黎元洪一上台，立即下令撤銷對孫中山的通緝令，並電邀孫中山入京籌商國事；內閣組成後，黎元洪和一些內閣成員分別發電迎接伍廷芳北上組閣，並電邀唐紹儀、陳炯明、岑春 、譚延 等來京共商大計；與此同時，吳佩孚等直系軍閥除要求孫中山下野外，也分別電請孫中山、伍廷芳、李烈鈞等北上共謀國是。他們這樣做的目的是造成“全國統一”的氣氛。
南方人士已看出這是虛偽的表示，加以拒絕，被邀人士無一北上。其中，譚延 表示不就內務總長職，黃炎培表示不就教育總長職。伍廷芳發出通電，認為黎元洪復職沒有法律根據。李烈鈞態度更為強硬，聯名發表通電，斥罵黎元洪叛國，說他和舊國會都是直系軍閥的傀儡。結果，黎元洪拉攏西南人物入閣的計劃落空。
陳炯明秘密策劃推倒孫中山，但他的兵力不足，北伐軍兵力逾4萬人以上，他的兵力不滿1．3萬人。利令智昏的陳炯明于1922年6月13日跨出了最後的一步，召集葉舉等人在石龍秘密召集會議，討論叛亂軍事部署。他們認為，要阻止孫中山北伐，就要斷其財源，拘捕廖仲愷，鎖住“孫大炮的荷包”。
6月14日，陳炯明給廖仲愷打來一封電報，假稱請廖到惠州領款及協商要事。廖雖然感到陳炯明居心叵測，但為了爭取陳炯明懸崖勒馬，于15日如約前往惠州。他剛抵石龍，陳炯明就密電將廖仲愷扣留，旋將廖囚禁在廣州西郊石井兵工廠。
同日，葉舉在白雲山調動部隊，作好炮擊觀音山總統府和粵秀樓的準備。孫中山接二連三接到報告︰“陳家軍將謀不軌，請暫作回避。”但孫中山認為，“競存惡劣當不至此”。直到16日晨2時，又有一軍官向孫中山報告︰“粵軍各營，炊事已畢，約定2時出發，並聲言備足20萬，以為謀害總統之賞金，且言事成，準各營兵士，大放假3日。”
16日3時，總統府的粵秀樓上已听到敵人出發的號音，于是秘書林直勉、參軍林樹巍、輜重隊長陸志雲催促孫中山立即離開。孫中山才化裝成醫生，出粵秀樓，幾經周折，到達海珠海軍司令部，旋乘小艇到白鵝潭，登上楚豫艦。
葉舉指揮陳家軍分兵3路向總統府和粵秀樓發起進攻，震耳欲聾的槍炮聲，打破了深夜的寧靜。敵人一面用步槍、機關槍、大炮向總統府和粵秀樓狂轟亂射，用煤油燒毀粵秀樓到總統府的棧橋，以斷孫中山的退路；一面派兵埋伏于總統府四周民房內，以便孫中山乘車出總統府時，加以狙擊，企圖置孫中山及總統府警衛隊于死地。
50多名總統府警衛隊員在團長陳可鈺、營長葉挺、薛岳、衛士隊隊長姚觀順等人的帶領下，對敵人的圍攻，展開了頑強的反擊，多次擊退叛軍的輪番進攻。上午10時左右，警衛隊傷亡過多，被迫放棄粵秀樓。叛軍放火焚燒粵秀樓，孫中山的著作手稿及珍貴藏書，都被大火吞沒。
警衛隊為了吸引敵人的火力，掩護孫中山脫險，同敵人激戰，到下午3時，叛軍仍然無法攻克總統府。4時，葉舉請廣州衛戍司令魏邦平派出軍使馬毓藩與警衛隊團長陳可鈺講和。正在談判間，叛軍乘警衛隊毫無戒備，不顧信義地沖開總統府前面的兩層鐵門，一轟而進，大肆搶掠總統府的槍彈、財物。
警衛隊只好撤退出總統府，為掩護孫中山而留守在總統府的宋慶齡，也在葉挺和孫中山的副官馬湘、黃惠龍等人的護送下，脫離險境。
孫中山脫險後，率領永豐、永翔、楚豫、豫章、同安、廣玉、寶璧等7艦向大沙頭、白雲山、沙河、觀音山、五層樓等處叛軍據點發炮轟擊。叛軍巡河兵艦也向軍艦炮擊，靜謐的白鵝潭，硝煙彌漫、惡浪滔天。雙方激戰多時，孫中山才因陸上沒有支援，只好率艦退回黃埔。
6月18日，孫中山電告在寧波的蔣介石︰“事緊急盼速來！”26日，蔣介石風塵僕僕地趕到黃埔，一見孫中山單膝跪下說︰“先生，我來遲了！”
孫中山連忙扶起他，感慨萬端︰“難得你這樣忠誠，不畏艱險。當初，你因為我不肯討伐陳炯明，便棄我而走，現在想來，倒是你有先見之明。”遂將海上指揮大權交給了蔣介石。
陳炯明見武力威脅未逞，便指使親信利用省議會名義，強迫各社團，聯名電促孫中山下野。他又致電伍廷芳︰“切勸孫公，敝屣尊號，示天下無私。”
伍廷芳不為所動，以總統府外交總長的身份，照會駐粵各國領事，嚴守中立，勿助叛軍。
7月1日，陳炯明派鐘榮光持函到永豐艦虛偽地向孫中山表示︰“國事至此，痛心何極！炯雖下野，萬難辭咎”。“惟念十年患難相從，此心未敢絲毫有負鈞座。”但他最後仍要孫中山下野，離開廣州。
孫中山對陳炯明嚴詞痛斥。
陳炯明不惜重金，誘賄海軍，以分化擁護孫中山的海軍力量。心懷異志的海軍司令溫樹德在陳炯明的誘迫下，秘密地與叛軍簽訂了議和條件。他在7月8日晚接受了陳炯明的26萬元賄賂後，擅自率領海圻、海琛、肇和3大艦息燈起錨，離開黃埔，駛出蓮花山河面。
叛軍以為3大艦離開黃埔後，孫中山的座艦永豐艦等就完全暴露在魚珠炮台的火力監視之下，黃埔後方的海心崗水深僅有6尺，軍艦難以通過，後路已絕。魚珠炮台封鎖前路，永豐艦等或困死于黃埔，或葬身炮火之中。
但孫中山早有準備，他事先派人測得新的航道，永豐艦等從容地擺脫敵人炮火封鎖，移碇新造村河面與馬伯麟駐守的長洲要塞互為犄角，陳炯明謀害孫中山的陰謀再次破產。
不料，海軍陸戰隊司令孫祥夫率部反戈，7月9日長洲炮台為敵人佔據，停泊在新造河面的永豐艦等，頓失屏障，處境險惡。
孫中山于10日拂曉，率永豐、楚豫、豫章、廣玉、寶璧等艦，開足馬力，駛向白鵝潭。沿途遭到叛軍猛烈的炮擊，永豐艦連重6彈。孫中山命令各艦還擊，迅速壓制叛軍的炮火，艦隊終于冒著紛飛的炮火，穿過叛軍的層層封鎖，駛入白鵝潭。
白鵝潭緊連沙面租界，叛軍不敢向艦隊開炮。但英國粵海關稅務司卻派人到永豐艦，以白鵝潭為通商港口和毗鄰沙面租界為借口，無理要求孫中山撤離白鵝潭。孫中山嚴詞痛斥︰“此為我之領土，我可往來自由。決不受無理之干涉。”
陳炯明再次圖謀謀害孫中山，派人在永豐艦下布下水雷，幸好潮水退落，永豐艦剛剛掉轉船頭，未造成傷亡。
陳炯明一計不成，又設一計，他派人在江門裝修鋼板小輪船32艘，招募敢死隊300名，偷襲艦隊。又計劃賄買孫中山艦隊士兵，發炮轟擊沙面租界，造成糾紛，嫁禍于孫中山。
孫中山曾在陳炯明叛亂的第3天電令李烈鈞、許崇清等北伐軍回師廣東，討平叛逆。6月23日，北伐軍將領召開軍事會議，決定迅速回粵靖難。26日，粵軍第二軍、滇軍、福軍之全部及粵軍一師回師廣東，李烈鈞等部留守贛境，以作後援，但是，粵軍一師梁鴻楷在回師途中率部擅自脫離隊伍。
7月2日，北伐軍到達粵境，決定兵分數路向韶關、翁源叛軍發起進攻。陳炯明抽調叛軍翁式亮、楊坤如等幾十營兵力，並利用有利地形，密布鐵絲網，構築防御工事，布置2道防線。
7月10日，雙方展開正面交鋒。由于叛軍防御工事十分堅固，雙方鏖戰多日，成相持局面。7月17日、18日，北伐軍向翁源展開猛烈進攻，叛軍雖然死命防守，終究抵擋不住北伐軍的銳利攻勢。北伐軍遂于18日進佔翁源城外諸高山，翁源城內4000余叛軍退出城外，埋伏在戰壕里，當北伐軍乘勝攻城時，伏軍突起。于是，兩軍在城外展開血肉相搏戰。深夜，北伐軍派出飛機在英德附近沙口地方，拋下炸彈。翁源叛軍恐後方被包抄，趕緊退卻，北伐軍佔據翁源。是役，雙方陣亡不下千人。
陳炯明要求吳佩孚派兵夾擊北伐軍。吳佩孚調沈鴻英部由湘南配合蔡成勛部，會攻留贛的北伐軍。李烈鈞部被迫退回粵境。
陳炯明調動叛軍多部增援翁源。兩軍在翁源苦戰多日，直到7月26日，叛軍銳氣漸挫，全線開始向韶關退卻。北伐軍一直追擊逼近馬壩車站和韶關車站。不料，投敵的梁鴻楷師于28日趕來，與連續苦戰的北伐軍作戰。北伐軍已疲備不堪，遂退回火山一線，在以後的幾天內，繼續後退。
8月3日，北伐軍在南雄召開軍事會議，決定分東西兩路撤退。許崇清、李福林等部經江西入福建，李烈鈞、李明揚、賴世璜等部經湘南進廣西，繼續討逆。
8月9日，堅守在白鵝潭的孫中山得知北伐軍回師失利，他已是孤軍無援，決定離粵赴滬。下午3時，他乘英艦“摩軒號”到香港，次日，改坐“俄國皇後號”赴滬。
陳炯明對與孫中山有聯系的國民黨人，下令“剪草除根”。于是廣州叛軍，對于民黨黨員，大行屠殺，凡與民黨稍有關系者，格殺無論。李烈鈞、許崇清、汪精衛、胡漢民、伍朝樞等在廣州的居處財產，也被叛軍洗劫殆盡。孫中山的家鄉香山也遭叛軍洗劫。叛軍在香山的殘暴凶淫，有史未見。
8月15日，陳炯明由惠州回到廣州，僭任粵軍總司令。
8月18日，何香凝來到白雲山找陳炯明，要他釋放廖仲愷，並說︰“仲愷有什麼對不起你？你們說仲愷幫孫先生籌款，難道仲愷沒有幫助過你嗎？你在漳州兩年多，幫助你的不是仲愷嗎？”
陳炯明考慮到貿然公開殺害廖仲愷，于己不利，便下手令釋放廖仲愷。
何香凝估計陳炯明要派人暗殺廖仲愷，動員廖仲愷立即離開廣州。19日凌晨3時，廖仲愷同何香凝坐小船到白鵝潭，再轉大輪赴香港，然後赴上海。
上午10時，陳炯明派士兵去抓廖仲愷，結果撲了個空。
退往上海的孫中山發表討伐陳炯明的宣言，歷數陳炯明的罪行。為了集中力量消滅陳炯明叛軍，孫中山決定利用直系與皖系的矛盾，與皖系合作，利用段祺瑞的勢力驅逐投直的福建軍閥李厚基。
10月，孫中山將駐扎福建的北伐軍改為討賊軍，任命許崇清為東路討賊軍總司令兼第2軍軍長，黃大偉、李福林為第1、3軍軍長，蔣介石為參謀長。討賊軍在駐閩皖軍王永泉的配合下，多次打敗了李厚基及增援的直軍唐謨部，迅速佔領了福州，並計劃取道閩南進攻潮汕。
孫中山又派鄒魯以特派員名義駐香港，負責策劃與駐廣西的滇、桂軍及駐西江的粵軍聯系，組織滇、桂、粵軍聯合的西路討賊軍，東下討賊。林直勉、鄧澤如、廖湘芸等，也奉命入桂，進行策反工作。
陳炯明對孫中山無日不在戒備之中，他的注意力集中在福建的討賊軍，派叛軍尹驥、李雲復、黃風倫、翁式亮、鐘景棠各部，配合直軍進攻北伐軍。叛軍在閩南肆意搶劫財物，污辱婦女，被暴軍強奸致死的良家婦女，竟以數百計，引起人民的強烈不滿。許崇清討賊軍迅速地擊潰了叛軍，叛軍潰退潮汕。人怨甚深的李厚基和直軍，同樣在慘敗之余，退出閩境。
陳炯明把廣西方面交給桂軍名將林虎，指令桂軍第1師劉震寰部和粵軍四師歸林虎管轄。劉震寰久想取得廣西總司令的地位，因而對陳炯明不滿，他借口接洽軍火問題，到香港同鄒魯密談，表示加入討陳隊伍，孫中山委任劉為中央直轄桂軍第二路總司令。最有勢力的沈鴻英部，也不滿于陳炯明扶植林虎的作法。孫中山通過岑春 的關系，將沈鴻英爭取過來，委任他為中央直轄桂軍第一路總司令。孫中山又把滇軍張開儒部爭取過來，委任掌握實權的張開儒部將楊希閔為中央直轄滇軍總司令。
12月26日，受孫中山委任的中央直轄滇軍總司令楊希閔、中央直轄桂軍第一路總令沈鴻英、中央直轄桂軍第二路總司令劉震寰及擁護孫中山的粵軍等各派代表，在廣西大湟江白馬廟舉行會議，會商討陳戰略和合作問題。
白馬會盟後，討賊軍迅速向陳軍發起進攻。駐守梧州的粵軍中級軍官莫雄、陳濟棠、鄧演達等，早與西路討賊軍秘密聯系，約定與討賊軍里應外合，因此，討賊軍未費一槍一彈，就收復了梧州。爾後西路討賊軍兵分3路，長驅直入，挺進粵境。
陳軍兵敗如山倒。1923年1月14日，陳軍1師師長梁鴻楷、3師師長陳章甫通電擁戴魏邦平主持粵局。次日，洪兆麟在汕頭宣布脫離陳炯明，擁護孫中山回粵。
陳炯明只好于1月15日通電下野，率葉舉、熊略等殘部，敗退惠州。
次日，西路討賊軍進入廣州。20日，孫中山任命胡漢民為廣東省長、許崇清為粵軍總司令、魏邦平為廣州衛戍司令，並以胡漢民、李烈鈞、許崇清、魏邦平、鄒魯為全權委員，代行總統職權。
2月15日，孫中山偕同譚延回到廣州，3月1日，建立了陸海軍大元帥府，以廖仲愷，伍朝樞、譚延 分別任財政、外交、內務部長，蔣介石為大本營參謀長，朱培德為參軍長。
孫中山回到廣州，沒有一時安穩的日子，陳炯明在東江虎視眈眈，已歸順孫中山的桂滇軍閥也是靠不住的。4月，桂系軍閥沈鴻英重演陳炯明的故伎，他接受北京政府所任命的廣東督理一職，發動了對廣州的攻勢，一場新的叛亂開始了。孫中山親自督戰平叛，很快把沈鴻英叛軍平定了。沈只身逃往香港。
一波未平，一波又起。陳炯明乘沈鴻英反叛之機，又來攻擊孫中山部。孫中山知道陳炯明不去大患未除，便命各路軍隊圍攻惠州。這一仗，稱為東江之戰，反反復復，撲朔迷離，東起廈門，西至廣州，共打了4個多月，未分勝敗。孫中山見陳炯明的勢力一時難除，戰爭給廣東人民帶來沉重的負擔和痛苦，若要死戰，徒苦軍民，便暫且保守地界，休息一陣子。
孫中山感到趕走一個軍閥，又來了一個軍閥，終不是辦法，他接受甦俄代表的建議︰聯俄，聯共，改組國民黨，此是後話，暫且不提。
黎元洪上台後，局勢不穩，內閣屢變。黎元洪一直是想請南方有影響的人物出面組閣，以便促成南北統一。他先準備恢復伍廷芳為國務總理，因曹錕、吳佩孚反對，又改為任顏惠慶組閣。由于許多閣員不肯出任，又請王寵惠代理國務總理。1922年7月下旬，黎想讓南方名流唐紹儀組閣，便派人去保定、洛陽分別征求曹錕、吳佩孚的意見。曹、吳分別提出要自己的親信高凌 、汪士元、張紹曾、高恩洪為閣員，內閣總理由總統選派。8月15日，黎元洪正式發表唐紹儀組閣令。
唐紹儀答允出任內閣總理，但他深知北京政府為直系軍閥所左右，各種矛盾相當復雜，他不急于就任，先讓親信盧信入閣，自己北上天津，以探听信息。
唐紹儀欲走馬上任。不料，曹、吳提出異議，說唐雖北洋出身，但投向革命黨，出賣北洋，唐組閣對北洋不利，公開表示反對。唐紹儀面對直系軍閥的干涉，束手無策，只好放棄內閣總理一職，自天津匆匆南返。
王寵惠自覺長期代理內閣總理名不正言不順，遂于9月14日提出辭職。黎元洪不得不正式任命王寵惠為內閣總理。
直系內部，曹錕與吳佩孚的想法不同。前面說過，吳佩孚與陳炯明攜手，計劃以黎元洪作為過渡，北倒曹錕，南倒孫中山，吳佩孚、陳炯明為正副總統。曹錕的想法，也是讓黎元洪為過渡階梯，然後自己擔任總統。曹、吳的出發點不同，分歧也就越來越明顯，發生利害沖突。吳反對曹過早地做總統，曹則怕吳威望過高，勢力太大，搶了他的總統位子。曹、吳各拉山頭，形成兩派。因曹錕以直魯豫巡閱使駐保定，其弟曹銳以直隸省長駐天津，故稱為“津保”派；而吳以副巡閱使駐洛陽，故稱“洛陽”派。兩派斗爭的焦點是內閣問題，黎元洪在兩派之間受夾板氣。
王寵惠內閣被人稱為“洛派內閣”，因為內閣中的內務總長孫丹林以前是吳佩孚的秘書長，交通總長高恩洪是吳佩孚的同鄉和忠實親信，陸軍總長張紹曾是吳佩孚的兒女親家。總理王寵惠和財政總長羅文干明顯地站在吳佩孚方面。曹錕大怒，認為吳佩孚在發展個人勢力，于是暗使眾議院正副議長吳景濂、張伯烈反對“洛派內閣”，王寵惠于11月25日提出辭職。
黎元洪面對洛派與津保派的爭斗，一時被弄得暈頭轉向，無所措手足，趕忙派人分頭去約請靳雲鵬、顧維鈞、周樹模等人暫時代理內閣總理。但這幾個，誰也不肯代理，一時間，北京政府成了無政府狀態。
11月29日，黎元洪提出由汪大燮組閣。汪聲明維持10日，10日期滿去職。
黎元洪又提出張紹曾組閣，黎以為張傾向津保派，又是吳佩孚的兒女親家。讓他組閣也許可以兩邊都不得罪，可是津保派對張紹曾並不放心，曹錕也希望無人組閣，長期處于無政府狀態，以便逼黎元洪下台。于是，張紹曾內閣一時難產。黎元洪只好托外交總長王正廷代理總理，王提出代理期限為10日。
1923年1月4日，黎元洪總算正式任命了張紹曾內閣。張紹曾一上台，即標榜南北和平統一，這與黎元洪的政治夙願暗合，但與吳佩孚的武力統一相沖突。曹錕、吳佩孚要求內閣任命沈鴻英、孫傳芳為南方政府控制地盤的廣東、福建省督理，張紹曾認為此舉有背于和平統一，嚴加拒絕，並憤然提出辭職，黎元洪極力挽留。
