宋教仁征得孫中山、黃興的同意後，在北京著手把統一共和黨、國民公黨、國民共進會、共和實進會、同盟會5黨合並成立國民黨。
宋教仁為什麼要把同盟會與其它政黨合並改組為國民黨呢？原因是南京參議院經過一場風波而北遷後，同盟會已不能控制參議院中的多數議席。5月中旬，共和黨成立後在參議院的勢力大增。在唐內閣風潮中，它同袁世凱狼狽為奸，宋教仁等深感要堅持責任內閣，就必須實行政黨內閣，而要實現政黨內閣，就必須組成強大的政黨，而要組成強大的政黨，同盟會就必須聯合其他政治力量，特別是當時在參議院佔有相當席位的號稱第三黨的統一共和黨。
同盟會改組為國民黨，宋教仁、胡瑛、魏宸組、譚人鳳、劉揆一、張耀曾、李肇等最積極，但屢次開會研究，均無結果。因為多數同盟會會員反對改組，他們認為“現值黨爭劇烈之時，本黨若稍有動搖，恐他人利我改名而分勢，其危險而不堪設想者”。田桐、白逾桓等人反對尤為激烈，他們“痛陳同盟會系數十年流血而成，今日當以生命擁護，此名與民國同體，奈何提及改組？”蔡元培也表示“不能舍己從人，名稱萬不能改”。
但是，由于袁世凱使用武力威脅參議院通過陸征祥任國務總理，統一共和黨在陸內閣風潮中和同盟會一起受到共和黨和軍警的攻擊，多數人異常激憤，于是終于決定和同盟會合並。同盟會為了增強在正式國會競選中同共和黨的競爭力量，也同意同統一共和黨合並。
統一共和黨的代表、參議院議長吳景濂向同盟會提出兩黨合並的3個條件︰（1）變更同盟會的名稱。（2）廢除民生主義。（3）改良內部組織。
吳景濂字蓮伯，奉天寧遠州人。1907年畢業于京師大學堂優級師範科後，留學日本。1909年回國任奉天諮議局議員，旋任議長。1912年任南京臨時政府參議院參議員，後任北京參議院參議員、議長。
8月5日，以岑春 為首的上海國民公黨得知統一共和黨和同盟會合並的消息後，派代表到京，表示願意參加，除同意統一共和黨所提出的合並3條件外，又提出取消同盟會綱領中的“男女平權”的要求。
岑春 原名春澤，字雲階。廣西西林人，光緒舉人。1898年任廣東布政使，旋調甘肅布政使。1900年率兵護送慈禧太後與光緒帝至西安，升陝西巡撫，次年3月調山西巡撫。後歷任四川、兩廣總督，殘酷鎮壓人民反清斗爭。1907年調任郵傳部尚書，因與奕�痢 攬 庵啊 911年武昌起義爆發後，又被起用為四川總督，見清廷大勢已去，未赴任。
同盟會為了達到改組擴大的目的，接受了統一共和黨和國民公黨所提出的條件，但堅持在黨綱中必須保留“民生”兩字。
8月7日，三黨代表開會，又有北京的共和實進會和國民共進會派代表參加。提出參加合並。他們就黨名黨綱達成最後協議，推定宋教仁、張耀曾和國民公黨代表楊南生負責起草宣言。
8月11日，同盟會代表宋教仁、統一共和黨代表谷鐘秀、國民公黨代表虞熙正、國民共進會代表徐謙、共和實進會代表許廉舉行正式籌備會議，宋教仁被推選為臨時主席。會上，通過了內部組織和“宣言”。兩天後，五黨聯名正式發布了國民黨成立宣言︰
共和之制，國民為國主體，吾黨欲使人不忘斯義也，故取其名曰國民黨。黨有宗旨，所以定眾志。吾黨以求完全共治。眾志即定于內，不可不有所標幟于外，則黨綱尚焉。故斟酌損益，義取適時，概列五事，以為揭櫫︰
曰保持政治統一，將以建單一之國，行集權之制，使建設之事綱舉而目張也。曰發展地方自治，將以練國民之能力，養共和之基礎，補中央之所未逮也。曰勵行種族同化，將以發達國內平等文明，收道一同風之效也。曰采用民生政策，將以施行國家社會主義，保育國民生計，以國家權力，使一國經濟之發達均衡而迅速也。曰維持國際平和，將以尊重外交之信義，維持均勢之現狀，以專力于內治也。凡此五者，綱領略備，若夫條目，則當與時因應，不克圖定。
國民黨成立宣言發布的同一天，孫中山、黃興便通電國內外同盟會各支部，通告同盟會改組為國民黨。
8月25日，國民黨在北京湖廣會館召開成立大會。到會者2000余人。張繼為臨時主席，報告五黨合並經過以及政綱的起草經過。因為國民黨政綱是由同盟會政綱演繹而來，但國民黨政綱里取消了男女平權一條，于是，參加大會的同盟會女會員唐群英、沈佩貞等人大怒，她們圍著宋教仁嚴詞詰問，其中一個女會員怒不可遏，一把抓住宋教仁的頭發，左右開弓，打了他幾個嘴巴，使會場大駭。繼而，為國民黨政綱中是否補入“男女平權”一條，主席主持以舉手形式表決。
結果，舉手者未過半數，仍然沒有通過。
接著，大會發選票選舉理事和參議。不久，大會開檢選票，選出孫中山、黃興、宋教仁、王寵惠、王人文、王芝祥、吳景濂、張鳳 、桑貢納爾布九人為理事。孫中山又被推為理事長。
國民黨內部組織分為總務、政事、交際、文事、會計5部和政務研究委員會。總務部主任干事魏宸組、殷汝驪，干事任鴻雋等；政事部主任干事谷鐘秀、湯漪。政事部下又設有選舉科，主管干事楊永泰，干事張東蓀、沈鈞儒、徐傅霖、羅文干、劉盥訓、張耀曾、伍光建、文群、仇鰲等。交際部主任李肇甫，干事覃振、顧維鈞。文事部主任干事楊光湛。政務研究委員會主任干事張耀曾、劉彥，干事馮自由、石志泉、吳鐵城等。
大會選出參議︰胡漢民、柏文蔚、陳錦濤、李烈鈞、張繼、蔣翊武、唐紹儀、孫毓筠、譚延 、尹昌衡、于右任、馬君武、田桐等29人。名譽參議鈕永建等7人。
孫中山來到會場，全體與會代表起立，脫帽向孫中山致敬。然後，孫中山發表演講，他說，“中國當此危急存亡之秋，只宜萬眾一心，和衷共濟。五黨合並，從此成為偉大政黨，或處于行政地位，或處于監督地位，總以國利民福為前提，則我中華國民將可日進富強。故兄弟于五黨合並，有無窮之希望。……政黨之必有兩黨或數黨互相監督，互相扶助，而後政治方有進步。故政黨者雖意見之不同，行為之不同，要皆為利國福民者也。今五黨合並，諸君皆當持此觀念，則民國前途永無危險之象。……同盟會素所主張者有三主義，一民族主義，二民權主義，三民生主義。今民族、民權已達目的，惟民生問題尚待解決。……男女平權本同盟會之黨綱。此次欲組織堅強之大政黨，既據五大黨之政見，以此條可置緩圖，吾人以國家為前提，自不得不暫從多數取決。然苟能將共和鞏固完全，男女自有平權之一日。”
孫中山語聲剛落，群情振奮，歡聲雷動，在奏樂聲中，孫中山退出會場。
同盟會改組為國民黨後，孫中山仍要宋教仁直接負責，他委托宋教仁為代理理事長，並一再表示，不多問黨事。他認為政治革命的任務已經完成，中國的社會革新，比黨務與政治問題更重要。他說︰
“現在我正在集中我的思想與精力于從社會、實業與商務幾個方面重建我們的國家。對于西方國家勞資間的不協調以及勞工大眾所處的困境，我所見已多，因之，我希望在中國能預防此種情形的發生。由于實業的發展，生產必將增加，而此種情形的變化，必將有加深勞工階級與資本所有者之間分野的危險。我希望看到人民大眾的生活狀況獲得改善，而不願幫助少數人去增殖他的勢力，直至成為財閥。”
正是基于這種認識，他才大力宣傳民生主義，鼓吹發展實業，把興辦鐵路作為他工作的中心。
孫中山表示不多問黨務，並不是不問，對于國民黨的思想建設和組織建設等重大問題，他仍以國民黨理事長的威望和權力，給予指導。
國民黨成立後，為了擴大聲勢，爭取多數，到處拉人加入。國民黨對“青年之士子，跋扈之武人，市儈之商販，皆攙雜于其中，對于大官闊佬，則不問其是否同情，預寫文憑，強之加入”。
孫中山、黃興都同意大批發展國民黨黨員。黃興一到北京，一心一意擴大政黨，他在北京逢人便動員其加入國民黨，上至袁世凱，下至一般君主立憲派分子、舊官僚以及前清遺老，都是黃興動員的對象。孫中山、黃興極力邀袁世凱加入國民黨，作為國民黨首領。袁世凱內心不願加入，他根本反對資產階級民主革命，但他為了拉攏孫中山等人，態度曖昧，虛與委蛇，使孫中山、黃興存在種種幻想。後來袁世凱向國民黨參議柏文蔚解釋說︰“入甲黨，則乙黨為敵，入乙黨，則丙黨為敵，實不敢以一己之便安，而起國中之紛擾。”
黃興到京後，袁世凱舉行了歡迎黃興的公宴，袁世凱再一次親自到場主持。因為有孫夫人參加，所以政府方面除了國務院各總長、次長及總統府各重要大員七八十人為陪賓外，其夫人也都參加。
晚宴在居仁堂大殿舉行。袁世凱講了歡迎詞後，孫、黃答謝，態度毫無拘束。然後便是陪賓們依次致辭。
軍事處副處長傅良佐坐在西南角，他在致辭時，從恭維孫中山、黃興，自然地轉向恭維袁世凱，出于本性，繼而不自覺地牽涉到政治，批評國民黨說︰“共和是北洋之功，同盟會是暴徒，只會亂鬧……”
有人開始響應，高聲叫喊︰
“孫中山一點力量也沒有！”
“孫中山是孫大炮、大騙子！”
晚宴騷亂起來，有人偷看孫中山，見他態度從容如常，若無所聞。黃興雖然有些坐立不安，但見孫中山如此，也穩定下來，不為所動。
袁世凱見火候到了，該出來壓一壓了，便站起身來，用拳頭猛砸桌子，眾人立即寂靜下來。袁世凱怒叱道︰“我們今天歡迎孫先生、黃司令，不要說那些題外的話！”爾後，他拱手向孫中山、黃興說︰“北洋軍人都是老粗，程度不太夠，望孫先生、黃司令海諒！”
孫中山氣量寬廣，面帶微笑點頭，他見袁世凱坐下，便站起來，舉杯道︰
“我與黃興相約，皆放棄正式總統的競選，讓項城作總統10年，練兵百萬。我經營鐵路設計，把鐵路線延長20萬里，民國即可富強！”
孫中山的這一席話，正中袁世凱下懷，他站起來大呼︰
“孫中山先生萬歲！”
孫中山接著呼喊︰“袁大總統萬歲！”
黃興本對袁世凱產生懷疑，尤其是張振武被殺案，使他不想北上進京與袁世凱會談，後經孫中山說服，消除了對袁世凱的疑慮，他到京便說︰
“定當調和一切，使我同胞無稍隔閡，和衷共濟，以鞏固民國基礎。”
孫中山和黃興利用一切場合呼吁停止黨爭，勸說革命黨人平和對待政府。孫中山在國民黨成立大會上，還告誡革命黨人，要破除黨界，勿爭意見，勿較前功，即有他黨反對，我黨亦宜以和平對付。他不顧袁世凱屢用軍警干涉政治的嚴重事實，要革命黨人相信，此次共和既由軍人贊成，則軍人決無破壞共和之事。他還邀集原同盟會在京各報負責人座談，要求他們勿猛烈攻擊袁世凱。黃興北上途中，在天津演講宣稱︰“以化除黨見，統一精神為第一要義。”到京後更提出“以和緩手段，對待嬰兒之政府”，要求報界諸君，須犧牲黨見，共維大局。孫中山反對革命黨人對袁世凱采取激烈態度，他說︰“國民對袁總統萬不可存猜疑心，妄肆攻訐，使彼此誠意不孚，一事不可辦，轉至激迫袁總統為惡。”
孫中山極力說服黨內和平了結張、方案件，認為“彈劾大可不必，蓋于事實毫無補救。”
孫中山在京近1月，先後與袁世凱晤談13次，每次談話均由梁士詒陪同。談話自下午4時至晚10時或12時，有3、4次直談到晨2時，所談的都是國家大事，包括政治、財政、實業、外交、國防等問題。每次會談，報紙上都有大體的報道，但沒有記錄發表。每次談話，袁世凱都裝出十分謙恭的樣子，無論孫中山說什麼，他都頷首︰“所言極是。”就連孫中山提出的“耕者有其田”的激進主張，他也滿口答稱︰“事所當然。”偶有異處，袁世凱也說“貴論宏大，可以參考”之類的奉承話。
某夜，孫、袁會談結束後，梁送孫回行館，孫問梁︰“我與項城談話，所見略同。我之政見，彼亦多能領會。惟有一事，我到今尚疑，君為我釋之。”
梁問是什麼事？
孫道︰“中國以農立國，倘不能于農民自身求徹底解決，則改革匪易。欲求解決農民自身問題，非耕者有其田不可。我說及此項政見時，以為項城必反對。孰知彼不特不反對，且肯定認為事所當然，此我所不解也。”
梁士詒回答道︰“公環游各國，目睹大地主之剝削，又生長南方，親見佃者之苦，故主張耕者有其田。項城生長在北方，而北方多屬自耕農，佃農者少之又少，故項城以為耕者有其田系當然也。”
孫中山推心置腹暢所欲言，袁世凱百般地曲意相從，二人談得十分“投機”。當然，袁世凱的“謙恭”不過是為了騙取孫中山的好感，是要孫中山作出更大的讓步。因此，談話中袁總是“諄諄以國家與人民為念，以一日在職之苦”，“訴黨派競爭之苦”，並表示︰“俟國會召集，選出新總統後，鄙人亦可一息仔肩，退為國民，與諸君子共謀社會上之事業。”袁世凱百般地曲意相從，很快就騙得了孫中山“十年內，大總統非公莫屬”的保證。
孫中山對袁世凱的話很滿意，他後來曾說︰“余在京，與袁總統時相晤談，討論國家大政策，亦頗入于精微。故余信袁之為人，很有肩膀，其頭腦亦甚清楚，見天下事均能明澈，而思想亦很新。不過，作事手腕稍涉于舊，蓋辦事本不能全采新法。……故欲治民國，非具有新思想、舊經驗、舊手段者不可，而袁總統適足當之。……今日之中國，惟有交項城治理。”
黃興同袁世凱晤談後，不止一次地對人說︰“袁熱心維持民國，實為今日第一人物。袁總統經營國事，不辭勞怨，實所欽服。”
袁世凱在發生內閣危機時邀請孫、黃北上，想請他們解決陸內閣的風潮問題。
8月20日，陸征祥提出辭職後，袁想讓他的親信趙秉鈞擔任內閣總理，但又怕參議院通不過，于是一面任趙為代理總理，一面聲稱內閣總理待孫、黃到京後協商解決。與此同時，又故意作出物色人選、改組內閣的姿態。他先是派範源濂、劉揆一動員宋教仁出任內閣總理，宋以僅換總理，閣員仍采各黨混合，既不能組成強固的政府，又不合國民黨政黨內閣的主張，辭謝不就，並表示待孫、黃到京後再議。
孫中山到京後，28日同陸征祥會見時曾勸陸勿存退意。當袁向孫征求內閣總理人選的意見時，孫提議由宋教仁出任，黃興也來電勸宋擔任。宋以臨時政府即將結束，所余時間很短，不能多所施展，調和南北感情須有威望素著者，始能得到人們信仰之理由，反過來建議由黃興任內閣總理。
黃興北上到天津，宋迎黃于天津時，又動員唐紹儀、陳其美共同促黃出任總理。以後袁、黃會晤，袁也作出動員黃為總理的姿態。黃興以準備專心致力實業來謝絕。袁世凱就趁勢提出在趙秉鈞和國民黨籍的沈秉坤兩人選一人擔任總理。袁提沈秉坤自然只是作為陪襯。黃興認為沈、趙兩人均可。宋教仁反對沈而贊趙，因為他認為沈若出任，必然破壞國民黨政黨內閣的主張。在京國民黨人亦多認為國會大選在即，臨時政府時間已不長，如沈勉強出任，萬一短命，對國民黨不利。
經過反復商議，多數國民黨黨員主張取放任主義，謂不如即用趙秉鈞為總理，俾得組一純粹的袁派內閣，黃興便代表國民黨正式向袁提出趙秉鈞為總理，這當然正中袁世凱的下懷。9月24日，經參議院通過，趙內閣正式成立。
趙秉鈞正式任內閣總理後，黃興建議全體閣員加入國民黨，以便實現政黨內閣。狡猾的袁世凱見黃興畫餅充饑，極表贊成。于是黃興、陳其美在六國飯店宴請全體國務員、國民黨議員、國民黨本部各部正副主任與新聞記者，正式宣布“歡迎新加入國民黨的國務員諸君”。可是那些新加入國民黨的國務員們在宴會上說了幾句應酬話之後，根本不拿國民黨當回事。內閣總理趙秉鈞說︰“我們並未理他。”範源濂、周學熙、朱啟鈐表示不承認。表示積極的惟有最熱心做官之外交總長梁如浩，及以留學生一躍而至農林總長之陳振先。有人譏笑黃興拉這些人入黨實是“天然湊成一部一見哈哈笑耳。”也有人說忠厚老實的黃興勸趙內閣加入國民黨，變趙內閣為國民黨內閣，是要用“化男為女”的玄想，去化舊為新。
孫中山一心撲在中國的實業上，在他的心目中，頭一件大事，就是把中國的鐵路搞上去。他到張家口視察了詹天佑設計修建的鐵路，並游覽了長城。孫中山希望自己鐵路建設計劃能夠得到“參議院之贊同，政府之特許”。袁世凱表面上滿足了他的這個願望，正式任命他為全國鐵路督辦，全權督辦全國鐵路。孫中山預定的3大鐵路干線是︰由廣州經廣西、雲南、四川，通入西藏、繞至天山之南。一由揚子江口，經江甦、安徽、河南、陝西、甘肅、新疆以迄伊犁。一由秦皇島，繞遼東折入蒙古，直穿外蒙，以達烏梁海。資本定為60億元，里程為20萬里，期限10年。籌款方法是借債修路，允許外人承辦，但限期若干年收歸國有。
9月18日，孫中山離開北京，到各地考察鐵路、礦務，結束了他這次北京之行。他在孔祥熙的陪同下，前往山西太原，去和閻錫山會面。
孫中山和黃興在京熱心調合南北，又公開表示信任、擁護袁世凱，為袁世凱施展詭謀提供了可乘之機。孫中山走後，袁世凱發表了自己擬定的袁、孫、黃、黎的共同宣言，即八大內政大綱。這共同宣言沒有經過孫中山、黃興的酌定。那黎元洪因為張振武案，回避與孫、黃見面，未入京，只列上了名。9月25日，“四大偉人”之協定政策予以公布，這“四大偉人”協定又稱為八大內政大綱。其內容是︰
（1）立國取統一制度；（2）主持是非善惡之真公道，以正民俗；（3）暫時收束武備，先儲海陸軍人才；（4）開放門戶，輸入外資，興辦鐵路礦山建置鋼鐵工廠，以厚民生；（5）提倡資助國民實業，先著手于農、林、工、商；（6）軍事、外交、財政、司法、交通皆取中央集權主義，其余斟酌各省情形兼采地方分權主義；（7）迅速整理財政；（8）竭力調和黨見，維持秩序，為各國承認之根本。
孫、黃為除祛袁之猜疑心理，表示無意競選正式總統，而黎元洪亦通電預辭總統︰“沉機默運，智勇深沉，洪不如袁項城；明測事機，襟懷恬曠，洪不如孫中山；堅苦卓絕，一意孤行，洪不如黃善化（黃興，湖南善化人）。”黎又另致共和黨之私電，則僅推重袁世凱一人。南北表面上的諧和一致賴以鑄成，實則袁、黎之間扭得更緊。
