袁世凱極力阻止參議院提出彈劾案，他在21日晚邀請湖北籍參議員劉成禺、張伯烈、時功玖、鄭萬瞻等到總統府談話，作了一番解釋之後，表示“追悔莫及”，又請求劉等“仰仗諸公疏通意見”。劉成禺、張伯烈、時功玖、鄭萬瞻等雖然表面上並不示弱、但實際上他們已開始軟化。到22日參加議會時，劉、時、張、鄭4人，意氣稍平。
議會外，譴責政府的活動頗為激烈。黃興于18日、20日連續電袁，指出黎電中所述“張、方罪狀，語極含混。凡有法律之國無論何級長官，均不能于法外擅為生殺，而黎竟不據法律上手續，率請立予正法，以快私心，致使群情激動，外人輕視，民國基礎，愈形危險”。他對共和前途，表示憂慮。同盟會本部于8月22日發布開除黎元洪的啟事。啟事指斥黎元洪暴戾恣睢，擅殺元勛，破壞約法，搖動民國，人神共憤，決定革去黎元洪本會協理，並除名，嗣後，同盟會與黎元洪斷決關系。
其他各政黨、社團以及知名人士，也對袁、黎表示極大義憤。黎元洪任社長的東西大同社，也以黎為“共和之敵”，與黎脫離關系，將社名改為大同公社，擁戴黃興為社長。黃興婉言謝絕。
袁世凱殺張、方的主要目的是離間黎元洪與革命黨人的關系，使其失去革命黨人的擁護，成為孤家寡人，以便為己所用，直至黎成為千夫所指的過街老鼠。黎元洪知被袁所賣，甚為尷尬，以至氣喘舊痰復發，咯血時，精神頗覺不支。于是，亟通電自白。19日發出通電，開列張振武“十大罪狀”，21日再次通電，電文長達2000余字，把“十大罪狀”擴充至“十五大罪狀”。黎元洪極盡羅織之能事，無限上綱，把張振武描寫成十惡不赦、死有余辜的罪犯，以平息社會輿論，求得對自己的諒解，但全部“罪狀”無一證據。黎元洪還列舉了不得不采取特殊手段假手袁世凱將張、方殺于北京的“理由”，以訴自己“苦衷”。他說︰
“元洪數日以來，躊躇再四，愛功憂亂，五內交縈，柔腸九回，慈心百結。寧我負振武，無振武負湖北；寧受負振武罪，無受負天下罪。臂療身，決蹯衛命，冒刑除患，實所甘心。”
黎元洪還假惺惺地自認三罪︰一罪自己馭將才疏，造成武漢動亂不已，致使商民流離，市廛凋瘵；二罪自己本與張振武相從患難，情同骨肉，乃因不善調理，竟使首義之士，墮為罪魁，心懷慚德，愧對振武；三罪國基甫定，法權未張，乃有殺張之事，以致險象環生，禍機密切，快一邦黎庶之心，解天下勛庸之體。自時厥後，定當退避賢路，佇待嚴譴。黎元洪保證對張優加撫恤︰贍其母，使終年，養其子，使成立。派專員迎柩歸籍，乞飭沿途妥為保護。俟靈柩到鄂，元洪當開會追悼，親往祭奠，以安哀魂。
黎元洪還致電袁世凱，正式提出辭參謀總長及鄂軍都督職，又向參議院辭副總統職。
黎元洪是否真的認錯，放下屠刀，立地成佛了呢？不是，恰恰相反，黎元洪凶相畢露地又對湖北革命黨人進行鎮壓。
張、方被殺的消息傳到湖北，鄂人士甚震駭，軍人尤不平。謠言四起，黎令武昌戒嚴益甚。各界人士群情憤激，莫可名狀，黎竭盡全力削弱革命黨人力量，首先派親信部隊將張、方統率的將校團包圍，令即日繳械退伍，實即遣散。又召集軍界人員在都督府開會，強詞奪理地說，殺張振武，實出于萬不得已。元凶既除，余黨自解。此後我軍人務宜和衷，同御外侮，不可再存黨見。
黎元洪下令解散張振武所設軍務司衛隊和屯墾事務所，即連張振武創辦的民國男、女公校也下令取締，後經教育司力爭，才決定將兩所學校收歸公辦。黎元洪加派軍警巡邏市街，緹騎四出，暗探密布，都督府周圍長期處于戒嚴狀態。黎諭令漢口電報局總辦孫發緒︰“凡有關系之電，概行扣下，不為代送。凡交鄂報館來去訪函至漢口郵局，均派人檢查拆閱。”
譴責黎、袁的電函無法從武漢發出。
黎元洪得悉參議院要彈劾自己，非常緊張，連忙策劃對付手段。他采納饒漢祥獻計︰“假用鄂軍人聯名挽留為要挾地步，又用商會、教育會名義，電責參議院不應彈劾，恐搖動大局。”于是，湖北全體旅以上軍官、各級軍事學校校長、都督府軍事顧問，以第1師師長黎本唐領餃，在黎元洪提出辭職的第2天發表通電（梗電），對民社派參議員提出的質問書進行了逐條駁斥，為黎元洪辯解。未過一日，湖北軍界再次氣勢洶洶地發出通電，語氣尤為激烈，點名痛罵劉成禺、張伯烈等，說他們“混亂是非，顛倒黑白，違反人民意思，褻瀆副總統威嚴，是為喪心病狂，玷辱祖宗”。還威脅說︰“參議員如必欲彈劾，請將梗電所駁各款限于電到24點鐘內逐一答復，同人如有一字之誤，刀鋸斧鉞，悉加同人；貴議員如有一字之誣，刀鋸斧鉞亦必當有受之者。”
在黎元洪及其親信的煽動下，又有湖北教育總會、商會，武昌、夏口、漢陽議會，以及“湖北保安社紳耆暨全體士民”、“旅滬鄂人”等，也紛紛致電北京，斥責參議員，挽留黎元洪。稍後，鄂省議會也致電北京。這些電文，均系黎元洪左右舞文弄墨者所為，那軍界之恐嚇電，更開武人干涉議會之惡例，為此激起參議院和輿論界的不滿。
黎元洪作賊心虛，連忙致電袁世凱，說是“軍界通電，措詞激烈，元洪往阻無及，索稿未獲，深為惶歉。伏念元洪于振武案辦理委曲，未能事先遍曉，致啟詰問，故謹請失察之罪，臨穎彷徨，淚隨電墮”。黎慫恿軍界攻擊參議院，又自請“失察之罪”，可見其已捉襟見肘，黔驢技窮。
黎元洪的這些活動，確實發生了作用。參議員們害怕動亂，袁世凱除親自接見湖北議員外，又暗中運動共和黨的非民社派議員，要他們說服民社派議員不要再堅持彈劾政府，一旦彈劾無效，則參議院必出于解散之途，而大局為之動搖。稍後，袁世凱命參謀部次長陳宦、陸軍部次長蔣作賓、海軍部次長湯薌銘等宴請民社派議員，勸其勿迷于張振武私情，而與政府為難，即要求他們放棄彈劾案。民社派議員終于軟化。為了保全面子，他們只是沒有公開撤回彈劾案，而是消沉下去。
到了22日下午，參議院經過辯論表決，贊成彈劾陸征祥、段祺瑞者為多數，于是彈劾陸、段案得以成立，並舉定由張伯烈、時功玖、劉成禺等為起草員。但是由于袁、黎收買和串連參議員不出席會議，使到會議員達不到法定人數，使彈劾案不能成立。28日，拖延了1個星期的彈劾案，終于提交參議院。彈劾案由張伯烈、劉成禺、時功玖、鄭萬瞻4人提出，同盟會籍參議員陳家鼎、覃振、劉彥、彭允彝、歐陽振聲、盧士模、周玨、殷汝驪8人連署。該案僅把袁世凱不經審判，捕殺張振武、方維的違法舉動，歸罪于陸征祥和段祺瑞的“輔佐乘謬”，“陷臨時大總統于違法地位”，要求臨時大總統依約法將陸、段即予免職。與此同時，同盟會籍議員劉星楠提出《咨請政府查辦參謀長黎元洪違法案》，指控黎元洪恃有全國軍事上之大權在握，對張振武、方維不依法手續，堅持其就地正法之蠻橫辦法，屢電北京，強陸軍部以必行，為破壞約法，背叛民國之元惡大憝，咨請政府嚴行查辦。這兩個避重就輕均未涉及黎、袁互相勾結狼狽為奸殺害張、方的提案，袁世凱和參議院中擁袁、黎參議員，仍千方百計加以破壞。彈劾陸、段案未能通過。
革命黨人遂將斗爭重點放在查辦黎元洪身上，認為張、方一案，黎元洪假手袁世凱泄其夙憤，破壞約法，殺戮首功之罪在黎不在袁，此案黎為造因生禍者，袁為黎連帶，而陸、段當代負其責者也。故陸、段可遞咨減罪，而黎元洪則萬不可不問。黎元洪殺張、方非以參謀長電殺之，乃以鄂督電殺之，乃改查辦鄂都督案，舉陳家鼎起草。
但查辦黎元洪案同樣遭到袁、黎勢力的反對，他們出于共同的打擊革命黨人的立場，出來袒護黎元洪。9月3日，陳家鼎提出了查辦鄂督黎元洪案，連署20余人，列出交參議院。拖延到9月13日，陳家鼎始得在會上報告，列舉黎元洪十大罪狀，要求討論通過。十大罪狀從殺祝制六等到封閉《大江報》，通緝何海鳴、凌大同，逼走王憲章、楊玉如，到殺張振武、方維，以及外雲軍民分治，內實大權獨攬，濫用刑訊，唆使鄂軍界干涉政治等問題均涉及到，雖然也是從法律角度提出問題，但接觸到了黎屠殺革命黨人的政治問題，說明了黎殺張、方非出于偶然違法，而出于敵視革命黨人的一貫立場。
報告甫畢，劉崇佑、劉國珍等大聲反對，不待議長宣布散會，紛言延會而去。至此，參議院中環繞著張、方事件的所謂彈劾與查辦也就不了了之。但黎元洪在革命黨人的聲討下，不得不為張振武開追悼會。他親往致祭，並致挽聯︰“為國家締造艱難，功首罪魁，後世自有定論，幸天地鑒臨上下，私情公義，此心不負故人。”
“殺戮首功之罪在黎不在袁”的認識，與同盟會領袖孫中山的態度有關。張、方被殺前，袁已多次邀請孫中山、黃興北上，面商國是，調停黨爭。16日，張、方被殺，大多數革命黨人都反對孫中山北上，他們認為“此等現象，一若並非真共和，殊形危險”。于是，眾人力勸孫中山、黃興不要輕入虎穴。同時，河南、安徽、廣東等省也紛紛致電孫中山與黃興，力阻他們只身進京，誤入圈套。但是，孫中山對眾人道︰
“無論如何不失信于袁總統，且他人皆謂袁不可靠，我則以為袁可靠，必欲一試吾目光。”
對于進京與否，黃興也有所猶豫，于是，孫中山也勸黃興暫止其行，以防突然。黃興正踟躕時，僕人乘機把他的行李搬回家。孫中山從上海同孚路黃興的寓所起程，在袁世凱的迎孫專使張𠠬、程克陪同下，登上商局的“平安”號輪船。與孫中山同行的有其夫人盧慕貞、秘書宋靄齡，還有魏宸組、居正、王君復等10余人。
在碼頭上，歡送孫中山的中外記者、各界人士，人山人海，他們團團將孫中山圍住，並一再勸他不要貿然進京︰“公世界偉人，歷經險阻，豈怯于民國成立之後，惟此行以有益無益為斷。觀北方情形，似即行亦無大裨益。”
但孫中山早已把個人安危置之度外，仍然決意北上。于是，送行的人。有人神情黯然，有人痛泣。孫中山一再向人們解釋，讓人們相信袁大總統，並聲明他這次進京，主要是想幫助袁世凱當好民國總統，解決好遷都、治政、建軍等一系列大事，並能一心一意搞些實業，改造中國。
在送行的人群中，有一美麗、年輕的女子，隨著孫中山一行混上安平號輪。在安平輪上，她趁人不注意，把孫中山請進一間船室內，爾後關上門，正當孫中山愕然之際，她掏出一把寒光陰森的尖刀，道︰
“先生是國民代表，共和堅城，必欲投身虎穴，我誓死反對！”
那年輕女子說著，便舉刀刎頸。孫中山見是個女志士，慌忙攔住，從她手里奪過尖刀，擲于地上，然後慰言再三，勸止百般，那女志士才肯下了安平輪，怏怏而去。
8月18日下午，“安平”號輪在“海琛”號巡洋艦的護送下，載著孫中山一行從上海啟程，去北京會見袁世凱。22日下午，“安平”號輪抵天津，孫中山在袁世凱的代表、教育總長範源濂、工商總長劉揆一等北京專員的陪同下，乘專列離開天津去北京。
袁世凱以歡迎元首的禮遇進行隆重的歡迎。孫中山來到北京，袁世凱將自己的專用的金漆朱輪雙馬車，飾以黃緞，供孫中山使用。
孫中山下了專列，只見北京站歡迎牌坊聳立，軍警如林，政府各部總長、議員、工商界、學界、報界、外賓都來迎接。由于北京市民早就期望看看這位革命領袖，加上袁世凱有意隆重接待，歡迎群眾達數萬人。孫中山舉帽從人叢中穿過，頻頻向人們致意、然後乘袁世凱的雙馬車由正陽門入城，進中華門。孫中山的馬車前呼後擁，沿途軍警林立，軍警背後便是人山人海。孫中山在代理內務總長趙智庵等政府官員的陪同下，來到石大人胡同外交大樓下榻。
袁世凱命令對孫中山的接待儀式要十分隆重，供奉要十分豐盛。袁世凱為接待孫中山來京，籌劃甚久，用心頗深。他把孫中山的館舍選擇在石大人胡同外交大樓，即袁世凱的總統府，這里建築既寬敞軒朗，鋪陳亦富麗堂皇，還便于警衛，而他自己卻搬到鐵獅子胡同國務院去辦公，故意把總統府騰出來，加以修繕，讓給孫中山居住。
孫中山因路途勞累，原準備在第二天會見袁世凱。但袁當晚就派人邀見，並舉行晚宴歡迎。孫中山去鐵獅子胡同總統府時，袁世凱早迎于廳下，互相禮畢，手拉手來到大廳。在晚宴上，袁世凱親自執盞于孫中山，致詞道︰
我盼望先生與克強久矣，今克強未與同行，未及共聆偉論，深引為憾，所幸先生惠然肯來，殊為欣慰。刻下時事日非，邊警迭至，世凱識薄能淺，深望先生有以教我，以固邦基，世凱忝負國民付托，謹代表四萬萬同胞，求賜宏論，以匡不逮。財政、外交，甚為棘手，尤望先生不時匡助。
孫中山見袁世凱如此說，便道︰“文久居海外，于國內情形或有未盡詳悉之處，如有所知，自當貢獻。惟自軍興以來，各處商務凋敝，民不聊生，金融滯塞，為患甚巨，挽救之術，惟有興辦實業，注意拓殖，然皆恃交通為發達之媒介，故當趕築全國鐵路，尚望大總統力為贊助，早日築成，則我民國前途受惠實多。”
袁世凱忙道︰“極是，極是！”
孫中山原只準備作短時間的拜會，但同袁晤談後，即“歡若平生，恨相見晚”，即留駐府中與袁暢論時事，至夜半猶未輟談。
次日，孫中山宣布自己北上的宗旨和政見7條︰（1）男女平權。（2）大鐵道計劃。（3）尊重議院。（4）南北不可分離。（5）大局急求統一。（6）報界宜造成健全政論。（7）決不居政界，惟願作自由國民。
袁世凱為了表示竭誠招待孫中山，特派唐在禮和大禮官黃開文在石大人胡同孫中山的行邸照料，並派有侍從多人听從孫中山等人支派使喚。孫中山如公出，即有人安排車馬，預洽休憩餐膳之所。袁世凱又特別命令巡警總廳︰凡孫先生出入除派馬隊侍從外，沿途均派軍警護衛，並斷絕交通。
孫中山每次外出，見途中總無一人，甚為詫異，得知是袁世凱特意安派之後，道︰“鄙人雖系退位總統，不過國民一分子，若如此尊嚴，既非所以開誠見心，且受之甚覺不安，應即將隨從馬隊及沿途軍警一律撤去，俾得出入自由。如大總統堅執不肯，則鄙人小住1、2日即他去矣！”
袁世凱得知孫中山心思，忙將軍警撤除。
孫中山住在袁世凱的總統府，石大人胡同一時車水馬龍，前往謁孫的人很多，有新舊政府成員，有前清遺老，有廣東同鄉，有日本人，有新聞記者。孫中山應酬不暇。
28日，袁世凱舉行盛大宴會歡迎孫中山，並邀請各部總長、各高級軍官，參議院議長吳景濂、總統府秘書長梁士詒，及孫毓筠、沈秉坤、章太炎、王賡、孫武、宋教仁、張紹曾，還有諸滿蒙王公作陪。席間，袁世凱致歡迎詞，道︰
“孫先生游歷海外20余年，此次來與我所商者，大有造于民國前途。……先是謠傳南北有種種意見，今見孫先生來京，與我談者極其誠懇，可見前此謠傳盡屬誤會，民國由此益加鞏固，此最可歡迎之事。”
袁世凱舉酒向孫中山致敬，並高呼︰“中山先生萬歲！”孫中山也起立作答︰“今日承大總統特開宴會，備極嘉許，實深感謝。”他稱贊袁世凱“富于政治經驗，善于練兵，擔任國事，可為中國得人慶”。孫中山高呼︰“袁大總統萬歲！中華民國萬歲！五大民族萬歲！”
宴後，袁世凱同孫中山就國內外重大問題舉行秘密會議。
由于孫中山在北上前就認為，中國無論由何人來執政，都不能有所作為。因為國力日竭，外患日逼，現實的政治狀況猶如一團亂麻，誰也一時難以措手足，如果只從黨爭下手，結果反而會越搞越亂，難以解決問題。現在既已讓位給袁世凱，就應該努力去疏通南北感情，融和黨見，支持他推行利國福民的政策，爭取有一個較安定的環境，有利于發展實業，使民生充裕，國勢不搖，從根本上解決國弱民困的問題。他對袁世凱失去警惕。來京後，袁世凱表面上又對他極為尊重，孫缺乏同袁世凱這樣的人物打交道的經驗，很容易受袁世凱的欺騙。袁世凱在張、方事件後，很需要孫中山的支持，來穩定革命黨人的不滿情緒，因而表現出極其尊重孫中山。他們倆人這才相互高呼“萬歲”來。
孫中山與袁世凱初次晤談後，就向自己的同志表示︰“袁總統可與為善，絕無不忠民國之意。國民對袁總統萬不可存猜疑心，妄肆攻訐，使彼此誠意不孚，一事不可辦，轉至激迫總統為惡。”
29日，孫中山致電黃興說︰“到京以後，項城接談兩次。關于實業各節，彼亦向有計劃，大致不甚相遠。至國防、外交，所見亦略同。以弟所見，項城實陷于可悲之境遇，絕無可疑之余地。張振武一案，實迫于黎之急電，不能不照辦，中央處于危疑之境，非將順無以副黎之望，則南北更難統一，致一時不察，竟以至此。自弟到此以來，大消北方之意見。兄當速到，則南方風潮亦止息，統一當有圓滿之結果。千萬先來此一行，然後赴湘。”
袁世凱為了鞏固他的統治，像盼孫中山一樣，也盼黃興能北上，他堅請孫中山特電黃興即日來京商議要政。孫中山致黃興的電報，就是應袁的請求發出的。
黃興在孫中山的敦促下，于9月5日率陳其美、李書城、張孝準、徐少秋等10余人，乘銘新輪離滬北上。
9月7日，黃興還在途中，袁世凱就頒令授黃興為陸軍上將，同時授上將餃的還有黎元洪和段祺瑞。
黃興抵京後上書辭謝，袁又批復說︰“該前留守奔走國是20年，提倡共和，改革政體，熱心毅力，百折不回，出死入生，堅苦卓絕，凡我經歷，中外咸知。……事經國務會議，金謂該前留守名冠軍界，眾論翕然，所謂收回成命，礙難照準。”
