良弼被炸死，清皇族心驚膽顫。鐵良一听到他兄弟被暗殺致死的消息，便逃離北京。其他反對清帝退位的宗社黨分子，也紛紛逃出北京，前往天津、青島、大連等地租界，托庇于帝國主義列強。這宗社黨策劃的反袁活動，也就煙消雲散。
袁世凱趁機唆使親信紛紛發出通電，要求清帝退位，宣布共和。先後發通電要求袁內閣代奏的有︰
河南巡撫齊耀琳，
山西巡撫張錫鑾，
署直隸總督張鎮芳，
署山東巡撫張廣建，
署兩湖總督、會辦剿撫事宜第一軍總統官段祺瑞。
段祺瑞的兩封電報卻是厲害。段率北洋將領46人聯名通電聲稱︰“共和國體，原以致君于堯舜，拯民于水火。乃因2、3王公迭次阻撓，以至恩旨不頒，萬民受困。瑞等不忍宇內有此敗類也，謹率全軍將士入京，與王公剖陳利害。”
到了這個時候，清室滿族親貴沒有人上朝了。袁世凱便授意外交大臣胡惟德、民政大臣趙秉鈞、郵傳大臣梁士詒等人，不時入朝恐嚇隆裕太後，隆裕太後嚇得魂不附體，只好哭求袁世凱︰“務要保全我們母子二人性命！”
隆裕授權袁世凱，與臨時政府磋商退位條件。袁世凱立即與南方代表伍廷芳電文文馳，往迫磋切。2月6日，由臨時政府參議院通過優待皇室8條︰
第一款︰大清皇帝辭位之後，尊號仍存不廢。中華民國以待外國君主之禮相待。
第二款︰大清皇帝辭位之後，歲用400萬兩。俟改鑄新幣後，改為400萬元，此款由中華民國撥用。
第三款︰大清皇帝辭位之後，暫居宮禁。日後移居頤和園，侍衛人等，照常留用。
第四款︰大清皇帝辭位之後，其宗廟陵寢，永遠奉祀。由中華民國酌設衛兵，妥慎保護。
第五款︰德宗皇帝未完成工程，如制妥修。其奉安典禮，仍如舊制。所有實用經費，並由中華民國支出。
第六款︰以前宮內所用各項執事人員，可照常留用，惟以後不再招閹人。
第七款︰大清皇帝辭位之後，其原有之私產，由中華民國特別保護。
第八款︰原有禁衛軍，歸中華民國陸軍編制，額數俸餉，仍如其舊。
2月12日，隆裕太後帶著6歲的小皇帝溥儀，在養心殿舉行清王朝的最後一次朝見儀禮。那內閣總理大臣袁世凱仍然稱病不入朝，他委派外交大臣胡惟德率領民政大臣趙秉鈞、度支大臣紹英、陸軍大臣王士珍、海軍大臣譚學衡、學部大臣唐景崇、司法大臣沈家本、郵傳大臣梁士詒、工農商大臣熙彥、理藩大臣達壽等10名國務大臣，頭戴翎頂，身穿袍套，進入乾清宮門內東南角上的廊子里落座候旨。他們默默無語地坐著，喝蓋碗茶，但卻表情不一︰胡惟德、趙秉鈞、王士珍眉飛色舞，一副欣喜若狂神態；梁士詒眯著一雙神秘莫測的眼楮；唐景崇表情遲鈍；紹英一臉憤懣；達壽無可奈何地垂著頭；譚學衡、熙彥一副悵然若失的神色。一個太監通報︰
“太後已至後殿，請各位大臣上殿。”
10位大臣一齊起立，整了整頭上的翎頂和身上袍服，從廊子里出來，由胡惟德領頭朝大殿魚貫而入。
進入大殿，胡惟德在離寶座一丈遠的地方站定，各位大臣依次在胡惟德兩旁，橫列一行，面向寶座站定。大殿內的四個佩著軍刀的侍衛武官，站在大臣身後。那內務府大臣世續、內閣協理大臣徐世昌也應召前來上朝。一位太監呼道︰
“請太後御駕。”
隆裕太後在兩個太監引導下，領著6歲小皇帝溥儀慢慢地從後殿走出來，走向寶座。
胡惟德忙帶領眾國務大臣朝隆裕太後三鞠躬。胡惟德上前一步奏道︰“總理大臣袁世凱身體欠安，命我帶領各位國務大臣前來給皇後請安，給皇上請安。”
隆裕點點頭，道︰“好。袁世凱為國家，為皇室都出了不少力。南北議和，做到如此優待皇室等等條件，也是不易。我按照議和條件，把國家大權交出來，讓袁世凱去辦共和政府。
今天頒布詔書，實行退位。”
御前太監把皇帝退位詔書放在隆裕面前，她看了幾行，淚水便糊住了雙眼，勉強看完。她想到︰這大清268年的江山，被她拱手讓出，她實在不願把它奉送出去，但又無可奈何。想到這里，便顧不得太後的體面，“哇”地一聲嚎啕大哭起來，雙手死死地抱住退位詔書，呼喊著︰“祖宗呀！祖宗呀……”
整個大殿，充滿了恐怖、陰森的氣氛。那胡惟德見隆裕死死攥著退位詔書不肯交出來，深怕發生意外，他恨不得奔上去從隆裕手里把詔書奪過來，揚長而去。但他卻從眼里擠出幾滴淚水出來，哽咽著對哭得死去活來的隆裕唯恭唯謹地奏道︰
“太後，現在大局只有如此。太後能睿明鑒遠，顧全皇室，顧全百姓，袁世凱和群臣、百姓豈有不知，絕不會辜負太後的一番慈衷善意。況且優待條件已經確定，今後必然做到五族共和。敬祈太後保重。太後放心。”
隆裕听了，反而哭得更痛心了，雙手仍舊緊緊地把退位詔書捧在懷內。胡惟德料想不到，他善言相勸竟不起一點作用，正在著急的時候，站在他身旁的趙秉鈞，忙向他遞個眼色，用手指了指衣袖。胡惟德恍然大悟，想起入宮前，趙秉鈞給他的一份孫中山發來的電報。他忙從袖里取出電報，上前一步，驚慌地奏道︰“稟太後，這里有一份孫文發來的電報，我差一點忘了奏報。”
隆裕說有孫文電報，止住哭聲，抽抽泣泣地說︰“電報里說些什麼？”
胡惟德展開電報念道︰
萬急。上海伍秩庸代表鑒︰今日經參議院同意，如15日下午12點鐘以前清帝不遜位，則收回優待條件。此布，即轉北京。總統孫文。震。
隆裕听了，如一聲霹靂蓋頂，山崩地裂。她渾身震顫，僕地而倒，兩個隨扈太監趕忙把她扶起，她悲痛欲絕地將詔書交給內務府大臣世續、內閣協理大臣徐世昌，由他們鈐印御璽後，交胡惟德。胡惟德捧在手上，大聲地開讀起來︰
朕欽奉隆裕太後懿旨︰前因民軍起事，各省響應，九夏沸騰，生靈涂炭，特命袁世凱遣員與民軍代表討論大局，議開國會，公決政體。兩月以來，尚無確當辦法。今全國人民心理多傾向共和，南中各省既倡議于前，北方諸將亦主張于後，人心所向，天命可知。予亦何忍因一姓之尊榮，拂非民之好惡。是用外觀大勢，內審輿情，特率皇帝將統治權公諸全國，定為共和立憲國體，近慰海內厭亂望之心，遠協古聖天下為公之義，袁世凱前經資政院選舉為總理大臣。當茲新舊代謝之際，宜有南北統一之方，由袁世凱以全權組織臨時共和政府，與民軍協商統一辦法。仍合滿、漢、蒙、回、藏五族完全領土為一大中華民國。予與皇帝得以退處寬閑，優游歲月，長受國民之優禮，親見到治之告成，豈不懿歟！欽此。
胡惟德讀完清帝退位詔書後，他也不等隆裕太後發出退朝命令，便帶著各位國務大臣，手拿退位詔書，急急奔出宮去，上了馬車，直馳石大人胡同外交大樓，向袁世凱復命去了。
退位詔書，是由臨時政府秘書長胡漢民叫實業部長張謇起草，經唐紹儀轉袁世凱的。袁世凱親筆加了“即由袁世凱以全權組織臨時共和政府與民軍協商統一辦法”一句。這樣以來，共和政府不是由議會選舉產生，而是由清政府任命產生了。孫中山對此極為憤怒，他致電袁世凱，表示抗議︰“共和政府不能由清帝委任組織。”可是這篇詔書為退位之文，猶如遺言一樣，無再起死回生而使之更改之理。
袁世凱早已做好了接受詔書的準備。在外交大樓附近，五步一崗，十步一哨，尤其是外交大樓的門口，便是戒備森嚴。從大門口一直排到正廳，一色扈衛的隊伍。正廳里，兩旁站著各級武官，再往里走，便是一些重要的大員了。正廳中央，靜擺著一條大條案，條案中間，放著一個紫檀鏤花的帖架。
胡惟德等人捧著詔書走進大廳的時候，大廳里百余人啞口無聲，甚為靜穆。袁世凱從內室走了出來。胡惟德同去朝見的各內閣大臣，都以胡惟德為首列隊站立。袁世凱一臉虔誠，輕整衣冠，朝胡惟德走去恭恭敬敬地向詔書鞠過躬，雙手從胡惟德手里接過詔書，把它放在大條案上的大帖架上陳列起來，然後轉身站到下手。
胡惟德朗聲道︰“太後把國家大權交給了宮保，請宮保早日組織共和政府，以不辜負太後的願望。”
袁世凱恭恭敬敬地回了聲︰“是！”
接受詔書儀式完畢，袁世凱轉身，對胡惟德等人說︰“你們辛苦了，到後廳里休息吧！”
是日晚上，袁世凱在外交大樓剪去發辮，異常興奮地哈哈大笑。其他人也紛紛效仿袁世凱，把發辮剪去。
次日，北京各家報紙，爭先恐後地把《清帝退位詔書》全文發表。于是，北京城內街頭巷尾，人們拱手相告︰“改了朝代了！”“共和了！”“再也不會打仗了！”
北京城的龍旗收起來了。人們只知道“共和”二字，但不知如何“共和”法。
袁世凱在清帝退位的第二天，即2月13日，便按孫中山提出的辦法，迫不及待地將退位詔書送各國公使及南京臨時政府，並發表聲明︰
共和為最良國體，世界之公認，今由弊政一躍而躋及之，實諸公累年之心血，亦民國無窮之幸福。大清皇帝既明詔辭位，業經世凱署名，則宣布之日，為帝政之終局，即民國之始基。從此努力進行，各令達到圓滿地位，永不使君主政體再行于中國。
袁世凱之聲明，可謂情真意切，信誓旦旦。這些極其動听的言詞，不僅迷惑了革命黨人，就連南京臨時政府的一些首腦人物，也被他這番花言巧語弄昏了頭腦。孫中山接到袁世凱聲明電文的當天，便向參議院提出辭職，並推薦袁世凱為第二任臨時大總統。他在致參議院的咨文中說︰
“清帝遜位，南北統一，袁君之力實多，發表政見，更為絕對贊同，舉為公僕，必能盡忠民國。且袁君富于經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見員薦于貴院。請為民國前途熟計，無失當選之人。”
孫中山為了防範袁世凱破壞共和恢復專制，在咨文中附有3個條件︰
（1）臨時政府地點設于南京，為各省代表所議定，不能更改。
（2）辭職後，俟參議院舉定新總統親到南京就任之時，大總統及國務院自行解職。
（3）臨時政府約法為參議院新定，新總統必須遵守頒布之一切章程。
2月15日，南京臨時政府參議院根據孫中山推薦，以17票選舉定世凱為中華民國第二任臨時大總統。不久，又選黎元洪為副總統。
袁世凱被選為臨時大總統，美、英、法、德等國公使，立即登門祝賀，並紛紛答應給予經濟上的支持。
孫中山辭去國民政府臨時大總統的職務，而推薦袁世凱為臨時總統的消息傳出，一般革命黨人、海外華僑及各界人士，紛紛致電孫中山，反對推袁世凱為臨時大總統。為了平息眾人的反對之聲，孫中山在回電革命黨人中說︰
文等所求者，傾覆滿清專制政府，創立中華民國也。
清帝退位，民國統一，繼此建設之事，自宜讓熟有政治經驗之人。項城以和平手段達到目的，功績如是，何不可推誠；且總統不過國民公僕，當守憲法，從輿論。文前滋所誓于國民者，項城亦不能改。若在吾黨，不必身攬政權，亦自有其天職。更不以名位而為本黨進退之征。
先生在野，吃苦辭甘，寧不喻此，祈更廣之。
孫中山在復電海外華僑時說︰“今日目的已達。我輩之義務告盡，而權利則享自由人權而已，其他非所問。”
孫中山把用無數烈士鮮血和生命換來的民國政權以“成功而不私其權利”的磊落風格，拱手讓給了袁世凱，許多革命黨人，特別是民軍的中下級軍官，仍表示強烈不滿，有的要求立即出兵北伐，有的甚至憤而自殺，那臨時政府陸軍部致電︰
徐州電局轉鎮軍柏軍長、湘軍柴司令、粵軍姚司令、清江蔣都督、孫司令、揚州徐司令、上海陳都督轉陳漢欽君、安徽孫都督轉皖北，各軍司令均鑒︰頃廣東香、惠兩軍來電，大不滿意于新大總統，並雲決意北伐等語。果如此，于大局實有關礙。務希洞觀時局之危急，曲體孫大總統之美意，互為勸阻，禱切盼切。
南京城內，部隊听到孫中山退位，讓位袁世凱，大家嘩然，一般軍官開會都主張立即出兵北伐，粵軍旅長任介眉發言尤為激烈。陸軍部總長黃興聞之，到會極為勸慰，半夜始散。
袁世凱繼任大總統，通令各省軍隊改編。北伐招討使譚人鳳調任川漢鐵路督辦，所部立即解散，不尊者以土匪論。譚遵命照辦。湘軍將領鄒永成獨持異議，對譚人鳳說︰
“袁世凱決靠不住，不特你的軍隊不可解散，連南京應裁的軍隊都不可裁撤，否則後悔莫及。”
譚人鳳不依，鄒永成又堅持說︰“你去和克強商量，把所有不要的軍隊都配好了子彈，交把我帶到綠林中去訓練，等到大局變動時也好出來備用。”
譚人鳳罵鄒永成道︰“你發神經病麼？”
鄒永成氣憤不過，又見一班老同盟會員只圖苟安，馬馬虎虎地把民國重任交給靠不住的袁世凱，辜負從前的一片心血，因此郁悶在心，決計自殺。他投江自殺，被人救起未死。
孫中山認為，只要有了參議院制定的憲法，就能迫使袁世凱遵守憲法，從輿論。他從2月初開始花了1個月的時間，領導參議院制定了一部《臨時政府約法》，並在3月11日公布。但孫中山卻不知道︰如果沒有政權，無論什麼法律，無論什麼選出的機關，都等于零。袁世凱對于一紙《約法》，不以為然。但對遷都南京，卻十分惱怒，他致電孫中山，拒絕遷都︰
若專為個人職任計，舍北而來，則實有無窮窒礙。北方軍民意見尚多，紛歧隱患實繁，皇族受外人愚弄，根株潛長，北京外交團向以凱離北為慮，屢經言及，奉江兩省時有動搖，外蒙各盟迭來警告，內訌外患，遞引互牽，苦因凱一去，一切變端立見，殊非愛國救世之素志。
若舉人自代，實無措置各方面合宜之人，然長此不能統一，外人無可承認，險象環集，大局益危，反復思維，與其孫大總統辭職，不如世凱退居，蓋就民設之政府民舉之總統而謀統一，其事較便。今日之計，惟有由南京政府將此北方各省及各軍隊妥籌接收，世凱立即退歸田園，為共和國之國民，當未接收以前，仍當竭智盡愚，暫維秩序。
袁世凱又密電張謇，希望他來京，予以襄贊。張謇雖沒親自北上，卻派劉厚生持密函為袁獻策說︰
“目前第一難題，即要公南來。解此題者只有二法；一從在京外交團著手；一從北數省人民著手。飛鉗捭闔，在少川知其意而妙用之，若不著一毫痕跡，使不欲南來之意不出于公，當可有效。此題不過政府尚在南方，公如何能組織正當之政府也。”
張謇之計卻是高袁一籌，袁便按張的妙計做去。
張謇又鼓動擁袁黨派和勢力做袁的後盾，2月21日，民社、中華民國聯合會、國民協會，以及《民立報》、《神州日報》、《時報》、《時事新報》、《大共和日報》等8社團，聯名致電江甦都督莊蘊寬（程德全出任南京臨時政府內務總長後，莊接任江甦都督），並要求他轉告黎元洪、各省都督、諮議局說︰“查北都關系外交內政最巨，若舍北取南，帝黨有死灰復燃之慮，強敵有乘機侵略之虞。望公電抗議，以全大局。”
章太炎早就與張謇串通一氣，他以上海光復會總會的名義，分別致電南京臨時政府參議院和袁世凱，反對民國政府設在南京，要求袁世凱即在北京就職，“以順輿情”。
江甦都督莊蘊寬實際上是張謇的代言人，江甦都督府自成立以來，一直掌握在以張謇為代表的立憲派人手中。莊蘊寬有了8團體要他出面抗議孫中山等建都南京的決定，便立即通電全國說︰
閱報載大總統咨交參議院全文，……光明磊落，薄海同欽，但附有辦法條件，一臨時政府地點設于南京，為各省代表所議定不能更改；一辭職後，俟參議院舉定新總統到南京受任之時，大總統及國務員乃行辭職。二項辦法，蘊寬期期以為不可。各省代表所議臨時政府地點設于南京，乃南北未統一以前，今事實既已變更，則前議豈有拘執。至政府地點之應設在南京，與新總統之是否須到南京，當就事實上論之，不可參以主客爾我之見，致起中外猜疑。今姑設為問題數則︰一現勢上觀念，如袁公南來，北方各省能否保持秩序，滿蒙等處能無聯外人擁幼主以破壞全局之事否？一地點與歷史上之觀念，披覽地圖，南京能控制西北各邊否？中國古時除洪武一代外，南京有建都之價值否？一外界上之觀念，東西各國能不反對遷都否？以鄙見測之，舍北就南種種危險，將使和平解決之共和政體自生荊棘，致啟爭端，曲直固不必言，利害豈能不計？前見《大共和日報》13日登有《章太炎致南京參議會書》、《民立報》同日登有空海《建都私議》，業已闡發盡致，太炎謂都南京之毒有五，有八報館持論鑒定衡平，毫無偏倚，蘊寬南人，豈不以南都力便利，顧以大局所系，自當奉總統府刪電轉達袁公真電，有極願南行，祗因北方秩序不易維持等語，自系實情，明者自能鑒之。謹貢所見，以待公決，莊蘊寬叩咸。
莊電發表後，安徽都督孫毓筠通電表示︰“袁君電稱北京秩序不易維持，東北人心未能一致等，尚系實在情形，藉令舉足南來，大局必定為牽動，故定都寧、鄂之說，目前決不能行。”
順直諮議局也通電響應，提出遷都南京之五慮，即︰“關東一帶現在正憂蠢動，又有外人從中窺伺，風聲吃緊，可慮一。京都未靖，倘一搖動，難保不死灰復燃，再生意外之變，可慮二。各國公使對于此事皆噴有煩言，稍一不慎便生交涉，可慮三。庚子亂後與外國使館訂有使館通路之約，若移南京則江陰、吳淞等炮台，必須撤毀，利害關系甚大，可慮四。蒙藩回藏，正待經畫，倘一移則控御失宜，不但于殖民不便，且恐內訌外侮後患方長，可慮五。若就吾國歷史上考察，則南不如北尤為彰明較著。”
天津的旅津南10省紳商代表崔文藻、徐錚等10余人，致電孫中山說︰“臨時政府宜北不宜南，章太炎先生論說極詳，茲不復贅。懇乞允臨時政府仍設北方，以維大局。如不得請，則擬邀約各省紳商來南京，哀請于大總統之前，必得請而後已。”
對于莊蘊寬反對定都南京的通電，臨時政府外交次長魏宸組致電駁斥道︰“公為都督，行政中人也，即政府一分子也，對于國家大計，有所陳述，當告之總統或各部長，能行者以中央之命令行之，否則由中央政府交于議會，決定而後行之。斷無以一人之意見，經電各部、各省、公人、私人及各報館，至有類于聳動社會，反對政府，擾亂秩序之理。令中外聞之，將謂我政府何也。且公所提各問題，固易解決，無俟過為研究者。維持秩序，賴有兵力，固與袁之在南在北無關也。控制西北，亦視兵力與政治若何，決不因京城為轉移；英于印度，法于安南，美于菲律賓，未聞因京城之遠而失也。聯外，擁幼主，系公過慮。至全國反對一節尤為大謬。義師一起，商務全消，各國何嘗不反對，吾人固未嘗先求外人之同意，而後施革命也。”
黃興以公開信的方式嚴厲地批評了莊蘊寬。
又有駐漢口的湘桂聯軍以8000人名義向孫中山、黃興通電說︰“公等和平解決之苦心又為國人所欺，然以建都問題既經參議院第一次議決而不克實行，則袁公之心路人皆知。公等何必因循從事，希圖苟安，坐令北氛逼人，胥我貔貅行見拚命流血換來之民國政府幾奄奄無聲息，可為痛哭。袁果贊成共和則請速推誠布公毅然南來，若猶眷戀于專制窠穴，負隅思逞，某等誓必提兵北上拚死一戰，不血洗二百余年之穢污地不為黃漢子孫。”
南方軍隊雖然普遍地存在著主張定都南京的強烈情緒，但在高級將領中的意見反而不一。那南京聯軍參謀團的浙軍司令朱瑞、粵軍司令姚雨平、第一軍團長柏文蔚、光復軍司令李燮和、第7師師長洪承點、江北都督蔣雁行、鄂軍代表傅人杰、李正溶等、竟發出通電，主張統一後的臨時政府宜設在北京。這通電引起了南京軍界內部的爭論，陸軍部便下令解散聯軍參謀團。而參謀團各統將群起不服，拒不執行陸軍部的解散命令。
在定都問題上，臨時政府內部、軍隊內部和參議院，都存在著嚴重的意見分歧。這使孫中山、黃興等，陷于被動地位。他們不得不表示︰國都問題當由國會解決。
孫中山派教育總長蔡元培為歡迎專使，外交次長魏宸組、海軍顧問劉冠雄、參謀次長鈕永建、法制局長宋教仁、陸軍部軍需局長曾照文、步兵第31團團長黃愷元、湖北外交司長王正廷、前議和參贊汪精衛為歡迎員，偕同唐紹儀前往北京，專程迎袁世凱南下就職。袁世凱看到輿論多主張定都北京，形勢對他極為有利，對如何對待歡迎團，已胸有成竹。
