在反對復闢帝制的大聯合陣線內，有兩個小聯合︰一個是以進步黨、西南實力派為主的聯合，稱護國軍；一個是以中華革命黨和原國民黨為主的聯合，稱中華革命軍、討逆共和軍。兩者在反袁大目標上是一致的。
南方各省都督在討袁的二次革命失敗後，有兩種結局，一是被袁世凱取消都督職，通電緝拿，如李烈鈞、胡漢民、柏文蔚等；二是繼續留都督職，袁世凱待他的勢力能夠控制這些地區後，便把他們撤職調離、監視或逮捕。江甦都督程德全、自稱為安徽都督胡萬泰、福建都督孫道仁、湖南都督譚延 、雲南都督蔡鍔、浙江都督朱瑞都是屬于這一類。這些都督自動取消獨立後，袁世凱開始表示寬大為懷，只要他們能夠擺脫國民黨的控制，是可以不加任何處分的。但當北洋軍或其附屬軍的力量達到這些省區的時候，袁世凱就違反了諾言，把這些風吹兩邊倒的角色逐出了政治舞台。
程德全始終不敢回南京。胡萬泰被調任一個不重要的位子，不久就被打入冷宮。袁世凱命海軍總長劉冠雄率第4師第7旅旅長李厚基的部隊，由海道開到福州，以編遣為名解散了湘軍，隨即在舊藩台衙放了一把火，把孫道仁嚇跑了。
袁世凱派海軍次長湯薌銘率領楚有等艦開到岳州，袁的虎將曹錕的第3師也奉命開到岳州，湖南已成甕中之鱉。袁又用“借刀殺人”和“調虎離山”老計策，請黎元洪兼領湖南都督。黎“敬謝不敏”，袁又送他一個順水人情，請他“薦賢自代”。黎元洪知道湯薌銘是袁身邊的一個紅人。這個加入同盟會最早，而後來又出賣過同盟會，與國民黨結下了不可解的深仇的“中將湯”，就是湖北名流湯化龍的親兄弟。黎元洪要迎合袁的意旨，就推薦湯薌銘任湖南都督。
袁世凱發布了湯鄉銘為湖南都督、王瑚為湖南民政長的命令，並令譚延 “入京待罪”，又將湘軍師長趙恆惕押解到北京問罪。
譚到北京後，陸軍部判處他四年有期徒刑。黎與譚有相當的歷史淵源，又揣想袁對譚沒有很深的惡感，因此便為譚說項，袁世凱便下令特赦。趙恆惕被判三年有期徒刑，由于蔡鍔等具保，不久也得到特赦。
袁世凱下了一道命令︰“蔡鍔準給病假三個月，著來京調養。調唐繼堯署理雲南都督。派劉顯世為貴州護軍使。”同時打電報要浙江都督朱瑞到北京接洽要公。
朱瑞因旅程較近先到北京。他換了一身軍服，在總統府承啟處等候召喚。袁派一個承啟官走出說︰“總統吩咐，朱都督是自己人，不要拘形跡，請換便衣來見。”
朱瑞打算回去換便衣，被承啟官阻止，引導他走進一間屋子，拿出一套狐皮袍子和馬褂給他穿上。朱對著衣鏡照了一下，增之則長，減之則短，像是量著他的身材裁剪一樣。
朱瑞在承啟官的引導下來到居仁堂，見到春風滿面的袁世凱，緊張得說不出話來，袁世凱像熟人一樣，請他坐下，海闊天空地同他談話。
袁出其不意地問道︰“介人，你若是反對我，就應該宣布獨立，若是反對亂黨，就應該明白表示，你宣告中立是什麼意思？”
朱瑞曾擔任過新軍標統和江浙聯軍司令，他戰戰兢兢地回答不出一句話來，袁看出他很受窘的樣子，馬上用別的話岔開，而且臉上老是那樣和善而親切，好像對這個問題並不介意。談到末了，站起身來說︰
“你應當早點回去，地方治安要緊。”
朱瑞隔了幾天仍穿那套狐皮袍子和馬褂到總統府，向袁世凱辭行。總統府三步一哨，五步一崗，戒備得非常嚴密。他走進居仁堂，見袁世凱身穿一套金邊耀眼的大元帥制服高高坐在上面。未等朱瑞開口，袁世凱正顏厲色地說了一連串的話，“軍人不可無紀律”，“軍人以服從命令為天職”，口氣非常嚴厲，嚇得朱瑞連頭都不敢抬，渾身淌著大汗。
這就是袁世凱慣用的“懷之以德，臨之以威”的戲法。這套戲法並不是他發明的。他只是把從古以來的奸雄駕馭“人才”的權詐之術搬來表演一番。
蔡鍔在離開雲南之前，將印信交給軍長謝汝翼代管，沒有和任何人告別，悄悄地離開四季如春的昆明。民政長羅佩金也隨同他出境。過去袁世凱對雲南鞭長莫及，此時他已統一了全國，就不怕雲南一隅之地抗命造反了。
蔡鍔來到北京，袁世凱仍然用對付朱瑞的那套戲法來對付他。但那套戲法用在頭腦冷靜和意志堅強的蔡鍔身上，就不起作用了。袁發現這個瘦小個子是個不容易對付的人，便不放他回去，立刻派密探監視著他的行動。
袁早已布置好一道假情報，誣蔑蔡鍔在雲南有脫離中國版圖、另建一國，自號為“大漢王”的叛國企圖。袁在這個假情報上親批“應查”兩字，命內史歸入檔案。這個舉動是寓有深意的︰原來他已看中了蔡鍔是個長于治軍而又嚴肅不苟的人，很想收作奴才，隨時可以抽出這個檔案來加他一個“叛國”的罪名而置于死地。
袁世凱看中蔡鍔是個長于練兵的軍事人材。蔡被袁騙到北京加以監視起來後，經常同湖南同鄉楊度往來，通過楊的關系，與總統府內史夏壽田也有來往。
楊度早已看出袁對北洋舊將有所不滿，並且有改造北洋派的決心，于是，與夏壽田里應外合地推薦蔡鍔主持新的建軍工作。這個建議正與袁的心意相符合，袁認為如果蔡擁兵在外，對他是不能放心的，把蔡圈禁在北京城，叫他主持建軍工作，就不可怕了。但袁世凱是個猜忌心極重的人，他始終把梁啟超當作一個政治上的假想敵人，而蔡鍔又是梁啟超的學生，他又不能不顧慮到梁蔡之間的密切關系。
楊度向袁世凱勸道︰“師生關系並不是牢不可破的。梁啟超就是康有為的得意門生，而現在康梁分了家。如果總統結之以恩，蔡鍔必然樂為總統所用。”
袁世凱向來是拿功名富貴拉攏人的，楊度這番話正與他的見解相符合。袁向夏壽田說︰“小站舊人現在暮氣沉沉。我對南方人沒有成見，如果南方人不反對我，我未嘗不可以重用他們。如果蔡鍔靠得住，你就做他的副手吧！”
夏壽田是楊度的湖南同鄉，又是同學，他做總統府的機要秘書又是楊度推薦的。袁世凱用人從來就是以門第為重，夏是豪門出身，而又具有辦事殷勤和文思敏捷的優點，因此是總統府內史中的一個頭等紅人。夏雖不是軍人出身，袁用人慣于采取監視制度，用夏做蔡的副手，是用他監視蔡的一種做法。
袁世凱打算先派蔡為參謀總長，以代替不到部的黎元洪，然後調蔡任陸軍總長，以代不听調度的段祺瑞。蔡鍔同意了這個計劃。
袁世凱先後任命蔡鍔為政治會議議員、約法會議議員、參政院參政、經界局督辦、昭威將軍、大元帥統率辦事處辦事員等職，這些都是袁世凱“結之以恩”的做法。
但是，袁世凱身邊有一個策士反對用南方人主持建軍工作，他向袁進言說︰“要完全解除北洋舊將的兵權是辦不到的，只能逐步地削弱他們的兵權，使他們不致成為中央的後患就夠了。用南方人主持建軍也是行不通的，因為北洋派是一個有地方色彩的團體，要在軍事上有所改革，也只能用北方人而不宜用南方人，對于這樣一個有關國家安危的大問題，只能行之以漸而不能操之過急，否則禍變之來，可能不在將來，而在今日。”
這個意見又恰恰打中了袁世凱多疑的要害，因此，用蔡鍔來改造北洋派的計劃就被擱淺了。
袁世凱便用王士珍代段祺瑞為陸軍總長。段祺瑞是個剛愎自用之人，他沒有掌握中樞大權之前，對袁百依百順。隨著職權的提高，對袁的恭順態度日益減退，不甘心自處于有職無權的地位。袁疑心他日益攬權是想在北洋派內組成一個小集團，進而篡奪他的兵權和政權。袁段之間的矛盾逐漸擴大，以致啟用北洋“三杰”中不問國事回原籍的王士珍為陸軍總長，解除段的陸軍總長職務。
袁世凱一生從不以誠待人。他認為一手可以掩盡天下人的耳目，作偽可以欺騙朋友，欺騙部下，乃至欺騙全國人民。可是受到欺騙的不是別人，而正是他自己。他每天所接觸到的都是些寡廉鮮恥、阿諛爭寵的私黨，看不見一個真人，听不到一句真話。他自己慣于作偽，他的私黨也就用作偽的手段來回答，把他封鎖在消息隔絕、耳目閉塞的愚人世界里，用奉承話對付他。
袁世凱稱帝後，即使是妥協派梁啟超之流，也鼓起勇氣來發動討袁事業。籌安會成立的第二天，楊度請與梁啟超關系密切的湯覺頓、蹇念益去天津，同梁接洽。他們會見梁時，還沒有來得及開口，梁就拿出寫好的《異哉所謂國體問題》一文給他們看。梁啟超道︰
“我在動筆寫文之前，寫出了題目後，好幾天都沒有寫出一個字來。我不能不顧慮到這篇文章發表後，進步黨人會受到袁的迫害，像以前國民黨人被袁亂砍亂殺一樣。正在狐疑不決的時候，袁忽然派人到天津來，贈給我20萬元，以10萬元補祝我父親的七旬大壽，以10萬元作為我出國的旅費，因此，我覺得這篇文章就非寫不可了。”
湯、蹇看了文章，都嚇得變了顏色，認為這對袁是一顆政治炸彈，同時對進步黨也是一道催命符。
梁啟超把文章的語氣修改得和緩一些，並托湯蹇帶去一封給楊度的絕交信︰“吾人政見不同，今後各行其是，不敢以私廢公，但亦不必以公害私。”
這一天，蔡鍔也從北京來到天津拜訪老師梁啟超，他們在密談中決定了發動反對帝制的全盤計劃。
蔡在去天津之前，楊度勸他加入籌安會作為發起人之一，蔡借詞推脫。蔡到天津時，楊請他以師生關系勸梁不要發表反帝制的議論。蔡回北京後，用“人各有志，不能相強”的話來回答。
蔡鍔為了避免袁黨的猜疑，雲南會館將校聯歡會發起軍界請願改行帝制時，他提筆簽了頭名。此後，他經常和楊度等在八大胡同飲酒看花，挑選雲吉班妓女小鳳仙作為他的冶游對象，因此，袁黨漸漸地不把他當作一個有志氣的人物。到了這時，蔡鍔才開始布置軍事反袁。
他電召卸任不久的貴州巡按使戴戡來京。戴與貴州人王伯群到北京後，即成為蔡與雲貴將領秘密聯系的居間人。蔡派王伯群攜帶密函先到昆明。蔡和戴戡、陳敬銘兩人著大禮服共攝一影，留作“不成功即成仁”的紀念。
蔡鍔又與黃興取得聯絡，亡命東京的蔡的士官同學張孝準成了中間聯絡人。張孝準派了一個姓何的人到北京，將密電碼一本交蔡收執。隨後又派李小川持密函到北京，商量討袁計劃。
蔡鍔的住宅常有南方人往來，引起了偵探們的注意。一天，蔡剛起床，便听見門外大吵大鬧，他的看門人說，這是蔡將軍的住宅，不許你們檢查；一個人粗暴地回答說，不管什麼將軍，我們一定要執行檢查。隨後一個北洋軍的劉排長帶領七八個如狼似虎的士兵沖進蔡的住宅，在各個房間里翻箱倒篋地搜了一遍，卻什麼也沒搜查到。直到他們呼嘯而去，蔡才打電話找軍政執法處處長雷震春講話，雷未起床。等到下午，雷才回電話說︰“這是一場誤會，真是豈有此理！”
後來雷向蔡說，他把劉排長槍斃了。但雷所說槍斃的劉排長，其實是一個名叫吳寶 的犯人。那位劉排長安然無恙。
袁從蔡那里搜不到任何證據，因而放松了對他的偵察。蔡從此經常請病假，不久借與小鳳仙乘車出游的機會，機警地溜到了東車站。梁啟超早已派老家人曹福買了兩張三等車票，在車站等候著。直到蔡上了車，曹福才悄悄地把一張車票塞在他手里。他們兩人在車中裝作互不相識。火車到了天津站，曹福護送他到意租界會見梁，與梁會談後，又護送他到日租界同仁醫院預先訂好的房間下榻。
黃興派張孝準來天津掩護蔡鍔脫險。張、蔡兩人乘輪船赴日本神戶。蔡鍔派戴戡由天津啟程到香港，為他作開路先鋒。
蔡鍔變得像個戲劇性人物，他到了神戶，用恭順的言詞寫信向袁請病假，並說明東渡就醫情況。他又寫好了一張張明信片，請張孝準旅行日本各地，每到一地就給袁發出一張明信片，借以哄騙袁相信他仍在日本各地游覽。蔡則經過上海、香港、河內回到雲南去了。
蔡擅自到日本就醫，不能不使袁動疑。袁這個老奸從來就是會做戲的，他一面派人代理蔡的職務，一面在給蔡的信上批準給假，盼望他早日痊愈回京供職。
雲南2師1旅和警備隊40營的中級軍官鄧泰中、楊蓁、董鴻猷、黃永祉等，勸雲南將軍唐繼堯發動討袁，唐假口各方情況不明，極力勸他們不要操之過急。
黃興派李烈鈞、方聲濤、熊克武、龔振鵬等早些時日到達昆明。蔡鍔偕同戴戡、殷承 、劉雲峰等來到昆明，王伯君早3天到達。
早在蔡到達香港時，袁世凱已接到密報。袁立即用參謀部名義致電唐繼堯，如果蔡到雲南，請即予扣留。兩天後，袁直接電唐，如果蔡鍔、戴戡來滇，可以便宜行事，就地正法。唐回電說，蔡在雲南的舊部雖很多，但已妥為移置，中下級軍官都是服從本人的，不致被人煽惑。蔡化裝由滇越路經過阿迷州投宿旅店時，知事張一 想下毒手暗殺他，幸而得到鐵路警察救護，沒有遭到毒手。
蔡到昆明，使雲南人心更加振奮，但唐繼堯對雲南軍與北洋軍的力量對比存有很大顧慮。蔡向他談了北洋大將馮國璋、段祺瑞都反對袁世凱，大大消除了唐的顧慮。
唐繼堯于1915年12月22日召集軍事會議。蔡鍔在會議上發表沉痛動人的演說，主張即日興師討袁。他說︰“我們與其屈膝而生，毋寧斷頭而死！我們所爭者，不是個人的權利地位，而是四萬萬同胞的人格！”
參加會議者一致慷慨激昂地表示，願意斷頭而死，不可屈膝而生。唐繼堯建議“先禮後兵”，首先勸告袁取消帝制，如拒不接受，然後通電討袁，眾人不便反對。會議推唐繼堯為雲南都督兼第三軍總司令，坐鎮後方；蔡鍔為第一軍總司令，進攻四川；李烈鈞為第二軍總司令進攻廣西。雲南軍改稱為護國軍。
次日，唐繼堯和雲南巡按使任可澄通電勸袁取消帝制。25日，唐繼堯、任可澄、蔡鍔、戴戡聯名通電宣告獨立。
袁世凱頓足大怒，先是電責蔡鍔“潛行至滇，脅誘唐任”，後又下令褫奪唐繼堯等人的官職，並派雲南軍第1師師長張子貞代理將軍，第2師師長劉祖武代理巡按使，要他們押解蔡、唐等人到北京治罪。這些命令由英國公使朱爾典令雲南領事轉交給劉祖武和張子貞，劉祖武據實上報未受處分，張子貞隱匿未報被撤職。袁的離間計沒有得逞。
討袁戰爭開始時，與蔡鍔正面作戰的，是與他有結盟關系的陳啳。蔡陳在北京時經常相互來往。陳鬯由北京往四川時，蔡介紹三個湖南人雷飆、馬貺生、王某做他的屬員，陳就任命雷飆到川軍第2師擔任旅長，馬貺生為軍需科長，王某為軍務科長。
袁世凱派陳鬯督理四川軍務時，在北洋軍中抽調李炳之、伍禎祥、馮玉祥三個混成旅隨同陳鬯入川。陳在啟程赴任前，曾到總統府請袁面授機宜。袁說︰
“我想，四川自古以來稱為天府之國，明朝藩王的殿址仍然存在，你去很好地把它修葺一下，也許我將來叫克定到四川來，你去和克定一談，你們當自己弟兄看待。也許我將來叫你負更大的責任。”
不料袁克定這位皇太子的眼楮生在額角上，陳鬯去看他，十分掃興地想要退出來，忽然看到袁的一個老家人飛步跑進來，向袁克定說︰
“總統傳下話來，叫大爺和陳大人換帖拜把子。”
袁克定便立即改口稱陳鬯為二哥，並且換了一副極其親熱的樣子，請他坐下密談。陳問到袁克定的兄弟們，他皺著眉頭說︰
“別提他們了，都不是好東西！”
陳鬯啟程的那天，北京文武長官紛紛到車站送行，汽車排成一字長蛇陣，沿途軍警密布，鐵路兩旁和月台上人山人海。陳鬯乘坐的火車到了武漢大智門時，湖北文武官員排隊到站歡迎。彰武上將軍、督理湖北軍務的段芝貴和幫辦湖北軍務的王佔元，特備大紅請帖把陳和他的隨員都接過江去饗以極其豐盛的筵宴。陳換船過沙市、宜昌時，都受到了隆重的歡迎。
陳到成都後，每天忙于督修皇城，仿照北京宮殿式，朱甍畫棟，壯麗奪目。有人問他為何重視這個不急之務，他說︰
“我是替袁總統的老大當差的，老頭子有立愛不立長的意思，我想老五袁克權最有希望。”
那人又問︰“太子到四川，將軍將往何處去？”
他答道︰“我以前由四川到雲南，我想我會走上這條老路線。我的任務是做他們的開路先鋒。”
陳鬯是袁的重要爪牙之一，但他與袁存在著很大的矛盾。當他出京時，袁曾面許將川、滇、黔三省軍事交他全權辦理，他到四川不久，袁就派張聯芬做他的參謀長，陳知道這個新參謀長是派來監視他的。雲南起事後，袁世凱派曹錕督師入川，事先並未征求陳的意見，陳知道即使打退了護國軍，四川將軍一席必然落入他人之手。這些不滿和不安情緒，使陳對戰事采取消極應付的態度。蔡鍔曾電勸他響應獨立，他用“事權不一，環境困難”為由拒不接受，但他在電文中從來不罵蔡，對蔡始終保持有一種似敵非敵似友非友的模稜態度。
蔡鍔的護國軍第一軍下設3個梯團，梯團司令由劉雲峰、趙復祥、趙鍾岳分別擔任。蔡的作戰計劃是︰他自己率領第一梯團由昭通直趨敘州，這是進攻四川的主力；第二梯團向貴州畢節出發，到畢節後，或者北向進攻滬州，或者東下貴陽而將矛頭指向湘西；第三梯團作為入川的後續部隊，預計一個半月以後，再集中開到四川。
陳鬯把川北的伍祥禎旅調到敘州布防，守滬州的是川軍第2師熊祥生旅，第2師師長劉存厚和第2師的另1個旅長雷飆則駐滬州前方的納溪縣。馮玉祥旅駐內江作為敘、滬之間的策應隊。伍祥禎、雷飆都是蔡鍔的舊將，與蔡的關系很深。熊祥生專為個人的權利地位打算。馮玉祥既不願效忠袁，又不肯為陳鬯賣力，他想等待機會把隊伍拖到陝西去，他的舅父陸建章為陝西將軍。蔡的前敵司令韓風樓又是陳鬯的得意門生。
護國軍進入敘州城外時，伍旅僅僅表面上作了些不重要的抵抗就撤走了，護國軍便佔領了敘州。
蔡鍔派戴戡率部經畢節到貴陽策動貴州響應獨立，王伯群則往黔南興義一帶聯絡當地黔軍。這兩人都是有聲望的貴州人，又是跟隨蔡奔走反袁的活動家。蔡鍔、唐繼堯曾電請貴州護軍使劉顯世采取一致行動。劉是個保守持重的地方軍閥，他既不滿意袁的不平待遇，又懾于北洋軍力量的強大，很想保持中立。
但是，貴州軍團長王文華、熊其勛等勸劉下決心討袁。王文華就是王伯群的兄弟。由于貴州的兵額很少，團長一級的傾向具有很大影響，而且貴州人民反袁情緒高漲。
貴州巡按使龍建章是袁派來監視劉顯世的。他為了緩和貴州軍民的反袁情緒，電請袁召集國民會議表決國體問題。袁回電駁斥，並令他離職進京。袁為了討好劉顯世，派他的兄弟劉顯潛署理貴州巡按使。龍建章化裝逃走。
劉顯世等袁匯軍餉30萬元後宣布貴州獨立，這時戴戡已率雲南軍一營抵貴陽。
袁世凱下令查辦劉顯世，派貴州軍團長唐爾錕繼任貴州護軍使，這個分化政策未有效果。
