《南史》于蕭齊事多用《齊書》原文，縱有增刪，無甚岐異。惟《高帝紀》吳喜齎酒一事，《齊書》謂宋明帝疑帝非人臣相，使喜封銀壺酒賜之。高帝出迎，酌飲之。喜還奏，帝意乃悅。《南史》則謂高帝懼鴆不肯飲，喜告以誠，先飲之，帝乃酌飲。喜還奏，明帝乃悅。《齊書。庾杲之傳》武帝嘆其風韻之美，王儉以為“蟬冕所映，更生風采，陛下當與以即真”，《南史》則以此語為柳世隆之言。《齊書。崔慧景傳》謂慧景起兵向闕，過廣陵，崔恭祖開門納之。慧景停二日，渡江至京口。時江夏王寶元鎮京口，為內應。乃合二鎮兵，奉寶元向京師。《南史》則謂慧景與恭祖未有素約，慧景至廣陵，恭祖閉城不出，慧景夜襲廣陵據之，遣子覺赴京口。寶元見其兵少，恐不濟事，反擊覺走之。及恭與覺以八千人濟匯，柳⺼登等勸寶元與慧景合，反乃以覺為先鋒，恭祖次之，慧景為都督。《北史》梁武帝破建業，執蕭寶夤，將殺之。寶夤逃奔于魏，歷顯仕，屢與梁戰，後以謀反誅。是寶夤仕魏三十餘年而死也。《南齊書。寶夤傳》則謂齊和帝中興二年以謀反誅，是寶夤當梁武未為帝時已被刑矣，蓋蕭子顯撰次《南齊書》在梁時，有所忌諱也。《梁書。元帝紀》承聖二年，魏遣郭元建治舟師于合肥，《南史》則書齊遣郭元建。按是時東魏已微，政出高氏。《梁書》從名分而言故書魏，《南史》按實書故雲齊也。《梁書。鄧元起傳》謂元起不出兵救晉壽，以致陷沒，蕭淵藻來代，表其逗留，乃收付獄，元起自縊死。《南史》謂淵藻至，求元起良馬，元起不與，淵藻殺之。後梁武知其枉，責淵藻曰︰“元起為汝報仇，汝為仇報仇。”據此，則當以《南史》為確。其尤互異者，《梁書》臨川王宏都督北討諸軍，大潰而歸，喪師辱國，及通奸公主等事，一字不書，反大加褒美。《南史》則一一直書，略無諱飾。蓋《梁書》多用國史記載，粉飾原文，而《南史》則參考實事也。《陳書。後主沈皇後傳》謂隋亡後，後自廣陵過江還鄉里，不知所終。《南史》謂過江至毗陵天靜寺為尼，名觀音，貞觀初卒。《陳書。吳明徹傳》謂明徹戰敗，為周師所執，憂憤構疾卒。《南史》謂周封明徹為懷德郡公，位大將軍。《陳書》蓋以完節予之也。《陳書。徐陵傳》謂陵卒，謚曰章。《南史》謂後主為太子時，以己作托為他人者以示陵，陵曰︰“不成詞句。”後主餃之。及卒，後主已正位，乃謚曰章偽侯。《姚察傳》，《南史》謂察父僧坦精于醫，梁時為大醫正，兩宮所賜，皆為察兄弟游學之資。《陳書》不載僧坦以醫術得幸，但雲知名梁代，二宮禮遇優厚，每得賜，為察游學之資。蓋自諱其醫也。
