袁世凱認為他做正式總統，是理所當然，勢在必得；國民激進派認為，若袁世凱爬上正式總統寶座，就會覆轍重蹈，那絕對不行；國民黨穩鍵派的不少人也開始感到︰袁世凱實在是不可教誨，但究竟是否讓袁世凱做正式總統，卻處在舉棋不定的狀態。至于國民黨領導人孫中山，仍然保持著原來的看法，主張舉袁為正式總統。黃興和宋教仁雖然仍主張成立責任內閣，由國民黨取內閣以掌實權，而不取總統，但暗中確有擁黎元洪為總統的想法。
如果國民黨議員不選袁世凱為總統，袁世凱要當正式總統便成了問題。于是，袁派能員數十人，攜款數十萬，分赴各省運動自己為正式總統，袁世凱還特令總統府秘書函詢國會事務局，將當選議員屬何黨籍詳細調查呈閱。
在袁世凱著急的時候，他又听到黃興、宋教仁聯合孫武及共和黨民社派，舉黎元洪為總統，黃興為副總統，將袁排除在政府之外的消息，甚是驚慌。他指使他的黨徒匿名大肆攻擊宋教仁。宋教仁針對匿名攻擊進行反駁，並揭露官僚派的“造謠生事”。
1913年2月15日，宋教仁從武漢乘江新輪到上海，當晚住進黃浦路惠中飯店，後遷居同學路21號黃興家里。不久，孫毓筠從北京致電黃興說︰“正式國會成立在即，謠言紛起，人心動搖，時勢� 剎豢芍杖鍘５貝飼Ь 環 保 鋟鮒 θ 鹽夜 蚩壹慈樟 怖淳 忠磺校 躍任Ｍ觥！
黃興以袁世凱處事無誠意，拒不應孫之邀。
袁世凱沒有達到將黃興調北京之目的，便搞起恐怖來，多家報紙刊載消息︰“大致謂選舉總統在即，人心惶恐，紛紛遷避。各國使館亦日日增置軍械防備。”1周後，袁世凱派人刺殺宋教仁的槍聲在上海響起。
使用暗殺手段來達到政治目的，是袁世凱慣用的伎倆。
袁世凱最先曾企圖拉攏並利用宋教仁。陸內閣風潮後，袁表示希望宋出來任內閣總理，宋以這“與國民黨政黨內閣之黨議大相刺謬”，堅辭不允。後來，袁又企圖對他收買。宋教仁準備南下回湖南桃源老家省親，並參加國會議員競選，袁贈予50萬元的支票，要求宋隨意支用，宋不為所動，婉言將支票退還。
宋教仁南下後，袁極不放心，派他的爪牙隨時監視。宋教仁在各地的演說，表達了國民黨人的決心和願望，但也引起了袁世凱的仇恨。
一天，袁世凱看到秘書處呈上宋教仁在湖北黃州的演說詞，道︰“口鋒何必如此尖刻。”為抵制宋教仁演說的影響，打消國民黨的組閣計劃，馮國璋暗中主持所謂“救國團”，攻擊宋“莠言亂政”，抱“總理熱心，思攫現政府而代之”，並把內政、外交一切失敗全部歸咎于國民黨“醉心權利，不能垂功德而祛私見”。
宋教仁對袁世凱有所警惕，他勸譚人鳳擔任粵漢鐵路督辦，說︰“此路于南方軍事上的關系緊要，大局難料，一旦有事，有款有人，尤可應變。”他叮囑程潛︰“湖南應從速訓練軍隊。”他認為國民黨獲得選舉勝利，袁世凱“一定忌�w得很，一定要勾心斗角，設法來破壞我們，陷害我們。我們要警惕，但是我們也不必懼怯。他不久的將來，容或有撕毀約法，背叛國民的時候，我認為那個時候，正是他自掘墳墓，自取滅亡的時候。到了那個地步，我們再起來革命不遲。”
宋教仁認為袁世凱至少在正式國會召開之前，不敢公然撕毀約法，與國民黨為敵，他沒有從北洋集團的肆意攻擊中，嗅到火藥氣味。當有人告訴他袁世凱恐有加害陰謀，勸他先為戒備時，他不相信道︰
“吾一生光明磊落，平生無夙怨無私仇，光天化日之政客競爭，安有此種卑劣殘忍之手段？吾意異黨及官僚中人未必有此，此特謠言耳，豈以此懈吾責任心哉！”
宋教仁錯了。袁世凱暗殺宋教仁陰謀正在加緊進行。
這天日黑時分，一輛黑色小汽車飛馳而來，在北京政府內閣總理趙秉鈞的門前嘎然停住。一個身穿貂裘大衣、頭戴海獺皮禮帽的人，從車門里閃了出來，一跛一跛地溜進了趙寓。這人便是袁世凱的大公子袁克定。
趙寓後宅的一間小廳里，壁爐火旺，燈光通明，不時傳出一陣男人得意且淫蕩的笑聲和女人們嬌柔造作的怪叫聲。袁克定聞聲，收住腳步，身子斜立在後院門前石階上，袁克定很熟悉趙秉鈞有個習慣︰每天晚飯後，若無緊急公務，他總要和妻妾們在這小廳間玩一陣牌，下幾盤賭注，妻妾中誰個連贏3局，這天晚上她便可得到趙的寵愛。
趙寓內侍對袁克定也很熟悉，知道他此時親自上門，必有要事。見他在院階上駐足，侍人便匆匆往小廳跑去。
穿著長袍馬褂的趙秉鈞，一听來報，“嘩”的一聲，揮手推倒面前的麻將牌，起身離座，急步跨出小廳，迎至門前。一看來的果然是袁世凱大公子袁克定，心里不由一驚︰通常到了這般時辰，這位“大爺”是絕不出門的，即使有要務急事，也都是掛個電話，叫趙秉鈞去一趟罷了。今晚，到底有什麼特別要緊事犯得著這位“大爺”親自出馬了？
“‘大爺’駕到，未曾遠迎，……”趙秉鈞的客套話剛一出口，袁克定一揚手，又向他瞟了一眼，他便知事非尋常，把後邊的話慌忙咽下，趕緊把袁克定引到二樓一間密室內。趙秉鈞剛把密室的門拴上，還未坐定，這位公子便搶先開了口︰
“趙叔，外面風聲很緊，諒必你也有所聞了吧。國會選舉揭曉後，大勢不好呀！‘梁山匪魁’宋教仁趁國民黨人在參眾兩院選舉中獲勝之勢，借口回湖南故里省親，在湘、鄂、皖、甦諸省，大放厥詞，大肆鼓吹政黨責任內閣制。這小子野心倒不小。我爹早就看出宋教仁是個不識抬舉的東西！”
袁克定見趙秉鈞直愣愣地站著，急忙又說道︰
“趙叔，你想到過嗎？若讓這個不識抬舉的東西出山組閣，到那時，‘梁山宋江’登上國務總理的寶座，你就得卷鋪蓋，我爹即使在位，也只能是個徒有虛名的大總統，我們的天下就算完了。”
“唉，這個‘梁山宋江’，年紀不大，手腕倒是挺厲害的，真他媽的厲害！”趙秉鈞為表示效忠袁世凱，連罵了幾聲。
“我爹說了，總統總統，就要統管天下。手上無權，听人使喚。他當總統由人擺布，僅僅是用來當聾子的耳朵——擺設，這樣的總統，他是絕對不當的。”
袁克定說到這里，擰開一顆大衣鈕扣，伸手從內襟口袋里取出一支烏黑 亮的小手槍，爾後又掏出一個小蠟紙包，輕輕地放在漆木桌上，沉著臉說︰
“我爹口諭，務必在四月初國會開會之前，把‘梁山匪魁宋江”除掉，這支手槍和5發帶劇毒彈頭的子彈，由你交給一個絕對可靠又有膽量的人去執行，不得有誤，事成之後嘛，我爹應諾了，從向五國銀行團的借款中支取10萬英鎊予以重賞。”
趙秉鈞听罷這位大少爺傳達了他老子的口諭，猶如當頭挨了狠狠一棒，腦子發脹，手腳發麻，兩眼盯著桌子上的手槍和子彈。
“趙叔，你看這樁事，……嘿嘿……”袁克定奸笑了幾聲。
趙秉鈞立即意識到︰若不馬上應下這樁秘密差事，必將招致殺身之禍。他強掩著內心驚惶，趕快從太師椅上站起來，兩手垂立，擺出一副十分虔誠的樣子，不卑不亢地說道︰
“總統口諭，智庵俯首听命，絕對服從，只是這合適的人嘛……唯恐一時難以選到，不過，我將盡力物色，盡快去干！”
“好！趙叔，我爹一向是把你當親兄弟看待，這一回，就看你的了。我爹說，無論如何一定要在‘梁山宋江’回到北京之前……”
袁克定沒有說下去，只是用那對凶惡的眼楮瞟了下桌上的手槍和子彈。
趙秉鈞送走了袁克定，回到密室，視線一觸及到桌上的手槍和子彈，不由地打了一個寒戰，無力地坐在太師椅上，哀嘆一聲，垂首沉思起來。
1913年3月20日，宋教仁因國會議員已陸續北上，他以國民黨代理理事長的資格，準備赴北京參加國會。這天，天空陰沉沉的，毛毛細雨從清早開始一直不停地下著，晚上夜更濃了。宋教仁在黃興、廖仲愷、陳其美、于右任陪同下，從《民立報》報社乘上一輛四輪大馬車赴上海滬寧車站。雖然上海的十里洋場依舊是燈火通明，但街上畢竟不同晴天那樣熱鬧，行人稀少了。他們乘坐的四輪馬車，在通往上海火車站的一條街道上，在茫茫細雨中不快不慢地行進，為了擋雨，車上四周的帆布簾篷全都落下，遮得嚴嚴實實的。宋教仁、黃興、陳其美、于右任在車里談笑風生。
坐在馬車前排的宋教仁扭頭對坐在後排的黃興說︰
“克強兄，從現在起你就要做好一切準備，待國會閉幕後，你即來京，根據國會的情況，我們再共同商議下一步棋該怎麼走。”
黃興神情帶著幾分亢奮地回答說︰“如果由我黨組閣的事真的實現了，責任內閣制定下來了，那連其美、仲愷，都得一起赴京才是。”
“到那時候，孫先生也該從日本回來了。”廖仲愷補充了一句。
滬寧火車站臨時特設的議員接待室里，擺設得頗為排場︰一盞16頭的玉蘭吊燈下，擺著幾張長條桌，白綢桌布瓖著荷花葉邊，桌上擺著精致的茶具、各色糖果和香煙，條桌的四周，一色的漆木架藤座椅上，已經坐著20余位議員和前來送行的上海各界知名人士。
離檢票進站上車還有20多分鐘時，宋教仁、黃興、陳其美、于右任、廖仲愷剛從馬車上下來，接待室門口便走出幾個撐著雨傘的人，熱情地迎到馬車跟前︰
“噢，是黃先生、宋先生、陳先生、廖先生，失迎失迎！”
宋教仁、黃興等並不認識他們，以為是政府臨時雇來的招待員。宋教仁、黃興等人都穿著風衣，戴著禮帽，雨並不大，可迎候者還是舉著傘，把他們接進了車站。就在進門的那一瞬間，在接待室通往進站口的拐角處，一個人鬼鬼祟祟地飛快閃過。廖仲愷眼快，見此情況心中頓生疑雲，警惕地用手肘輕輕踫了踫宋教仁，側身湊近他的耳邊說道︰
“鈍初兄，那邊似有壞人。”
宋教仁听了，不以為然地朝拐角處瞥了一眼，輕聲答道︰
“這類事，防不勝防。”便大大趔趔地走進了接待室。
窗外，依舊是風裹細雨，四處飛揚。初春的夜，寒意三分。車站接待室里卻是一片熱烈氣氛，相識的，不相識的，彼此寒暄問候，特別是即將赴京的宋教仁，這樣一位年輕而又頗負聲望的大黨魁的到來，人們自然是不約而同地向他圍攏過來，客套話、恭維話不絕于耳。宋教仁興奮地應酬著，那怕是在與人簡短的幾句交談中，也幾次提到“政黨政治”和“責任內閣”的主張，以致使幾個非國民黨員在寒暄過後，一轉身面孔上就呈現出幾分不悅。
時間將近10時40分，一陣急促的鈴聲，使這暄騰熱鬧的接待室頓時靜了下來。開始檢票進站了。議員們自當是第一批進站的貴客。宋教仁提起身邊的一只小皮箱，轉身對黃興、陳其美、廖仲愷、于右任說道︰
“諸兄，請留步，望多保重，等候我們的好消息吧！”
黃興拉著宋教仁的手，深情地說︰“鈍初，到了北京，莫忘了給孫先生寫封信，據日程，他明天可能就要到長崎了。”
“一定，一定。不過，我想等國會閉幕之時再寫，到那時，我要向他報告一個他意料不到的特大喜訊，讓他也高興高興。
哈哈……。”宋教仁一邊笑著，一邊大步走出接待室。
其他議員已經稍前進入了檢票口。宋教仁在黃興、陳其美、廖仲愷、于右任陪同下，匆匆向檢票口走去。從接待室至檢票口只不過數十公尺距離，他們剛走到一半，突然“砰砰砰”地3聲槍響，宋教仁驚喊道︰
“有人刺我！”
宋教仁的小皮箱“啪”地一聲從手里掉到地上。他雙手捂住腰部，隨即栽倒在地上，鮮血從風衣里流出來。黃興、陳其美、廖仲愷、于右任隨即將他送進附近的鐵道醫院。
火車站內警笛四起。巡捕們發現一個持手槍的人，正趁站內秩序大亂之機，慌慌張張奪路而逃。巡捕斷定此人就是凶手，便跟蹤緊追。凶手是個矮個子，穿一身黑呢子軍官服，跑得並不快，看樣子，心里十分驚恐慌惶。
車站外，風呼嘯，細雨茫茫，燈昏暗。凶手剛跑到拐角處的瀝青路上，見前面有一灘水，正想避開，不料由于濕漉溜滑，一側身滑倒在路旁。巡捕奮力追上，眼看就要擒住，凶手搶先開了兩槍，前面兩個巡捕應聲倒在馬路上，凶手立即躍身沖進一條小巷，待後面的巡捕追來，他已經消失在迷蒙的夜雨之中。
宋教仁由于被子彈擊傷腎髒、大腸，手術後雖將子彈頭取出，但因子彈帶有劇毒，搶救無效，于3月22日晨去世，享年僅31歲。
宋教仁入醫院時，神志清醒地囑于右任3事︰“（1）所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館；（2）我本家寒，老母尚在，如我死後請克強與公及諸故人為我照料；（3）諸君皆當勉力進行，勿以為念而放棄責任心。我為調和南北費盡心力，造謠者一般人民不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔！”
宋教仁于痛苦中請黃興代筆向袁世凱報告被刺經過，道︰“竊思仁自受任以來，即束身自愛，雖寡過之未獲，從未結怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有絲毫權利之見存。今國本未固，民福不增，遽而撒手，死有余恨。伏冀大總統開誠心布公道，竭力保障民權，俾國家得確定不拔之憲法，則雖死之日，猶生之年。臨死哀言，尚祈鑒納。”
宋教仁這位為中國實現民主共和政體而獻出生命的革命家，直到臨死，也沒有看清南北之爭是不能用調和的辦法去解決的，更沒想到暗殺自己的就是那甜言蜜語的袁世凱。
袁世凱得知宋教仁死訊，凶手當場逃之夭夭，便扮演一幕賊喊捉賊的丑劇。他頒布命令說︰“昨據前農林總長宋教仁電稱，20日晚在上海車站被奸人槍擊重傷，當即飭江督程德全、民政長應德閎及上海地方官、滬寧鐵路總站，懸重賞勒限緝凶，並派交涉使陳貽範前往慰問。據陳交涉使電稱，宋前總長于22日寅時因傷身故。民國新建，人才至難，該凶犯膽敢于眾目睽睽之地狙擊勛良，該管巡警並未當場緝拿致被逃逸，閱電殊堪發指。前農林總長宋教仁奔走國事，締造共和，厥功甚偉。迨統一政府成立，贊襄國務，尤能通識大體，擘畫勤勞，方期大展宏猷，何遽聞慘變？凡我國民，同深愴惻。”
袁世凱又致電程德全等，要求“立懸重賞，限期破獲，按法重辦”。他又令御用報紙大造國民黨內部傾軋的謠言，以圖轉移視線。袁世凱自以為得計，沒有料到事實真相很快就揭露于光天化日之下。
宋教仁被刺後，黃興和陳其美等痛心地聯名致電上海閘北警局、上海租界總巡捕，請他們加緊偵緝，盡快破案。
陳其美派任的上海電報局局長吳佩璜，平時已從來往電報中獲得不少線索。案發後，一個古董商人王阿法向巡捕房提供重要線索。英巡捕房于23日晚12時半在湖北路迎春坊3弄妓女李桂玉處將謀殺犯應桂馨逮捕。第二天又在應家捕獲行凶者武士英，並搜出五響手槍1支以及應同主謀者趙秉均、洪述祖往來的密電碼3本和函電多件。
洪述祖字蔭之，人稱“洪殺胚”，江甦常州人，清附生，1884年至1891年間當過福建兼台灣巡撫劉銘傳的幕僚，後來又當過湖南巡撫俞廉三的幕僚。民國後，充當趙秉鈞在內務總長任內的內務府秘書，實際上是袁世凱指揮下的偵探頭目。
應桂馨浙江寧波人，稍有家產，曾承父命在家鄉辦理學堂，後因仗勢欺人，避捕出亡上海，成為上海流氓、幫會頭目。武昌起義前，陳其美在滬組織秘密革命團體，曾借應家在滬的房屋作為據點。上海光復後，陳其美委應為上海都督府諜報科長。孫中山歸國到上海，陳其美命諜報、庶務兩科負責照料，應桂馨在上海組織衛隊，護送孫中山到南京就任臨時大總統，被孫中山委為總統府衛隊司令，並兼任庶務科長。但是，應桂馨妄自尊大，挑撥是非，刁難臨時政府官員，欺侮華僑來客，又從應辦菜席中克扣銀錢，“應辦菜每席開支銀5元，後減至1元，與5元菜相等。”孫中山才知道他從中舞弊。有不少人建議不僅要把他撤職，而且要逮捕查辦。孫中山本著與人為善，又礙于他是陳其美推薦，就寬容了他，革了他的職。他回到上海後，重操舊業，改組青、紅幫為“中華民國共進會”，自任會長。共進會成立時，雖標榜痛改前非，從茲為善，共守法律，同享自由，但實際上，該會成立後，為非作歹，擾亂社會秩序。浙江都督朱瑞、江甦都督程德全先後通令查禁民國共進會，黎元洪也曾下令通緝應桂馨。袁世凱得知此人歷史，以為可以利用，遂派洪述祖到上海，借商談解散民國共進會為名，秘密加以收買，並由洪引見程德全，委以江甦駐滬巡查長，以掩護他的真實身份。袁隨後致電黎元洪取消通緝令，又親自電召他入京，借解散民國共進會名義，任命他為中央特派駐滬巡查長，批給5萬元活動經費，從此，應桂馨投靠了袁世凱，成為袁在上海對付國民黨人的一只惡犬。袁世凱、趙秉鈞又通過洪述祖安排他刺宋。
武士英原名吳福銘，山西人，是個毫無政治頭腦的退伍軍人，只知金錢的兵痞，流竄到上海後，就被應桂馨收買，為直接刺殺宋教仁的凶手。
孫中山在日本接到黃興的電報，得知宋教仁被刺身亡，極為悲痛，立即從長崎致電北京國民黨本部及上海交通部，要求黨人全力查明宋被害的原因。3月25日，孫中山自日本返滬。他剛從輪船上下來，便被前來迎接他的黃興請進一輛黑色的小汽車內，他迫不及待地詢問宋教仁遇刺的情況。
