陝西在此氣氛下，民軍紛紛起義反袁，陝軍旅長陳樹藩與各路民軍暗中聯絡，曾引起陝西將軍陸建章的猜疑，把他由陝北調往陝南。陳在三原宣布獨立。陸建章的長子陝軍第1旅旅長陸承武自告奮勇，率部向三原進擊，在富平一役被陳部營長胡景翼生擒，陳把他當作人質，要挾陸建章宣布獨立，否則請他自動離開陝西。
陸建章曾做過北京軍政執法處處長，是個屠殺人民血債累累的大劊子手，他既要保全兒子的性命，又怕人民清算他的血債，因此願意離開陝西。陳樹藩率部隊和平開進西安。陝西獨立，陳樹藩任陝西都督，讓陸承武任陝西護國軍總司令。
陸建章離開西安時，把他在陝西搜刮的民脂民膏，裝在幾十箱內帶走，走出城外，就被陳樹藩的部隊攔路劫去。後來陳樹藩替他追回了一部分，並派兵護送出境。
馮國璋自五將軍密電泄露後，又發一電報給袁，表示對袁的政策不滿。那些北方軍閥中見這面旗幟已經豎起，便有不少人通電勸袁退位，袁的火氣悶在肚里，裝著不知馮已有異心，卻派阮忠樞南下，請馮聯絡未獨立各省軍民長官，聯名發出一個擁護定居總統的通電，以加強北洋軍的團結。袁又去電叫馮會商各省，迅籌調停之法。馮國璋默籌甚久，自道不若將計就計，即準備聯合未獨立各省在南京舉行會議，成立臨時政府，選出臨時總統，然後完成南北統一，召開正式國會，產生正式總統，他馮國璋再以東道主與盟主身份把總統爭過來。
馮國璋便打電報給張勛、倪嗣沖，三人聯名發起召集南京會議，電請未獨立各省派遣代表參加。
張勛立志復闢清室，從未更改主張；那倪嗣沖打算對袁效忠到底，三人各懷異志，湊在一起，自然不可能有統一的行動。
全國各方面都提出以袁退位為解決時局辦法。到滬國會議員256人聯名通電，聲明背叛國家的人沒有與西南議和的資格。唐紹儀通電罵袁喪盡廉恥。張謇寫信給徐世昌，叫他勸袁退位以平民忿。伍廷芳勸袁退位以求靈魂的安樂。除了極少數帝制派和主戰分子外，甚至北洋軍閥也紛紛電請退位。袁只能借口保持國家安全，先籌善後辦法，退位與善後則到南京會議上去解決。
參加南京會議的有奉天、吉林、黑龍江、直隸、山東、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈爾、熱河、綏遠15省區和上海、徐州、蚌埠等地區的軍閥代表20余人。山東代表丁世嶧在會議上首先提出袁氏必須退位，馮國璋暗中支持，河南代表陳裔時首先附和，各省代表都沒有相反意見，雖未提付表決，但已佔有極大優勢。
不料倪嗣沖當天晚上忽然帶領衛隊三營趕到南京，他奉袁世凱密令來監視會議。次日，倪出席會議首先發言，主張維持袁的總統地位。丁世嶧表示反對，湖南代表陳裔時、湖北代表馮國璋、江西代表何恩溥先後發言，都站在丁的一邊。
倪回過頭來問丁︰
“你是不是靳將軍的代表？靳將軍是擁護中央的，你為什麼卻私通南方？”
陳裔時代丁解釋說︰“不是不擁護中央，君子愛人以德。”
馮 、何恩溥也都隨聲附和說︰“主張退位並不等于反對總統，而是為袁總統著想。”
倪嗣沖氣得臉上青筋暴起，和他們爭吵起來。張勛的代表萬繩鮟糬剻F幟叩囊餳 炊栽 宋唬 虼耍 鄖巴 庠 宋壞拇 磯疾桓曳 浴７牘 吧 鰨骸骯賾諭宋晃侍猓 淨崳奕 砭觶 φ偌 嶗刺致劬齠 ！貝蠹乙恢略蕹傘
關于備戰問題，倪和萬繩 詢問各省能出多少兵，山東、江西和兩湖代表都不發言，同樣無法作出決定。
當南京會議發生爭吵的時候，四川將軍陳 宣布獨立。
四川的北洋軍將領都不肯替袁賣命，因而士氣異常低落。馮玉祥兩次派人和蔡鍔接頭，表示響應起義，願聯絡在四川的北洋軍采取一致行動，他主張倒袁後推舉馮國璋繼任總統。蔡叫他先勸陳 宣布獨立。張敬堯有信給蔡，表示他決不為項城一人爭總統。蔡同樣勸他宣布獨立。
袁授意陳 與蔡鍔進行地方性的停戰議和談判，陳見馮國璋態度日趨明朗，曾公開打電報要袁退位。蔡鍔又一再勸他宣布獨立，以取得護國軍與民軍諒解，形勢逼人，陳叫秘書起草獨立電報，一連換了三個秘書，起草了三份電報稿，總覺不當己意，不肯發出。不料四川民軍已等不及，聯絡18路人馬進攻成都，槍聲震耳，陳鬯才取出最後那份電稿，親筆加了一句，發了出去。電文道︰“項城先自絕于川， 不能不代表川人與項城告絕。自今日始，四川人民與袁氏個人斷絕關系。”
陳 入川之前抱住袁氏之腿，懇請早登大位，當時就有人道，陳 此舉正是與袁有異心，抱腿屬非常之舉，正要結袁氏歡心，使他不疑，他日陳 必反。固陳鬯無恥，亦是袁世凱待人以奸，人以待袁以詐，不得不然耳。
袁世凱接到陳鬯電報，竟然氣得暈了過去，待醒來時，臉色漲紫，兩眼熱淚盈眶，萬般悲痛，口中低沉無力地頻頻吐著︰“人心大變”、“人心大變”四字。
袁氏發一道申令痛罵陳鬯，怒罵陳 背信棄義，又令陳 入京，以重慶鎮守使、川軍第1師師長周駿為崇武將軍，督理四川軍務，曹錕督辦四川防務，張敬堯加將軍餃，幫辦四川軍務。卻是想叫四川軍人趕走陳，而以在四川的北洋軍為監督。後來周駿果然打著崇武將軍的旗號進攻成都，護國軍救援不急，陳鬯棄城而逃。
時隔數日，湖南將軍湯薌銘依樣宣布獨立。湖南民軍紛紛而起在各縣暴動。陸榮廷電勸湯薌銘獨立，湯長兄湯化龍亦從上海派人去長沙勸其起義，反戈一擊立功自贖。湯懼湘西有北洋軍4師之眾，那倪嗣沖的弟弟倪毓芬又率安武軍15營到達岳州。湯能指揮的北洋軍只有一個混成旅，一旦宣布獨立，必成俎肉，遂觀望不定。後廣西護國軍向湘邊移動，永州鎮守使望雲亭不能支，向湯請示，湯即示以“獨立求自保”，望雲亭遂改所部為湘南護國軍，宣布永州獨立。
廣西護國軍繼續向衡州移動，湖南民軍聲勢更大。湯薌銘請袁撤退湖南境內北洋軍，首先撤退岳州的安武軍，才能避免南北兩軍在湘作戰，湖南以中立姿態出現，可作緩沖地帶，對北方有利。湯暗示陸榮廷，北洋軍一撤，即宣布獨立，請勿進兵過速。
袁世凱果然令安武軍撤走。此時，湯化龍通過譚延與國民黨軍人派取得聯絡；國民黨承認乃弟湯薌銘為湖南都督，保證不算舊帳，由國民黨軍人協助湯薌銘收編民軍，改成湘軍3師。
湯薌銘見有了保障，遂通電宣布獨立，湯不好意思痛罵袁氏，措詞溫柔，引起護國軍不滿，疑其為假獨立，真擁袁，湯又補發一電，道︰“公即取消帝制，不負為國法之罪人，薌銘雖有知遇私情，不能忘國家之大義”雲雲。
袁接湯此電，氣得語不成聲，原就病累不堪，遂臥床不起，召集有關人員舉行榻前會議，令公布“帝制始末案”，道︰“即今日之反對帝制者，當日亦多在贊成之列，尤非本大總統之所能料及，此則不明不智無可諱飾者也。”
袁又召蔡廷干道︰“听說各國使館認為我應該或者將要辭職？”
蔡見老袁面容黯淡無光，惟眼中一點火星尚未熄滅，便委婉答道︰“大家都認為您十分需要休息，政府財政前景非常不好，困難與日俱增。”
一位法國醫生和一位中醫負責為袁治療，診斷為尿毒癥，已經不能排尿，遂決定從後背導尿，但只導出一灘血水，在場諸人一陣驚惶，老袁亦知病情嚴重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮芳至榻前，對諸人略作點頭，卻已無力，只道得︰“約法”兩字。守在一旁的袁克定忙補了一句︰“金匱石室。”
法國醫生給袁打了一針強心針，袁慢慢醒過來，微有嘆息之聲，道︰“他害了我。”說完氣絕身亡。
有人說，袁最後服了一帖“二陳湯”以致送命，二陳是指陳樹藩、陳，湯是指湯薌銘。
袁死後，眾人打開“金匱石室”一看，總統繼承人寫著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮芳便討論誰繼任總統。眾人無法開口，都推徐世昌表態，徐世昌道︰“據約法，該以副總統繼任。”
徐世昌這個老官僚的精明之處，不言新舊約法，因為新約法是西南護國軍所反對的，舊約法又是北洋派所不滿的，但言約法，就能夠做到兩面討好。無論根據新約法或者是舊約法，黎元洪都有資格繼任總統，利用黎來收拾殘局，利用這個政治俘虜為北洋派服務，對北洋派來說是當時最好的打算。徐怕他的主張堵塞了段想做總統的出路，于是瞟了段一眼說︰
“這只是我個人的意見，最好還是總理決定。”
段祺瑞左手端著煙斗，右手往身後一背，心想，如果我當總統，不僅西南護國軍不會答應，就是馮國璋也不會同意。馮在反對袁世凱帝制活動中，形成了在袁與護國軍之間的第三種勢力。如果讓徐世昌當總統，他是袁的金蘭密友，而且是北洋軍閥“團體精神”的主要塑造者，和袁兩人共同造就了北洋軍閥，而且此人足智多謀，是不好駕馭的。想來想去，只有讓黎元洪出任總統才比較妥當。一來讓黎出任總統，名正言順，能擺平多方關系；二來黎手里沒有兵權。就讓黎元洪當一個傀儡總統，大權仍操在我責任內閣總理手里，豈不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道︰“很好！”
黎元洪繼任總統遂定。
梁啟超早已提出以黎代袁的主張，而且得到護國軍的贊同，那老袁在未死之前，對護國軍公開提出由黎繼任大總統，對黎是否會公開倒向護國軍方面，十分擔心，對黎防範甚嚴。他特派步軍統領江朝宗監視黎的行動，江密令黎私邸之守衛隊長︰“無論如何不可使黎出東廠胡同一步。”
黎元洪不顧一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其處境之險惡。黎的左右親信都認為，黎居虎穴，長此以往，實難保證安全。于是秘書瞿瀛、郭泰祺等人，通過日本東方通信社駐北京社長井上一葉，同日本公使小幡西吉，策劃了一個協助黎元洪出京到南方行使大總統職權的計劃。辦法是︰黎宅與劉鐘秀宅一牆之隔，將牆鑿穿，讓黎易服鑽洞入劉宅，再由日人一葉駕同仁醫院病車，揚言劉有急癥，須送醫院，遂馳車送黎疾馳東交民巷。即由小幡從東交民巷使館陪同黎元洪乘專車出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意這個計劃。不料出走前消息走漏，東廠胡同黎宅附近軍警密布，出走計劃告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文繡流露將要出京之意，危文繡詰問何往，元洪未明答，只說︰“將來再派人接你。”
危文繡早已受袁克定收買，因她與外交部特派湖北交涉員胡朝棟之妻為“手帕姊妹”，胡又與楊士琦過從甚密，從而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持價值2萬元的珍珠贈黎妾危文繡，使探黎動靜。危文繡得知黎元洪欲出京消息後，即告胡朝棟，胡又告楊士琦、袁克定。黎元洪出走不成，並不十分懊惱，反而說︰“我是副總統，叫我易服鑽洞，豈不失了體統！”
袁世凱氣絕後，段祺瑞三往黎宅，勸黎根據約法代理總統。黎初聞袁死，將信將疑，先派長女紹芬去袁家探視，紹芬回報後，方信袁死。他對段祺瑞說︰“項城聰明一世，不意竟有今日。”遂從私人存款中拿出10萬元贈袁家屬，為袁治喪。袁曾以10萬元購買東廠胡同宅邸贈黎，黎以這種方式歸還。
對于接任總統一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無力維持秩序。段毅然道︰“公為副總統，當然繼任。公出，北京秩序，祺瑞當一人負責。”
1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就職。
孫中山在上海發表宣言，要求政府恢復約法，尊重國會，即要求恢復民國元年的《臨時約法》，把被袁世凱解散的國會恢復起來。西南軍務院撫軍長唐繼堯也于6月10日通電北京政府，提出恢復民元約法，召集舊國會，懲辦帝制禍首，將抵制護國軍之軍隊撤回原地，召集軍事善後會議等4項條件，聲明北方如同意此條件，即可撤銷軍務院和取消西南各省獨立，雲雲。
段祺瑞對孫中山及西南護國軍的要求偏偏不理。又有國會議員孫洪伊、谷鐘秀等，在上海自行召集議員250多人，聯電致段祺瑞，要求恢復舊約法。
段祺瑞接此電報後，懷著極為矛盾的心情，與幕僚們研究對策，幾天來都拿不出應付的辦法。作為總理，他主張責任內閣制，而袁世凱的新約法的主要內容則為總統制，與他的願望相背；舊約法的主要內容則是責任內閣制，對他甚是有利。但恢復舊約法，國會也將隨之恢復。老袁非法廢止舊約法，非法解散了國會，國會問題同約法問題，乃是一個問題的兩面。要責任內閣制，就要舊約法和國會，國會之中，國民黨人佔多數，一旦恢復，他想個人軍事獨裁便行不通。
在南北雙方就新舊約法問題之爭陷入僵局時，不料駐滬海軍總司令李鼎新率海軍宣告獨立，聲明如不恢復《臨時約法》，不恢復國會，不新組織責任內閣，海軍就拒不接受北京政府的命令。此時北洋集團內部中，江甦將軍馮國璋、河南將軍趙倜等也主張恢復舊約法。
段祺瑞面對來自各方面的重大壓力，感到有點難以支持，不得不于6月29日接受南方條件。
于是，黎元洪以大總統的名義，發布命令說︰“共和國體，首重民意，民意所寄，厥惟憲法。憲法之成，專待國會。我中華民國國會自3年1月10日停止以後，時越兩載，迄未召復，以至開國5年，憲法未定，大本不立，庶政無由進行。亟應召集國會，速定憲法，以協民志而固國本。憲法未定以前，仍遵行中華民國元年3月11日公布之臨時約法，至憲法成立為止。”
黎元洪還發布命令，定于8月1日召集國會復會。並下令裁撤參政院、肅政廳、北京軍政執法處等機關。
關于約法問題和國會問題，段祺瑞雖然被迫屈服，但是懲辦帝制禍首問題，段又與西南各省爭執。
西南方面提出懲辦的帝制禍首有︰楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛所謂的“六君子”，和朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬所謂的“七凶”，合起來稱為十三太保。事實上，參加帝制活動的豈止“十三太保”，除了不計其數的政治流氓稱臣勸進的而外，還有為袁家皇帝搖旗吶喊的各省北洋軍閥在內。西南方面，認為如果牽涉面過廣，可能會影響與北方的和平解決，因而只提出這些人，其余不究，希望北京政府懲辦，以便對全國人民有所交待。所謂的十三太保，不但是護國軍所指出的“內亂重要罪犯”，應當“明正典刑以謝天下”，而且也是通國皆知的洪憲王朝的罪魁禍首，應說是絕對沒有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等與不少帝制禍首具有血肉相聯的關系，就替他們說話。北京政府在研究這批禍首名單時，首先袁克定從彰德打來急電，為雷震春、張鎮芳乞情，這兩個人就從名單中剔出；隨後馮國璋為段芝貴乞情，李經羲又力保嚴復和劉師培，說他們是“當代不可多得的人才”，名單上又剔出了這三個人；黎元洪認為李燮和、胡瑛都是老同盟會會員，為了對國民黨表示善意，通緝禍首的名單中不宜羅列與國民黨有關的人物，因此這兩個國民黨變節分子也可逍遙法外了；袁乃寬因與袁世凱有同族之誼，段也把他的名字剔出了。這樣，“六君子”剩下“兩君子”，“七凶”剩下“三凶”，合起來“十三太保”，只剩下了“五太保”。還有人替梁士詒乞情，說他與銀行界具有深切關系，留著他替政府籌款也是好的。但黎元洪大不以為然，他說︰“那麼，我們不下這道命令倒還好些。”因此梁“財神”仍然榜上有名。
由于禍首的人數越研究越少，北京政府自己也覺得交代不下，才又補進了並非首要分子的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，于7月14日以大總統名義發布命令，將這八人“拿交法庭，詳確訊鞫，嚴行懲辦，為後世戒。其余一律寬免”。
北京政府在懲辦令發表之前，預先示意榜上有名的人趕快離開北京，因此，楊度、孫毓筠、梁士詒等從容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一帶，有的則被張勛召往徐州，禮為上賓。北京法庭自然也就沒有捉到一個禍首。
雖如此，西南護國軍也就滿足了。7月14日，護國軍撫軍長唐繼堯、副軍長岑春 、政務委員長梁啟超及南方各省諸首領，聯名通電，撤銷軍務院，取消獨立。至此，南北實現了統一。
北京政府在下令恢復舊約法的那一天，黎元洪任命段祺瑞為國務總理，並發表︰
唐紹儀為外交總長 許世英為內務總長
陳錦濤為財政總長 段祺瑞為陸軍總長
程璧光為海軍總長 張耀曾為司法總長
孫洪伊為教育總長 張國淦為農商總長
江大燮為交通總長
唐紹儀未到任前，派陳錦濤代外交總長。7月12日調任孫洪伊為內務總長、範源濂為教育總長、許世英為交通總長，7月31日改派谷鐘秀為農商總長。
8月1日，國會議員們重集北京，召開了國會。湯化龍、陳國祥當選為眾議院正副議長，王家襄、王正廷當選為參議院正副議長。黎元洪向國會宣誓就任總統。
北京政府又發布命令，各省將軍、巡按使改名為督軍、省長，任命名單如下︰
奉天督軍張作霖兼署奉天省長
吉林督軍 孟恩遠 省長 郭宗熙
山東督軍 張懷芝 省長 孫發緒
河南督軍 趙 倜 省長 田文烈
山西督軍 閻錫山 省長 沈銘昌
江甦督軍 馮國璋 省長 齊耀琳
安徽督軍 張 勛 省長 倪嗣沖
江西督軍 李 純 省長 戚 揚
福建督軍 李厚基 省長 胡瑞霖
浙江督軍 呂公望兼署浙江省長
湖北督軍 王佔元 省長 範守佑
湖南督軍 陳鬯兼署湖南省長
陝西督軍 陳樹藩兼陝西省長
四川督軍 蔡鍔兼四川省長
廣東督軍 陸榮廷 省長 朱慶瀾
廣西督軍 陳炳啳 省長 羅佩金
雲南督軍 唐繼堯 省長 任可澄
貴州督軍 劉顯世 省長 戴 戡
直隸省長 朱家寶兼署直隸督軍
黑龍江省長 畢桂芳兼黑龍江督軍
甘肅省長 張廣建兼署甘肅督軍
新疆省長 楊增新兼署新疆督軍
又任命龍濟光為兩廣礦務督辦，湯薌銘為廣東查辦使，李烈鈞授以勛二位和陸軍上將餃，著即來京另候任用。
