帝登極,升六部尚書正一品,設左右侍中各一人,位侍郎上,諸司去清吏字,改戶部為名度支,金帛倉庫四司;刑部為詳憲,比議職門都官四司,罷左右都御史,設都御史一人,副僉都御史各一人;又改都察院為御史府,設御史大夫正二品,革十三道,置察院一,定御史二十八人,改諸御史為拾遺補缺,改通政司為寺,通政使為通政卿,通政少卿參議寺丞,增置左右補缺、左右拾遺各一人。後大理寺改為司,又改卿為大理卿,左右寺正、都評事、寺副、副都評事、司務、都典簿,太常寺改卿為太常卿,少卿、寺丞分左右。天壇祠祭署為南郊祠祭署,泗州祠祭署為泗濱祠祭署,宿州祠祭署為新豐祠祭署。孝陵置鐘山祠祭署及司圃所,增神樂觀,知觀一人。光祿寺改卿為光祿卿,少卿、寺丞如太常,而升少卿從四品,省署丞二人,增監事二人。大僕寺改卿為太僕卿,增典廄、典牧二署,設 十五群,遂生三群,分隸二署。詹事府增少卿、寺丞各一人,賓客二人。又置資德院,設資德一人,資善二人,其屬贊禮、贊書、著作郎各二人,掌籍、典簿各一人。國子監升監丞為堂上官,增司業二人,省博士、學正、學錄,增助教十七人。鴻臚寺改卿為鴻臚卿,少卿、寺丞如光祿,而並行人司于鴻臚寺。翰林院增學士承旨一人,學士一人,設文學、博士二人,省侍講、侍讀學士,置文翰、文史二館。文翰館設侍書,改中書舍人為侍書;文史館設修撰、編修、檢討,而以方孝孺為文學博士。又改謹身殿為正心殿,設學士一人,罷華蓋、文華、武英三殿、文淵、東閣大學士,各設學士一人,待設無定員。文淵閣設典籍一人。六科罷左右給事中。改中東西南北城兵馬指揮司為五城兵馬司指揮。副指揮為兵馬、副兵馬。始置京衛武學教授一人,啟忠等齋各訓導二人。布政司革左右布政使,設布政使一人,堂上官各升品一級,改提刑按察司為十三道肅政按察司,廣東鹽課司為廣東都轉運鹽使司。罷北平、山東、河南、山西、陝西五省,及江北學校貢士,革五府左右斷事官、五軍斷事司,增親五官賓輔二人,正三品,伴讀、伴講、伴書各一人,□□一人,左右長史各一人,審理正、典膳正、奉祀正、良醫正、典寶正,並去正字,審理副等改為副審理等。郡玉賓友二人,正四品,教授一人,記室二人,直史一人,左右直史各一人。吏目一人,典印、典祠、典禮、典饌、典藥。五署典印、典祠、典禮、典饌、典藥,各一人,典儀二人,引禮舍人二人,儀仗司吏目一人,賓輔三,伴賓友教授進對侍坐,稱名不稱臣。見禮如賓師。