陳鬯被川軍師長周駿困在成都時，蔡鍔一面電請北京政府制止周駿攻城，一面派護國軍往成都。陳鬯因力不支而逃離成都，後被黎元洪任命為湖南督軍兼署湖南省長。川軍師長周駿喊著“四川人不打四川人”的口號，用以誘惑護國軍方面的將領熊克武、劉存厚等，熊克武等並未受到誘惑。當蔡鍔動員打周時，劉自告奮勇願為前驅，周部團長劉湘等也都棄周而加入護國軍。劉存厚師進入成都，周駿逃走。蔡鍔被北京政府任命為益武將軍，督理四川軍務，後又命為四川督軍兼省長。
蔡鍔患有嚴重的喉結核病，又是個事必躬親的人。在艱苦作戰時期，他不但忙于指揮軍事，還要親理文書，因此病情日益惡化，服藥後毫不見效，腫痛更甚，飲食難進，體溫高達39度。他接到任命他為四川督軍兼省長的公報後，通過梁啟超請求北京政府負責償還半年內護國軍欠資200萬元，同時請求卸職養痾。
但軍中會議力加阻止，四川各方面也紛紛歡迎他赴任。蔡認為這是“惡作劇”，使他“失卻自由之身”。他不止一次電請梁啟超傳達北京政府準其辭職。他又電告唐繼堯說︰“儕輩中果有三數人身先引退，飄然遠翥，實足對于今日號稱偉人志士英雄豪杰一流直接下一針砭，為後來留一榜樣”。“我輩主張，應始終抱定為國家不為權利之初心，貫徹一致，不為外界所搖惑，不為左右私慝所劫動，實為公私兩濟。”他除了表明自己的態度外，還諷示唐繼堯不要听信那些狗頭軍師們的鬼話，想把四川納入雲南的勢力範圍。
北京政府接到蔡的辭職電，認為是一種表面文章，只批準給假一月，叫他就近調養。
蔡鍔想改造北洋軍，他認為北洋軍是一支很好的武裝力量，北方人樸實忠勇而又具有強健的體格，只是由于袁世凱自私自利，把北洋軍造成為他的個人軍隊和政治資本，因此北洋軍對國家不但沒有貢獻反而起著破壞作用。現在袁死了，應該是化私為公改造北洋軍的良好時機。但是，袁氏雖死，袁的化身依然遵循著袁的軌道，把北洋軍作為爭奪個人權力的工具，蔡的心願是不可能實現的。
蔡頗受各方面重視。梁啟超想留他在四川建立進步黨的武裝力量；一部分湖南籍的進步黨人想請他到湖南“為桑梓服務”。蔡既不願留四川，也不願調往湖南，希望有一個較長時間醫治疾病。他繼續向北京政府請假辭職，北京政府給他兩個月假。在重慶主持收編各路民軍的戴戡，邀請他到重慶療養，他沒同意。他偕同蔣百里等由成都出發，經過重慶稍作逗留，即換輪船下駛。
蔡到宜昌時接到一個注明“沿途探送”的急電，是梁啟超從上海發來的，電文僅有一句話︰“此間破獲販毒巨案，涉及某公之貴介弟。”老師無端打來的這個無頭無尾的電報，引起蔡的注意。
蔡在宜昌會見了從四川逃出來的陳鬯。
陳鬯被任命為湖南督軍兼省長。陳準備帶1師北洋軍入湘，但這道命令立刻引起湖南軍民的激烈反對。湖南人民剛剛趕走了北洋軍閥湯薌銘，斷然不能容許第二個北洋軍閥接踵而來。因此，湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南督軍。劉曾做過廣西藩台，與桂系軍閥陸榮廷頗有淵源。劉通過陸榮廷，請桂軍協助，共同抗拒北軍，陸立刻表示予以支援，滇系軍閥唐繼堯也給予堅決支持。國民黨人和進步黨人也向北京政府提出抗議北洋軍再度入湘。
部分進步黨人希望調蔡鍔回湖南，國民黨人則希望黃興繼任湖南督軍，但黃、蔡兩人都無此意。黃興推薦譚延 自代。譚是個介乎進步黨與國民黨之間的人物，所以進步黨也不反對。陳鬯得知湖南的風勢不對，表示不就新職。
段祺瑞派他的內親吳光新率領北洋軍3旅接防岳州，並內定吳為湖南督軍。消息泄露，湖南軍民和西南軍閥又一次表示激烈反對。北京政府不得不任命譚延 為湖南省長兼署湖南督軍。
陳鬯在宜昌把他所率領的一個師的北洋軍解散了。他的這一舉動受到總統黎元洪的贊同，黎正在提倡裁兵。但陳鬯不清楚，黎與段祺瑞交惡，大權已由總統移于總理之手，他沒有得到北洋派領袖段祺瑞同意，擅自把北洋軍解散，是段痛恨的事。段決定等他到京，組織軍事法庭審訊他，從他的頭顱為自己立威。
蔡邀請陳鬯同輪往漢口。陳自己感覺到與蔡同行，一榮一辱，恰恰形成一個鮮明的對比，便婉言謝絕了。
蔡乘大輪到漢口，湖北督軍王佔元派楚信、楚義等巡防艦駛往武昌迎接，王又乘楚材艦來迎接，各機關、各團體也乘各種船只來迎接，武漢江面上布滿了歡迎者的船只。蔡乘的大輪周圍，被難以數計的歡迎船只從四面八方蜂擁包圍。王佔元熱情地請蔡鍔在武漢多停留幾天，蔡堅辭謝，王只得在楚材艦上大張宴會，款待蔡及其隨行人員。蔡並未登岸，當晚換乘江裕輪下駛。
事後得知，這是北洋派擺下的“鴻門宴”。原來長江上游經常有一些武裝軍人私帶煙土。蔡來自成都，北洋軍閥估計在他的隨從中一定有人私帶煙土，因此，王佔元奉命假歡迎之名，用許多船只把蔡所乘大輪包圍起來，如果在船中發現煙土，就借此毀滅蔡的盛名。蔡在北洋軍閥眼中是一個十分可怕的敵人。梁啟超給蔡鍔發急電，是因為上海海關破獲了一件販毒案，北洋軍閥無中生有地把案件牽扯到張耀曾的頭上，梁暗示蔡防備北洋軍的暗害。
蔡到上海，把自己隱藏起來，僅到梁啟超的“禮廬”“相對欷靀，互道勞苦”。
蔡又一次向北京政府辭職，請求東渡養痾。段祺瑞請梁啟超轉勸他到北京西山療養，不必遠渡日本。蔡沒忘記以前袁世凱電召他到北京養病，從此成為袁的政治俘虜的往事。他推托說，北京繁囂，不宜養病，段給假三個月。
陳鬯遲蔡一天到漢口，王佔元開始對他還有些禮貌，隨即派密探監視他的行動。隨同陳到漢口的前四川軍署參謀長劉一清，因私帶手槍被捕。陳嚇得躲在漢口租界不敢出來。
蔡在上海看望了黃興，于9月8日動身到日本，在九洲福岡醫院治病，11月8日逝世，年僅35歲。他生前吩咐蔣百里錄寫他的遺電︰
“國會、大總統鈞鑒︰鍔病恐不起。謹口授隨員等以遺電陳四事︰一，願我人民、政府協力一心，采取有希望之積極政策；二，意見多由于爭權利，願為人望者以道德愛國；三，在川陣亡及出力人員，懇飭羅、戴兩君核實呈請恤獎，以昭激勵；四，鍔以短命，未能盡力民國，應行薄葬。”
北京政府下令褒揚他再造共和的功績，派駐日公使章宗祥照料身後事，並給予治喪費2萬元。
黃興也于10月10日舊疾復發。他奔走國事，操勞過度，飲食無節，曾患胃出血癥。北京政府授黃勛一位，黎元洪聘他為總統府高等顧問，湖南省議會舉為湖南督軍。富貴功名逼人而來，黃均堅辭不受。31日，黃興在上海福開森路逝世，年僅42歲。
12月22日，北京政府公布了國會關于國葬黃興、蔡鍔兩人的決議案，全國各地紛紛舉行“黃蔡二公追悼大會”。
中華革命軍淞滬司令陳其美在上海被袁世凱派人暗殺。他的兩個佷兒陳果夫、陳立夫，在國民黨中成為要人，此是後話。
黎元洪就任總統後，調任農商總長張國淦為總統府秘書長。秘書有林長民、賈壽坤、雷豫釗、歐陽葆真、劉遠駒、張則川、瞿瀛、郭泰祺8人；軍事幕僚有哈漢章、金永炎、蔣作賓、黎澍4人。軍事幕僚經常建議總統必須掌握兵權，他們認為︰責任內閣制是指政治而言，而軍事方面，總統既然是全國陸海軍大元帥，就不能不管。黎元洪也覺袁世凱做總統何等威風，我這個總統雖然不集權，畢竟還是個總統，不能不管軍事。
但向有“段虎”之稱、驕橫跋扈的段祺瑞根本不把黎元洪放在眼里。他認為在前清時期，自己做過統制（師長）、軍統（軍長）和提督，署理過湖廣總督，而黎不過是一個協統（旅長）。袁世凱當權時，他是北洋派首屈一指的大將，而黎不過是一個無權無勇的政治俘虜。袁世凱死後，是他把黎“提拔”到總統地位的。段要以國務總理的地位掌握全國政權，以陸軍總長的地位掌握全國軍權。
黎元洪不甘心做一個有名無實的傀儡總統，不願做北洋軍閥掌上的玩物，被人吆三喝四，只做一個蓋印機器，于是，總統府和國務院無端生出許多事情來，這便是府院之爭風波。
黎元洪經常與孫中山、黃興、岑春 、唐紹儀等文電往來，段對此大為不滿︰“原來這些反對我的人都是你的好朋友！”黎元洪指使幕僚，越過陸軍部，直接給各省督軍打電報，傳達總統命令。段祺瑞指責哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓為“府中四凶”。
段祺瑞的蠻橫專制，不僅是黎元洪不能忍受，國會內許多議員也極為不滿。國會中有一位反段的議員孫洪伊提出了“以馮制段”的策略來，推舉馮國璋為副總統，以牽制段祺瑞。馮國璋原想取袁而代之，但沒有做成總統，心想退一步得一副總統走著瞧倒也不錯。段祺瑞也有他的小算盤︰如果馮國璋到北京來做副總統，離開了他的地盤，反倒便于控制，這樣北洋派的領袖就非自己莫屬了。
馮國璋在10月30日被選為中華民國副總統。馮國璋向有“馮狗”之稱，善于觀測風向，他頂著副總統的頭餃，依然呆在南京，靜觀政潮變幻。
黎元洪千方百計維護自己的總統職權，但他手無實力，所能依恃的只有與他繼任總統地位俱來的國會，而國會並不統一，黨派政爭極為激烈。原進步黨一面高唱“不黨主義”，一面組成兩個團體，一為以湯化龍、劉崇佑為首的憲法討論會，一為梁啟超、林長民為首的憲法研究會，不久又合二為一，統稱憲法研究會，簡稱“研究系”；國民黨方面，有張繼以國民黨領袖資格出組憲政商榷會。內中又分客廬系、丙辰俱樂部、韜園系三系，後又由三系演變成政學會、益友社、丙辰俱樂部、韜園系四派。不久丙辰俱樂部、韜園系合並為民友社。研究系完全支持段內閣；商榷會的右翼因為谷鐘秀、張耀曾為內閣閣員，也傾向于維持段內閣；民友社和益友社算是“商榷會”的左翼，主張倒段，當時左翼佔據國會優勢。這樣的情況決定了黎元洪的總統府與段祺瑞的國務院必然發生矛盾沖突；沖突的根本性質，是政治權勢之爭，卻也反映了國民黨對北洋軍閥獨裁統治的抗爭。
段祺瑞的左右對黎也毫不尊重，只知有總理，不知有總統。特別是國務院秘書長徐樹錚，依恃段公然蔑視總統。他又專斷越權，引起府方人員和許多閣員不滿。
府院之爭多發生在任免官吏問題上，黎、段在用人路線上有分歧，一般說來，黎傾向用新派人物，對帝制派分子堅決不用。而段祺瑞則樂于用舊派人物，排斥新派人物。時人評說︰“府為新派所依恃，院為舊派之護符。”
一日，徐樹錚不顧國務院調解龍濟光部與李烈鈞部武裝沖突的決議，擅擬粵、閩、湘、贛四省討伐李烈鈞部的命令，到總統府蓋印，遭到黎元洪拒絕。徐膽大妄為，徑直以國務院名義電令四省會剿李烈鈞部。及至江西督軍李純復電“無兵可調”，只能擔任防守贛、粵邊境等語，閣員們才知道徐竟私自擅發軍事命令。內務總長孫洪伊當面指責徐越權，徐仍強辯。
孫、徐二人經常在國務院會議上短兵相接，幾乎無事無時不沖突，致使孫憤而提出辭職。
黎元洪得知孫洪伊被迫辭職，異常氣憤，特將孫召進總統府，溫語慰留。孫洪伊得到總統支持，氣勢更盛。徐樹錚在段祺瑞的支持下，本來發生在徐、孫之間的爭執，發展到內務部與國務院的沖突，又演變至府院沖突。雙方沖突多日無結果，院方索性破釜沉舟，擬就“孫洪伊著即免職”的命令，由段祺瑞單餃副署，徐樹錚送府蓋印。黎見命令，不禁震怒，咆哮道︰“你們說的話算話，我說的便不是話麼！”
段祺瑞親到公府，請黎在免孫的命令上蓋印，黎仍拒絕。
段憤然宣稱，如再不肯免孫職，即請總統免我職。
孫洪伊是“韜園派”首領。“韜園派”議員數十人在國會提出辦徐樹錚案，列舉徐“蒙蔽總理”、“侮蔑元首”、“偽造文書”、“擅發院令”、“擅專軍令”等七大罪狀，還醞釀對內閣總理段祺瑞提出彈劾。
政局出現一片混亂。最後由徐世昌等人出面調解。結果以孫、徐去職結束。
黎元洪和段祺瑞之政爭終于在1917年對德外交問題上達到白熱化程度。
1914年開始的第一次世界大戰于1917年春已進入最後階段。其間，日本借西方列強大戰之際，加強侵略中國，迄未參戰的美國力圖與日本在侵華中展開競爭，英、法、俄等協約國曾誘使中國參戰，因日本反對而作罷。現在美國企圖搶先一步拉中國步其後塵，對德絕交，以便使中國擺脫日本的控制。2月4日，美國照會中國政府，拉攏黎元洪，“希望與美國采取一致立場”，表示願意借款給中國作參戰經費。段祺瑞也力主對德宣戰，他想利用對德宣戰之機，勾結日本，借款練軍，擴充實力。段向日本政府表示均以“誠意”相接，日本政府對段深表滿意。
黎元洪對美國素有好感，希望在外交上得到美國的支持，以與以日本為靠山的段祺瑞抗衡。黎、段是反映美、日帝國主義不同利益的代理人。美國轉而指使黎元洪抵制中國參戰。段祺瑞率領閣員謁黎元洪，說明對德外交方針，由絕交而宣戰，再行加入協約國。黎元洪認為絕交、宣戰，尚非其時。于是，段與黎展開了一場舌戰。段以不耐煩的口氣告訴總統說︰
“內閣已通過對德斷交一案。”
黎聲色俱厲地說︰“根據約法，大總統有宣戰媾和的特權！”
段冷笑一聲︰“總統既不要我負責，國會又要問我的責任，這樣的總理我沒法干下去了！”說罷揚長而去，當晚出走天津。
黎元洪只得讓步，他請馮國璋出面調解，並表示說︰“外交問題，就听段祺瑞的，但以國會的意見為準。”
段回到國務院辦公後，國會又以多數票通過與德國絕交案。
對德絕交案公布後，黎元洪對外交問題態度消極，抱定主意，依恃國會，冷眼旁觀，一旦時機來臨，即推翻內閣，段內閣一倒，對德問題即好解決。他設下“隔岸觀火”計。
段祺瑞在對德絕交案通過後，積極推行對德宣戰政策，但不久便遭到全國各方面人士紛紛通電反對。孫中山等電參眾兩院，反對加入協約國，國會議員馬君武等3人通電各省，反對對德絕交、宣戰。社會各流康有為等也通電反對。
協約國開始時承認中國參戰的權利，但中國加入協約國後不久，中國提出的要求全成畫餅。各國除同意中國停付對德、奧的庚子賠款外，其他要求均遭否決。
由于上述情況，國會對段內閣逐漸失去信任，對德宣戰案難以在國會通過。段祺瑞一意孤行，他把各省督軍召到北京來開會，會議議定，同意對德宣戰。此次會議被稱為“督軍團”。段決定用督軍團來壓迫反對對德宣戰者。
1917年5月1日，段用督軍團沖擊國務會議，脅迫國務會議通過參戰案。段又急不可待地要總統黎元洪在參戰案上蓋印。誰知國務員程璧光向黎直言督軍團倪嗣沖、張懷芝、李厚基、孟恩遠數人闖進國務會議廳，疾言厲色地脅迫國務會議通過參戰案。黎元洪對督軍團沖擊國務會議十分不滿，令段將參戰案提交國會討論通過。
段祺瑞便模仿四年前袁世凱競選總統時以公民團包圍國會議院的辦法，暗地里命令部下組織公民團。
5月10日，眾議院開全院委員會審查對德宣戰案時，數千名自稱“公民團”的光怪陸離的隊伍將眾議院層層包圍，他們要求當日通過參戰案，否則不許議員出院。有的議員因不肯接受他們的“傳單”，當場被打，田桐、鄒魯等十余人被打傷。議長打電話給總統府和國務院求救，黎元洪听了，氣憤地說︰“應該由內閣負責。”
段祺瑞不得不于晚7時半乘汽車來到議場，“公民”立即閃開通道，並向段搖旗歡呼，掌聲雷動。議員們紛紛憤怒質問段祺瑞，並把段留在院，以為自衛之計。于是形成“公民”圍困議員于院內，而議員則圍困總理于休息室之奇觀。
最後，因“公民”用瓦塊襲擊議場，一名日本記者被擊傷，從而段祺瑞不得不派馬隊驅散“公民”。這些“公民”是陸軍部次長傅良佐根據段祺瑞的意見，花錢雇來的流氓、乞丐和無業游民，段祺瑞的親信陳紹唐、靳雲鵬、段芝貴等均到場指揮。
