陳毅領導的部隊，在鎮江、句容、丹陽、金壇之間，運用靈活機動游擊戰術，分散穿插轉移，乘虛襲擊敵人，在9至12月的4個月內，先後粉碎敵人大小“掃蕩”20余次。
第3支隊在1938年7月1日進入皖南抗日前線，活動于東至蕪湖、宣城，西至青陽、大通鎮，南起章家渡，北至長江的橫寬百余公里，縱深60公里的狹長地帶。第3支隊以機動防御方式與敵周旋，多次殲滅日偽軍。
高敬亭的第4支隊在舒城、桐城、廬江、無為地區展開游擊活動，多次伏擊敵人。在桐城附近之範家崗、棋盤嶺伏擊戰中，擊斃日軍70余人，毀汽車50余輛。在攻克無為、廬江的戰斗中，肅清當地反動土頑武裝3000余人。
第4支隊第8團于1938年11月進入淮南路以東地區，與地方黨組織領導的游擊隊和黨掌握的東北軍挺進團取得聯系，這兩支部隊在皖東開展敵後游擊戰爭。
張雲逸率領軍部特務營過江後到達無為地區，將當地黨組織領導的一部分游擊隊和人民自衛軍統一整編為新四軍江北游擊隊，以孫仲德為司令員，黃岩為政委。這支部隊在皖中開展游擊活動。
中共河南省委武裝部長彭雪楓率新四軍游擊隊300余人挺進豫東，途中與第3支隊一部及先遣大隊合編，擴大為3個大隊，1021人，彭雪楓任司令員兼政委，吳芝圃任副司令員。游擊支隊東渡黃河，進入鹿邑境內，爾後開創位于津浦鐵路、隴海鐵路、新黃河及淮河之間，包括豫東13縣、皖北8縣和甦北3縣的豫皖甦邊根據地。至1939年11月，游擊支隊發展到9個團，1．2萬人，改編為新四軍第6支隊。
1939年2月，新四軍根據中共中央指示，制定了向南鞏固，向東作戰，向北發展的戰略方針。11月將第1、第2支隊合並，成立新四軍江南指揮部。陳毅任指揮，粟裕任副指揮，統一領導甦南部隊；江北的新四軍部隊成立新四軍江北指揮部，張雲逸任指揮，徐海東任副指揮，賴傳珠任參謀長，鄧子恢任政治部主任。徐海東兼任第4支隊司令員；另以第8團為基礎，成立新四軍第5支隊，由羅炳輝任司令員，郭述申任政委。第4、第5支隊發展到1萬人，在淮南地區和以半塔集為中心開闢津浦路東根據地並很快打開了皖東的抗戰局面。
中原局在1939年春先後派李先念、陳少敏各率一支武裝和一批干部，向豫鄂邊區敵後挺進，聯絡各地黨的組織和黨領導的抗日武裝，創建了信陽四望山抗日根據地。並成立了新四軍豫鄂獨立游擊隊，由李先念任司令員，陳少敏任政委。至1940年夏，獨立游擊隊對日偽軍作戰280余次，殲敵1．4余萬人，創建了鄂中、鄂東和豫南抗日根據地，游擊武裝力量發展到1．5萬人，並擁有民兵近10萬人。成立了豫鄂邊區軍政委員會，朱理治任書記，統一領導豫鄂邊區的黨政軍民工作。
中共中央、中央軍委作出將華北、華中打成一片的戰略部署，鞏固華北，發展華中、華南，確定八路軍、新四軍的戰略任務是粉碎日軍掃蕩，堅持游擊戰爭。中共中央決定撤銷長江局，成立南方局，由周恩來任書記，領導長江以南黨的工作和國民黨大後方的統戰工作；另組中原局，由劉少奇任書記，領導長江以北華中地區的抗日斗爭；將東南分局改為東南局，仍由項英任書記，繼續領導新四軍軍部和甦南、皖南的抗日斗爭。
中共在廣東東江地區、珠江三角洲和海南島等地開闢了華南抗日根據地，給日軍以有力的打擊。
從1937年11月至1938年4月，八路軍在華北共進行大小戰斗400余次，斃傷敵人1萬余人，繳獲步槍3000余枝，輕重機槍100余挺，毀敵汽車500余輛。1938年5至10月，同敵戰斗約1000余次，斃傷敵人2萬多，繳獲步馬槍8000余枝，輕重機槍150挺，毀汽車800余輛。至1938年10月，共產黨的部隊已發展到25萬人。到1939年，八路軍、新四軍已發展到50多萬人，共產黨員發展到80萬人，民兵發展到100萬人。
八路軍、新四軍和共產黨領導的抗日游擊區迅速發展。蔣介石恐慌起來，他在日記中寫道︰“軍事如常，無變化，惟共產黨作祟，為可恨耳！”
1939年1月，國民黨召開五屆五中全會，蔣介石將其政策轉到反共反人民方面。他作了題為《喚醒黨魂發揚黨德與鞏固黨基》的報告和題為《整理黨務之要點》的講話。全會的主要議題是“整理黨務”，研究“如何與共產黨作積極之斗爭”。全會確定了“防共、限共、溶共”的方針，設立了“防共委員會”。
1939年5月7日，蔣介石在中央訓練團黨政班上作了《三民主義之體系及其實行程序》的講演。他否定了民主主義、共產主義和法西斯主義，認為唯有三民主義“博大精深”，“能涵蓋一切”，“無絲毫偏頗之弊”，最“充滿無缺的革命建國的最高指揮原則”。蔣介石制定了“三民主義之體系及其實行程序表”，其核心是主張由國民黨一黨獨裁。他說︰“一切要由黨來負責。所謂‘以黨治國’、‘以黨建國’，其意義即是以黨來管理一切，由黨來負起責任。”
蔣介石指使胡宗南率部向陝甘寧邊區進攻，妄圖扼殺共產黨的抗日武裝力量。在東起黃河，西至甘肅的西峰鎮長達700余里，構築了縱深堡壘群。用陸空軍配合，佔領了淳化、𤄄繙P 亍 蛟 遄 爻牽 岵慷櫻 急附 稈影病Ｖ斕隆⑴淼祿車韌 縟 炊鄖箍詼閱誚 ケ
在山東，頑固派響應蔣介石號召，叫囂說“寧亡于日，勿亡于共”，對八路軍實行“見人就捉，見槍就下，見干部就殺”的手段，端的厲害。山東的國民黨頑固派，一是沈鴻烈，二是秦啟榮。沈鴻烈是蔣介石任命的山東省政府主席。沈提出的口號是“反共第一，抗日第二”“日可以不抗，共不可不打！”秦啟榮是國民黨別動縱隊第5縱隊司令。1939年3月下旬，沈鴻烈唆使秦啟榮指揮所部王尚志3000余人，于博（山）益（都）邊之太河鎮，伏擊我山東縱隊第3支隊過路的干部和掩護部隊，殺害我支隊政治部主任鮑輝、團長潘建軍等以下指戰員400余人，造成“博山慘案”。8月上旬，秦啟榮在萊蕪的雪野地方，乘我第4支隊在泰萊公路出擊敵人之機，指揮頑軍向我後方合擊，造成“雪野事件”。8月中旬，在淄河流域又發生圍攻我第3、第4支隊10余天的“淄河事件”。僅在6至12月，山東頑軍向我山東縱隊所屬部隊進攻90余次，殺我軍民1350余人，扣押干部、戰士近1000人。
在忍無可忍的情況下，山東縱隊在魯中淄河流域組織了反頑戰役。經過幾天的連續反擊作戰，解放了淄川、博山以東之峨莊、太河、朱崖等地，把秦啟榮部擊潰，其殘部逃至張（店）博（山）路以西去了。東北車第111師，不滿國民黨政府反共、投降政策，光榮起義轉為人民武裝。
毛澤東同新聞記者談話說︰“張蔭梧、秦啟榮是兩位摩擦專家，張蔭梧在河北，泰啟榮在山東，簡直是無法無天，和漢奸的行為很少區別。”
蔣介石委任反共專家張蔭梧為河北省保安司令。張密令冀中民軍的3個團長把部隊拉走，襲擊冀中軍區特務營，還將民軍中思想進步、堅持抗日的警衛營包圍繳械。爾後，把主張抗日的張仲瀚司令排擠出民軍。張仲瀚便參加了八路軍。張蔭梧以國民黨河北省政府名義，委派他的老鄉、舊友張存實為民軍司令。殊不知張存實已是中共地下黨員，他就任民軍司令後，便把這支部隊改造為八路軍，少數頑固分子偷偷率部下去投靠張蔭梧。
張蔭梧命他的副司令率3000多人，進攻安國、博野、蠡縣等地區，結果全被八路軍俘獲。1939年6月，張蔭梧乘日軍“掃蕩”之機，親自帶領3000余人，偷襲深縣八路軍的後方機關。因八路軍主力正在同日軍作戰，後方空虛。張蔭梧連夜將後方機關包圍，慘殺八路軍官兵400余人，造成駭人听聞的“深縣事件”。呂正操率部奮起反擊，經過一天激戰，除斃傷外，俘獲張部旅長以下2000余人，張蔭梧只率10余人逃竄。
一波未平，一波又起。國民黨第十二集團軍特務營包圍了新四軍在湖南平江的通訊處，打死通訊處主任涂正坤，活理八路軍少校副官羅梓銘等人，造成平江慘案。延安各界人士舉行集會，抗議國民黨當局慘殺我官兵，為平江慘案被難烈士舉行追悼大會。
八路軍的總部在太行山。蔣介石派河北省主席鹿鐘麟向八路軍“收復失地”。鹿鐘麟和河北省政府機關進駐南宮，在冀南掀起“摩擦”和反“摩擦”的斗爭。1938年10月底，鹿鐘麟以南宮縣長趙鼎新紀念“雙十節”大會遲到和寫工作報告不合格式以及對他不尊重為由，撤銷趙鼎新縣長職務，同時，另外委任了一批專員、縣長、區長，致使冀南出現了雙專員、雙縣長、雙區長的混亂局面。不久，日寇對冀南進行“掃蕩”，南宮失守。鹿鐘麟等人倉皇逃往棗強。徐向前率部對日寇反“掃蕩”，日軍放棄南宮。鹿鐘麟搶先返回，宣布撤銷冀南行政主任公署。徐向前以巧妙的方法回擊，派一營兵力以“保護”鹿主席為名義進駐南宮，保衛我冀南行政主任公署。鹿鐘麟對此無可奈何。
鹿鐘麟與山東沈鴻烈串通一氣，合作反共，妄圖把八路軍擠出冀南。魯西北的聊城縣有一支武裝，縣長範築先是山東省第6區督察專員兼保安司令，他的部隊有30多個支隊，號稱鐵軍。鹿鐘麟、沈鴻烈要把這支武裝改編為與八路軍對抗的隊伍。其實，徐向前早就做了聯合範築先的工作，鹿、沈終未得逞。
國民黨軍中也有不贊成搞“摩擦”的，于是出現了微妙的事情。
1939年11月，彭德懷準備從延安去太行山八路軍總部去，毛澤東同他徹夜長談，要他對國民黨軍的磨擦，有理、有節、有威，多一分則太過，少一分則太弱，太極柔韌，柔中藏剛，充分展示優秀的東方智慧。
彭德懷告別毛澤東去太行山。這位性格耿直的將軍乘坐大卡車行駛，寒風蕭索，天和地顯出亙古如斯的蒼涼。遙遠的地方似乎有隱隱的炮聲。大卡車轟轟隆隆地向前開，顛簸得很厲害。車至三原，前面忽然爆出一聲斷喝︰“停車！”
車煞住了，見路上有兩名特務舉著手槍攔住去路。問他們是干什麼的，那兩個特務說︰“要檢查，要搜車。”
彭德懷的警衛說︰“這是十八集團軍司令部的車。”
“管你什麼車，就是要檢查！”
“車上是十八集團軍彭德懷副司令！”
“就是要查，不給查就扣車！”
彭德懷大怒︰“你們想干哈！是誰的命令要查我的車？是蔣委員長還是程潛主任？”
特務還想耍橫，彭德懷大吼一聲︰“給我抓起來！”
警衛們立即跳下車，下了兩個特務的槍。兩個特務這才慌了手腳，面色如土，以為必死無疑。
彭德懷說︰“我不槍斃你們，我要當面把你們交給程潛主任，問問到底是誰命令你們要查我的車的。”
特務求饒說︰“我們有眼無珠，求彭副司令放了我們。”
彭德懷命令︰“開車！”
車到西安八路軍駐西安辦事處，林伯渠出來迎接彭德懷，見抓了兩個特務，忙問︰“這是怎麼回事？”
彭道︰“這是我準備送行轅主任程潛的禮物。”
林伯渠問明緣由，道︰“把這兩個人交給程潛，事情鬧出去，若蔣介石知道了，這樣有無不妥。”
彭說︰“我就是要鬧出去。現在蔣介石和我們“摩擦”不斷，我這一次是政治偵察，看他們到底是什麼意思，到底敢不敢打內戰。”
彭德懷在林伯渠的陪同下，讓警衛押著兩個特務，一起去見程潛。程潛見彭德懷押來兩個人，大驚，問這是怎麼回事？
彭德懷說︰“這是我交給你的兩個證人，他們要搜查我的車，我想問問這是誰的命令，是委員長的命令還是你程主任的命令？”
程潛滿臉陪笑道︰“彭先生多心了，這一定是誤會。”
“人都抓來了，還有什麼誤會！問問他們，是奉了誰的命令？不說，我就把他們槍斃了。”
特務礙不過，只好照實說︰“是奉了何紹南的命令。”
何紹南是綏德地區的專員，一個極為仇恨共產黨和八路軍的頑固分子，他在陝北一帶專事襲擾八路軍的勾當。
彭德懷道︰“程主任，你听見了吧？現在中國有一個汪精衛投降日本當了漢奸，他是站在明處，暗處卻還有無數秘密的汪精衛，這些頑固分子就是秘密的汪精衛！”
正說著，那何紹南湊巧從外面走進來。他見到彭德懷，走也不是，留也不是，十分狼狽。彭德懷眼快，道︰“你何紹南站在那里干什麼，過來我有話問你，你為什麼命這兩個特務攔我的車？你在陝北一共干了多少壞事？”
何紹南的臉紅一陣白一陣，不說一句話。
程潛忙打圓場說︰“彭先生息怒，現在大敵當前，大家還是以大局為重，不要鬧，鬧起來不得了，那會鬧成魚蚌相爭漁翁得利。”
“我與你程主任的想法一樣，可是這何紹南卻不是這樣想，他專干反共和破壞八路軍的勾當。我今天來見你程主任，就是表明態度，我是主張好好團結一致抗日的，可是我也不怕頑固分子反共。”彭德懷看一眼何紹南︰“今天我有話放在這里，誰要反共，他放第一槍，我放第二槍，還要放第三槍。”
程潛說︰“放第三槍就不對了。”
彭德懷在臨走時依然怒氣難消，他指著何紹南的鼻子說︰“你這個汪精衛听著，你在陝北做盡壞事，已對人民犯了罪，你再去綏德當專員，老百姓抓了你公審。”
回到八路軍辦事處，彭德懷對林伯渠說︰“我看程潛這位國民黨元老是批準我的反摩擦行動了，他說打第三槍不對，意思就是不能干得太過分了。”
林伯渠說︰“程潛和衛立煌都是中間派，都不想弄得太過分，都怕內戰打起來不得了。”
彭德懷的大車從西安出發來到洛陽。衛立煌非常熱情地接待了他，請他吃飯，彭在酒席桌上暢抒己見。八路軍（十八集團軍）此時歸衛立煌指揮，衛立煌勸彭德懷︰“相忍為國。”
彭道︰“我忍，頑固分子不忍怎麼辦？”
“頑固分子畢竟不是多數呀。”衛立煌見彭德懷意志堅決，請他在洛陽多停留幾天，要多請他吃飯，並不斷重復“相忍為國”的話。
彭德懷心中明白，忍是不錯的，但如果忍過了頭，太行山根據地就會被頑固分子一口口吃掉，朱懷冰、石友三等人正在虎視眈眈，大規模進攻太行山的軍事行動隨時可能發生。他想起毛澤東的話︰“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人。”沒有一次大的反摩擦行動，局面將會繼續惡化。
次日，彭德懷在衛立煌處遇到了第5軍軍長孫殿英。孫的部隊與朱懷冰、石友三為鄰，如果打朱懷冰等，孫殿英的態度是很重要的，孫是土匪出身，一身綠林氣息，為人心性狡猾，思想敏捷，然而卻不是頑固派。彭德懷想試探他對反“摩擦”的態度，便同他談論起來。彭德懷說︰
“大敵當前，八路軍意在專心殺日寇，可後面老有人扯後腿，這樣怎麼抗日？而且現在有人竟打起八路軍太行山根據地的主意了，孫軍長有什麼看法？”
孫殿英笑笑說︰“你們八路軍是會有辦法對付的。”
彭德懷見孫殿英話中有話，進一步試探說︰“我還要請你孫軍長幫忙。”
孫殿英明白彭德懷的意思，道︰“我按你們八路軍的方針辦事，人不犯我，我不犯人。”
彭德懷以目光傳達謝意，孫殿英心領神會，卻裝作渾然不知的樣子。
彭德懷離開洛陽時，衛立煌設宴餞行，一再叮嚀要忍耐些，一定要相忍為國。他送彭德懷很遠的路，臨別時說︰“你過垣曲河以後，到第10軍去，軍長陳鐵來電話，要請你吃飯。”
彭德懷過了垣曲河，果見陳鐵派來了迎接的隊伍。他被迎進第10軍軍部，心想，我與陳鐵素無交情，也沒有領導和被領導關系，他這樣熱情可能是支持八路軍的統一戰線。果然不出所料，陳鐵熱情招待彭德懷之後，便指著地圖對彭德懷說︰
“彭先生，在你回去的路上，從垣曲河到陽城有15公里的隘路，懸岩絕壁，險象四伏。你此行有多少人？”彭德懷道︰“警衛班加上報務、譯電員，總共十幾個人。”
陳鐵又道︰“現在空氣不好，彭先生走路要小心些。”
彭德懷點頭，他告別陳鐵，率十幾人避開隘路，專揀無人走的地方爬山。天黑了，就在山頭上露宿。彭德懷沒睡，在晴朗的夜空中望著太行山。到了深夜，把報務員叫醒，架起小電台向八路軍總部發電，命令部隊向指定的地點集中，調動7個旅，準備采取反“摩察”的軍事行動。
天空微露曙色，他們立即出發，悄然無聲地在險峻的山嶺前進。
彭德懷回到八路軍總部，即派秘使去見孫殿英，孫說︰
“即便在我尾後打，我的第5軍也只關心操練的事。”
彭德懷得到回話，即向7個旅的部隊下達進攻命令。太行山里突然起了激戰，一共打了3天，朱懷冰的兩個師、侯如墉的一個旅、張蔭梧的一個縱隊，全被殲滅，一共除掉了頑固派的10個團。進攻太行山的頑軍被掃除。
彭德懷就此止住，這便是按程潛的話說，不放第三槍。
