士前來援助，我立時讓出現在的地位，願效犬馬之勞。如果無人，只好奮力肩此重任。”
這在宮崎听來，仿佛是滾滾的激流，稍遇遏制，頃刻又飛流激濺。
孫中山停頓片刻，又說下去︰“我確信，為了中國蒼生，為了亞洲黃種，更為了世界人類，上天一定會佑助我黨。你們來和我黨締交就是一例。征兆已經出現，我黨一定發憤努力，不負諸位的厚望。也請諸位拿出力量援助我黨，實現我輩的志業。拯救中國4億蒼生，雪除東亞黃種人的恥辱，恢復和維持世界的和平和人道，關鍵在于我國革命的成功，如果中國革命成功，其余問題可迎刃而解。”
宮崎覺得孫中山的話言簡意賅，句句貫義理，語語挾風霜，其中又洋溢著無限的熱清，恰似自然的樂章，革命的旋律，真可謂英雄所見略同。他暗自稱贊︰孫逸仙實在已接近真純的境地。他的思想何其高尚！他的見識何其卓越！他的抱負何其遠大！他的情感又何其懇切！在我國人士中，像他這樣的人究竟能有幾個？他實在是東洋的珍寶。
宮崎從此決定通過協助孫中山實現自己的政治抱負。他心悅誠服，矢志為中國革命事業效力。
翌日，宮崎和友人平山周乘上去東京的列車。
到了東京，他們倆人直奔犬養毅的家門。
犬養毅正在客廳抽煙。一見他們進來，笑著說︰“你們回來了。”
宮崎喜氣洋洋，顯得十分得意︰“犬養君，我們這次不辱使命。”
犬養盤膝而坐，慢條斯理地說︰“有什麼值得這樣高興的呀？”
“我們見到了中國革命黨首領孫逸仙！”
原來犬養毅是日本民黨領袖。松方正義組閣後，犬養毅以在野黨領袖名義推薦平山周和可兒，受外務省委托前往中國南方調查秘密會黨的活動。行前陸軍省參謀部宇都宮太郎少佐告訴他們︰“中國有一個人叫孫文，他是提倡革命的，你們要多注意這個人。”他們在橫濱英文報上看到載有中國革命家孫逸仙的消息，懷疑孫逸仙就是孫文。到了上海，他們在書店里發現孫中山寫的《倫敦蒙難記》，立刻買了一本，讀完之後，才知道孫中山的概況。他們趕快將這本書摘要譯成日文。到了香港，又用了10多天時間，查閱了堆積如山的舊報紙，得到一些有關孫文生平的資料。他們很快將這些資料報告了犬養。
現在，犬養又听了宮崎的報告，喜出望外，問道︰“他在哪里？”
“就在橫濱，我和他談了一整天。你想見見他嗎？”
“這是份大禮物，怎能不會他一面。”
“見面並不困難，只是孫先生的生活還沒有著落。”
“你們可以找平岡浩大郎（日本著名實業家）商量，一兩年生活費用，他是出得起的。”
犬養思索︰麻煩的倒是外務省的態度。他決定到外務省去找外相大畏重信談談。
犬養取得了外相大畏重信的默許，派宮崎和平山專程去橫濱，迎接孫中山來東京相會。
有了犬養、宮崎他們的幫助，孫中山在東京市麴町區平河町五丁目30番地租了一棟房子居住。孫中山以平山語言學教師的名義，由東京府發給“居留地外僑許可證”，準予留居日本。
孫中山通過宮崎和平山周的介紹，不但認識了民黨領袖犬養毅和大畏重信，隨後又結識了萱野長知、頭山滿、平岡浩太郎、山田良政、內田良平、福平誠、宗方小太郎等人。
1899年，孫中山往返于東京、橫濱、長崎等地，宣傳革命，結識同志，為了再次策劃武裝起義，派興中會會員畢永年偕同日人平山周等赴湖南、湖北等地聯絡哥老會，提出興中會和哥老會聯合反清的建議。他們在湖南、湖北對哥老會各首領進行了發動。
孫中山命陳少白、鄭士良等人在香港設立會黨機關，與廣東三合會取得密切聯系。
這年冬季，聯絡會黨的工作基本就緒後，興中會便邀約哥老會、三合會各首領在香港集會，陳少白、鄭士良、楊衢雲、畢永年、楊鴻鈞、李雲彪、張堯卿、宮崎寅藏、平山周等人都出席了會議。
會上，議定綱領三則，歃血為盟，興中、三合、哥老三會結成一個大團體，取名“興漢會”，一致推選孫中山為總會長。
1900年5月的一天，孫中山收到香港陳少白一封信，報告香港議員英籍華人何啟主張革命黨人與李鴻章聯合“改造中國”的獻策，征求孫中山的竟見。
原來，中國的義和團運動蓬勃發展，沉重地打擊了侵華的各國帝國主義，英帝國主義者企圖保持它在長江流域的既得利益，勾結這個地區的軍界、政界頭目，倡議“東南互保”。兩廣總督李鴻章，也表示加入“東南互保”的行列。何啟認為中國瓜分之禍迫在眉睫，主張革命黨與兩廣總督李鴻章聯合，宣傳兩廣自主，保存廣東。他征得英國香港總督卜力的同意，又向陳少白獻策︰首先由革命黨人聯名向卜力提出“改造中國”的方案，請求給予協助，然後由卜力居間撮合。
孫中山既了解李鴻章的為人，又對英國策劃李鴻章同革命黨人“合作救國”的方案抱有懷疑態度。
正在這時，孫中山接到了李鴻章的幕僚劉學詢邀請他來粵的信件︰“傅相因北方拳亂，欲以粵省獨立，思得足下為助，請速來粵協同進行。”
孫中山讀了這封信，不由在房里來回踱步。他頗不信李鴻章能具此魄力，但劉學詢的信又使他不忍放過機會。他想︰
此舉設使有成，亦大局之福，不妨一試。
陳少白根據孫中山的指示，召集在港的興中會骨干草擬了一個方案，署簽孫中山、楊衢雲、陳少白、謝纘泰、鄭士良、鄧蔭南、史堅如、李紀堂8人的名字交給卜力。
卜力馬上指使英國駐廣州領事暗中與李鴻章接洽︰粵省如能毅然向北京政府宣布自主，港督可相機協助，並聯合各國領事一致贊成。
清廷還未陷于絕境。老于世故的李鴻章仍然遲疑觀望，不肯正式表態。
1900年6月9日，孫中山依約與楊衢雲、鄭士良、宮崎、清藤幸七郎、內田良平，乘法國郵船“煙狄斯”號，從橫濱出發，直赴香港。
孫中山在船上同大家研究今後的行動方針。他說︰“在保安條例規定期限內，我不能在香港停留，因此，我們到香港後，內田良平、清藤幸七郎和宮崎上岸辦事，我即去西貢，然後前往新加坡。我們在那里會集，觀察情況，然後決定以後的大計。”
宮崎提出建議︰“現在應該聯合康有為，共同協力辦事。”
康有為和梁啟超因戊戌變法失敗，于1898年秋季流亡日本，通過宮崎和平山的居間聯絡，孫中山等滿腔熱忱地希望聯合康、梁共同反清。孫中山、陳少白同康、梁分別進行了多次會談，但是，由于康、梁堅持保皇立場。談判沒有結果。
對于宮崎的建議，孫中山認為可能性不大，由于大家贊成，也就同意了。
17日，船抵香港海面，李鴻章派“安瀾”號炮艦來接孫中山、楊衢雲。大家對李鴻章不放心，建議改派宮崎、清藤、內田3人作為孫中山的代表，前往廣州談判。
3人上了“安瀾”號炮艦，被接到廣州劉學詢寓所談判。
宮崎提出了保證孫中山生命安全，借款6萬元作為雙方合作的前提條件。劉學詢當即請示了李鴻章。
劉學詢傳李鴻章的話︰“在各國聯軍未攻陷北京之前，傅相不便有所表示。至于借款6萬元，傅相表示同意，先在香港付予一半，希望孫逸仙先生早日前來，共商大事。”
宮崎等人連夜返回香港，孫中山已前往西貢。宮崎他們在香港停留了3天，辦完了事，便赴新加坡。
在新加坡，宮崎準備和康有為談判。不料，康有為懷疑宮崎此行的目的在于行刺，不但避而不見，並向英國殖民當局控告他們。
7月6日，宮崎和清藤被捕入獄。
孫中山來到新加坡，獲悉宮崎、清藤被捕，立即組織營救。英國殖民當局雖然釋放了宮崎、清藤，但卻勒令他們和孫中山立即離開新加坡，5年內不得入境。
孫中山一行離開新加坡返回香港。他們剛剛到達香港海面，便接到香港警署的通知︰孫中山的5年驅逐令尚未滿期，不準登岸。
孫中山在香港港口船上得到李鴻章放棄“兩廣獨立”的計劃，李決定進京。孫、李“聯合救國”成了過眼的雲煙。孫中山決定加緊策劃起義。
入夜，孫中山在船上召開了軍事會議，決定由鄭士良督率黃福、黃耀廷、黃江喜等赴廣東惠州，準備發動起義；史堅如、鄧蔭南赴廣州，組織起事及暗殺機關，以資策應；福平誠在香港主持起義籌備工作，楊衢雲、陳少白、李紀堂在港擔任接濟餉械事務；畢永年再赴長江流域聯系會黨；孫中山同宮崎、清藤則轉回日本折入台灣，待起義發動後再設法潛入內地。
9月18日，孫中山等由神戶經馬關抵台灣，即在台北建立起義指揮中心，招攬了一批軍事人員，等待起義軍進抵廈門時渡海接應。他們與日本的台灣總督兒玉源太郎的代表後藤新平取得聯系，請求支援他們的活動。
