“公民團”事件發生後，全國輿論大嘩，孫中山、唐紹儀、岑春 、章太炎均致電黎元洪，要求嚴懲暴徒。閣員伍廷芳、谷鐘秀、張耀曾、程璧光等在閣議席上提議內閣全體辭職，段祺瑞置若罔聞。于是，閣員自行辭職。內閣原來人就不齊，這下就剩下段祺瑞和範源濂兩人，而範又一直請假，實際上只有段一人在國務院辦公。其實無公可辦，北京政府陷于癱瘓，國會拒不議事，惟督軍團大為活躍，大有包攬一切之勢。
馮國璋致電北京政府，對“公民團”包圍國會事件不滿，斥其為法律外之行動，這是北洋派內馮氏直系軍閥第一次與段氏皖系軍閥不合作的表現。馮國璋和西南各省把督軍團內的代表撤回。
督軍團一看國會拒不通過對德宣戰，便呈請黎元洪解散國會。黎元洪大怒，斥道︰“簡直是軍人亂國。”恰巧國會呈請黎元洪免去段祺瑞的內閣總理兼陸軍部長職務。于是，黎元洪便通電各省，免去段祺瑞國務總理兼陸軍總長職務，以伍廷芳為代總理；任命王士珍暫代陸軍總長。
段祺瑞和督軍團豈肯罷休？經過一番密議，決定前往天津進行活動。不但要解散國會，還要驅走黎元洪。段發表通電稱︰總統發布命令，按約法規定，必須有總理副署方可生效。而黎元洪的命令，我段某未簽署，因而無效。
段祺瑞的通電發表後，倪嗣沖立即宣布安徽獨立。接著，河南、浙江、山東、山西、福建、陝西、奉天等省也紛紛宣告獨立。不承認黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了獨立各省總統參謀處，以帝制要犯雷振春為總參謀長。
形勢陡變，嚇得黎元洪惶惶不可終日。他沒有什麼新招數，仍是一味地懇請北洋派元老徐世昌出來組閣，圓滑的徐世昌卻堅辭不就。黎元洪又找王士珍，王則以曾勸黎辭職為嫌回絕。黎又請李經羲出來組閣，李經羲嚇得躲在天津租界不敢出來。
黎元洪正在無計可施之時，一直保持沉默的張勛突然打來電報，表示願進京調停。黎元洪喜出望外，立即復電張勛進京，並派出專車到徐州迎接張勛。
黎元洪沒有料到，張勛是以進京調停為名，要清室復闢。他接到復電，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已經撤了段祺瑞，我再利用督軍團趕走黎元洪，豈不就可以在北京扶幼主登基，恢復大清朝了嗎？
6月6日，張勛立刻帶領5000辮子軍，坐火車直奔天津。黎元洪听到這個消息，莫名其妙︰我讓他來調停，他怎麼帶著大隊人馬來了？黎元洪立即派秘書長夏壽康到天津拜會張勛，弄清原委。
夏壽康來到天津和張勛見面後，說︰“我奉總統之命，前來接您。但是總統一再囑咐，請你簡從入京。”
張勛听罷，一拍桌案︰“簡從入京？哼！你回去告訴黎大總統，我進京調停的條件是︰限3日內解散國會，否則，休怪我不負調停之責。”
西南六省紛紛表示反對倪嗣沖等獨立各省軍閥。孫中山于6月6日與章太炎發表聯合通電，指斥倪嗣沖宣布獨立為“叛逆”行為，並電促西南六省興師討逆。岑春 與李烈鈞自滬電粵，請即發兵討逆。國民黨系的海軍總長程璧光通電各省取消獨立，又與海軍上將薩鎮冰聯名電告黎元洪︰“海軍全體擁護中央，惟總統之命是從。”兩廣巡閱使陸榮廷聯絡滇、黔、粵、桂四省，共謀防衛，保障東南，擁護中央。李烈鈞自上海來到廣東，擬聯合西南各省，出師北伐，保障共和。李烈鈞又與廣東督軍陳炳啳、廣西督軍譚浩明聯名發表通電，發起西南六省聯盟，倡議公推陸榮廷為盟主，保衛約法，擁護共和，表示“一息尚存，決難坐視，只有效命，以求最後之解決”。在李烈鈞的推動下，粵省已經制定了分三路北伐的計劃。雲南督軍唐繼堯也通電西南各省，建議在廣州組織臨時政府，遙戴黎元洪為大總統。
但西南六省軍閥，只限于口誅筆伐，並不打算真的出兵北伐，只有李烈鈞和少數軍官是真誠響應孫中山的號召，誓師北伐，保衛共和制度。他們人少力單，左右不了西南大局。
黎元洪決定解散國會，擬好命令，邀代理國務總理伍廷芳入公府副署。伍堅決不肯，道︰“余法學士也，余未見憲法許總統解散國會。余決不與聞此舉，寧死不從！”
黎派人去天津請李經羲副署，李答道︰“我既未就職，更說不到副署。”再謙請段祺瑞副署，段拒不接見。
張勛的辮子軍的先頭部隊已開進了北京的天壇和先農壇。張勛所限3日已快到。王士珍見解散國會命令無人副署，張勛一旦翻臉，豈不大禍臨頭！于是收拾行裝擬逃出北京。黎元洪聞訊，立即派江朝宗等奔赴王宅勸阻，王才未能脫身。
黎見距張勛所給時限還剩下幾個小時，立即連夜召集會議。公府中空氣凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提議以步軍統領江朝宗代理國務總理，江根本不是國務員，無人異議，江竟義形于色地慨然允諾，道︰
“我犧牲一身，替大總統擔些干系吧！”
于是，黎元洪絕處逢生，一連發了準免伍廷芳代國務總理職、任命江朝宗代理國務總理、解散國會三道命令。
避難到上海的國會議員不承認黎元洪的命令，他們聯名通電說︰“解散國會之命令，既總統、總理自認違法，當然無效。”
6月14日，張勛帶著李經羲、張鎮芳、段芝貴、雷震春、萬繩權從天津乘火車直達北京。
張勛率兵入京後，以北京政府“新主人”的姿態勸各省取消獨立。6月16日，張勛換上清朝全套官服，陛見清室。
清皇帝仍居住在紫禁城內，保留著小朝廷的格局。13歲的遜帝溥儀听說張求見，師傅陳寶琛給他換上朝服，並把他引到養心殿，他在那里召見了張勛。
張勛誠惶誠恐地行跪拜大禮，贊頌溥儀如何聖明。溥儀大大地夸獎了張勛幾句，賜給張勛不少珍藏的古玩字畫。張勛跪拜出宮。
康有為從上海化裝進京。張勛趕緊上前連連施禮︰“康老夫子，遠道而來，一路辛苦了。”
康有為是維新之後的保皇黨領袖，念念不忘皇恩浩蕩。張勛和康有為可謂臭味相投，他們的聯系也是由來已久。張勛在徐州時就已經讓萬繩鶥怗均@諫蝦５目滌形 急鎬咭歉幢俚內 欏
康有為把寫好的詔書交給張勛，倆人又密談了良久。
諸事安排停當，張勛、陳寶琛、劉廷琛、張鎮芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠竊狗偷般溜進清宮，參加“御前會議”，決定當晚發動政變。深夜，張勛派辮子軍佔據車站、郵局等要地。
7月1日凌晨4時，張勛指派梁鼎芬為清室代表，王士珍、江朝宗為民國代表，李慶璋為張勛個人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已擬好的“奉還大政”的奏折上簽名蓋印。
黎元洪震怒，眼楮直視王士珍罵道︰“毫無心肝，背叛民國。”又厲聲對梁鼎芬說︰“民國系國民公有之物，余受國民付托之重，退位一舉，當以全國公民之意為從違，與個人毫無關系。君欲盡忠清室，當為清室計萬全，復闢以後，余對清室即不負治安責任。”
一直交涉了兩個小時，黎誓死不從，6時許，梁鼎芬等出公府。15時，王士珍、江朝宗、吳炳湘3人再入公府，要求總統退位，還政清室。黎元洪正顏厲色道︰
“當問國民，余不能私相受授”。
這一天，張勛身穿朝服，率文武官員300余人擁入清宮，跪奏自己“代表22省軍民真意，恭請我皇上收回政權。”
溥儀按照師傅的囑咐，先推辭一番︰“不行不行。我年紀尚輕，無才無德，難當大任。”
張勛領著眾人一再磕頭懇求，溥儀點了點頭︰“既然如此，我就勉為其難吧。”
溥儀被捧上皇位，即發布復闢詔書。
張勛和康有為文武兩聖以宣統名義，張勛副署，蓋上“御璽”一連發了19道偽諭，宣布廢除民國紀年，改用宣統年號，捏造黎元洪“奏還大政”之奏折，並大肆封賞，封張勛為忠勇親王、黎為一等公等。整個北京一律懸掛龍旗。
黎元洪堅決反對張勛復闢，寫了一道起用段祺瑞為國務總理的命令，責成他起兵討逆。又電請馮國璋副總統依法代行總統職權。
張勛逆歷史潮流而動，他復闢清室，只有短短的12天，終于成為歷史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他為國務院總理的命令後，東山再起的機會來了。他立即策動駐天津馬廠的第8師師長李長泰和駐廊坊的第16混成旅旅長馮玉祥，及駐保定的曹錕等部組織討逆軍，自稱討逆總司令。
可巧，前司法部長梁啟超也來到天津，運動段祺瑞討逆，兩人一拍即合。段祺瑞與眾位將領商定進兵事宜後，又囑梁啟超代擬討逆檄文。這時，馮國璋發來電報，願與段祺瑞聯合討逆。于是，兩人共同署名，發一通電，數張勛八大罪狀。
段祺瑞設討逆軍總司令部于天津造幣廠，任命曹錕為東路討逆軍司令，段芝責為西路討逆軍司令，吳佩孚為前敵總司令。馮國璋又任命倪嗣沖為南路討逆軍總司令，並下令褫奪了張勛兩江巡閱使和安徽督軍的職務。
討逆軍兵分三路攻京城。張勛決心要背城一戰，可是那些復闢派大臣卻都擔心害怕。他們知道張勛的辮子兵只有5000人，而且戰斗力差，不堪一擊。張鎮芳、雷震春、馮德麟3人見此，出京逃生，統統被討逆軍截住拿下，就是康有為、萬繩 也準備逃走，背張勛而去。
7月12日凌晨，只听見北京城外“轟轟轟”，炮聲連天。炮聲響，辮子軍聞風喪膽。張勛指揮3000辮子兵集結在天壇一帶，討逆軍攻進城後，在天壇一帶和辮子兵交戰。張軍寡不敵眾，雙方剛一交鋒，辮子兵立刻就土崩瓦解、舉旗投降。張勛一看大事不好，騎上一匹快馬，直奔南河沿自己的公館，帶著家眷跑到荷蘭使館，自己躲了起來，托人把家眷送進德國醫院。
至此，討逆戰爭結束，從7月6日至12日，歷時6天，辮子軍被打死者僅70余人，討逆軍戰死20余人。
溥儀于7月12日宣布退位，復闢鬧劇就此收場。
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿態回到北京，北京歡迎總理者，何等火熾！段一進北京，立即謁見黎元洪，表示慰問，並下令緝拿民國叛逆張勛、康有為、萬繩鱏j熱恕
黎元洪立即發表通電宣布自己要去天津養病，從此以後，隱居家園，不再過問政治。
黎元洪去職，馮國璋帶領1師兵力任代理大總統。馮任命親信將領李純調任江甦督軍，陳光遠調任江西督軍，作為樹援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督軍，請馮任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是據住長江中樞，抵制李陳；二是控制嶺南一帶，抵制滇粵。馮為直隸人，稱直系軍閥，段是安徽人，稱皖系軍閥。直皖軍閥為爭奪權力又開始斗法。
段祺瑞在梁啟超的協助下，國務院順利地通過了對德宣戰。所謂對德宣戰，並不是要真的出兵參戰，而是以參戰為名向日本借款。用大借外債充作軍餉，擴充實力，實行武裝統一。
財政總長梁啟超頗為段祺瑞賣力，他見段對舊國會耿耿于懷，深不願舊國會之恢復，在舊國會已解散、新國會尚未成立之際，建議召集臨時參議院代行國會職權。這個建議深合段意。于是，國務院在致各省的敬電中說，國會業經解散，斷無重新召集之理，有參議院行使立法職權，那無異于國會之存在。
段祺瑞不以民主選舉而由地方當局指定臨時參議院議員的手段，造成一個由他個人控制的臨時立法機關。這一做法，受到孫中山和西南各省軍閥的反對，形成了護法斗爭。
孫中山在袁世凱死後，抱著息事寧人的態度，表示願與段祺瑞合作，特派中華革命黨人蕭萱和葉夏聲到北京，征詢段對處理反袁戰爭善後問題的意見，並主動提出收束中華革命黨的軍隊。與此同時，孫中山電令國內各地中華革命軍罷兵息戰，實現國內和平，一切俟法律解決。他分別致電山東的居正和廣東的朱執信說︰“袁死政局一變，我宜按兵勿動，候商黎大總統解決。”孫中山確定了“召開國會”、“息紛爭，事建設”、“固國體”的方針。
國會在北京恢復後，黎元洪電請孫中山北上，並聘請孫中山為高等顧問，孫辭謝。孫中山對全黨宣示今後方針曰︰“約法既復，黎總統為依法繼承之人，故相勸罷兵，示仗義者非為權利而動，至今後對于政府、國民監督指導，則其責任有不容逶避者。”
當時，中華革命軍分布在山東、福建、廣東、四川等省，有一定的實力。中華革命軍將領和一些志願從事反袁的華僑，對孫中山立即結束軍事行動並解散革命軍隊持有異議。但孫中山力排眾議，一再發出立即收束的命令。對少數抵觸情緒較大的中華革命軍將領，孫中山甚至采取了強硬的態度。他電告在山東的中華革命軍東北軍總司令居正說︰“各軍如不依令解散，即脫離關系。”對于華僑戰士，孫中山則反復勸諭說︰“假如今日軍隊不解散，其數不過10萬，華僑隊不過千數百人，其力未必能謂之無敵。惟以心力護此共和，則效力遠勝于武力。”
孫中山還派廖仲愷、許崇清、蔣介石等人從上海乘輪船赴山東濰縣，向中華革命軍東北軍傳達孫中山“罷兵”之意，與居正等人面商軍隊收束各事。孫中山命夏重民率華僑討袁敢死先鋒隊從山東濰縣撤往上海徐園。孫中山親往徐園慰問華僑敢死先鋒隊全體同志，發表演說，並設宴為歸國從軍華僑洗塵，以表中華革命黨酬謝諸君之熱心。
幾百名敢死先鋒隊員需要一筆遣散費，而中華革命黨財政部又缺款。孫中山命廖仲愷向各方籌借款項，得南洋煙草公司經理簡照南捐助3萬元，孫中山又賣掉了自己的那部小汽車，才湊足此數，每人發300元遣散旅費。廖仲愷將加拿大的華僑討袁敢死隊員馬湘薦給孫中山作衛士。
在孫中山的督促下，居正等赴濟南，與山東督軍張懷芝和北京政府代表商定編遣中華革命軍東北軍事宜。不久，中華革命軍東北軍在濰縣、高密、昌東等地交槍，由北京政府和山東督軍派人編遣。
在廣東，中華革命軍有3個軍，數萬人。孫中山多次致電朱執信遣散軍隊。數月間，廣東的中華革命軍煙消雲散，想留在軍中學習軍事的華僑同志，也被孫中山勸回南洋各埠。
陳炯明的討逆共和軍也被編遣。但陳明炯提出︰“個人放棄兵權，部隊不能遣散。”他是個久掌軍權的人，深知保重軍隊的重要性。因此，他在交出軍隊時，謀取隱保軍隊之策，希望時機到來，再把軍隊拉出來，樹旗立寨。
陳炯明派親信馬育航、鐘景棠等人去廣州，與廣東省省長朱慶瀾談判，以“軍中多屬粵省退伍軍官，略事改編，即成勁旅，較重新征募訓練，事半功倍”為理由，要求把討逆共和軍全部改編為正式陸軍。朱是北洋派官僚，與桂系軍閥素無交往，和南方國民黨人卻有些交情。而且他初到廣東，毫無基礎，需要拉攏地方勢力，收編軍隊以鞏固自己的地位。陳炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱慶瀾將討逆共和軍汰弱留強，編為省警衛軍20營，歸朱慶瀾管轄，分兵駐守東江各屬。這樣，陳炯明部隊就借“警衛軍”這一合法外衣保存下來，這支部隊基本上仍在陳炯明的老部下洪兆麟、羅紹雄、熊略等人的控制下。到後來孫中山在廣州組建中華民國軍政府時，這支部隊成為援閩粵軍的基本力量。
在四川、福建的中華革命軍，也都結束了軍事行動，並相繼解散。
不僅中華革命軍完全收束，就是中華革命黨，也宣布停止活動。孫中山指示中華革命黨本部向各地支部發出通告，宣布不僅收束軍事，一切黨務亦應停止。
孫中山認為執法者已贊成共和，中國已具備了從事和平建設的環境，“破壞既終，建設方始”。孫中山為了向國人表示從事和平建設的決心，宣布從此不再過問國事。這和當時進步黨人、國民黨穩健派標榜的“不黨主義”相仿。
孫中山為了表示與北京政府合作的誠意，接受了黎元洪頒授的大勛位，並在上海寓所舉行了正式接受大勛位的儀式。他多次鼓勵在上海的國民黨議員北上，以便組織一個好國會，制定一部好憲法。他在歡送國會議員北上的茶話會上，向全世界公開提出以“地方自治為建國基礎”的政治主張。
國會議員北上後，孫中山游歷杭州、紹興、寧波等地，行蹤所至，無不發表講演，鼓吹地方自治和直接民權。孫中山的這一救國方案，仍是以美國為模式的資產階級政治制度。他認為，學習美國、瑞士等國家實行地方自治的制度，便能建設真正的共和，使民國名實相符。孫中山的這一設想，並不合中國國情，因為中國沒有實行資產階級民主制度的條件，所謂地方自治，只能是地方軍閥割據和專政。
孫中山密切注視著北京“府院之爭”的演變和督軍團禍亂以及張勛復闢的表演，看到了建立護法政府的必要性和緊迫性。隨著國會第二次被解散，中華民國名存實亡。奸賊當權，國家遭殃。而民主政治的歷史潮流不可阻擋，國人不能容羿、浞、莽、操之徒竊據大位，時勢迫亟，民國不可一日無主。他通電號召兩院議員全體南下，自由集會，以存正氣，以振國紀。並派劉成禺、符夢松北上歡迎，汪精衛則駐滬招待南下議員。孫中山曾一度考慮以上海為護法根據地。但上海是帝國主義和封建頑固勢力集中之地，外交問題十分棘手；那里的政學會分子又是非不辨，不願與他合作共事，復闢勢力的暗流或隱或現，蠢蠢欲動；護法力量很難發展。因此，他毅然放棄上海而選擇廣東為護法根據地。孫中山在上海幾次與海軍總長程璧光磋商，希望海軍也參加護法行列。
程璧光原是孫中山的朋友，老興中會會員，即表示願同孫中山一起護法。
程璧光在6月5日離開北京前，夜訪伍廷芳，探詢他對時局的看法。伍回答說︰“國事至此，若圖挽救，非一手一足之烈。孫中山、唐紹議、岑春 三君雖在野，未嘗一日忘國事，現皆居滬。君抵滬，必與計議，國事可為也。”
程璧光于6月9日抵滬，拜會孫中山。孫中山促其即行出師討逆，勿以經費為慮。23日，孫中山與唐紹儀、岑春 聯名宴請程璧光于上海靜安寺路哈同花園。27日，孫中山派人送銀行支票30萬元給程，以作護法軍餉之用。7月4日，程璧光發表討賊檄文，痛斥張勛復闢的狼子野心，宣稱即日出師，揮戈北上。孫中山即在上海召集重要會議，決定率領海軍南下廣州，建立護法政府。孫中山把西南六省看作是“民國干淨土”，認為“默觀時勢，江河流域已為荊棘之區。惟西南諸省擁護共和，歡迎國會”。張勛在北京復闢期間，廣東省長朱慶瀾派人到上海邀請孫中山組織軍政府，而駐粵滇軍將領張開儒也通電主張遷都廣州，認為“國都既陷，政無所出。
維今大計，速遷政府，設置地點，廣州為宜”。
中華革命黨討袁軍事斗爭結束後，已停止在華僑中籌款，孫中山決定南下護法時，經濟上極為困絀，為了進行護法斗爭，孫中山于1917年6月19日以總理名義通告中華革命黨海外各支分部，就地恢復籌助軍餉等工作。孫中山以個人名義向德國駐上海領事及上海德國猶太人、富商哈同借款140萬元，解決南下廣州護法的燃眉之急。
7月6日，孫中山偕夫人宋慶齡率海琛、應瑞艦離滬赴粵，章太炎、朱執信、陳炯明等同行。他們于10日抵汕頭，13日，孫中山派章太炎先到廣州接洽。
7月17日，孫中山等到達虎門，旋改乘江固艦抵黃埔，廣東督車陳炳 、省長朱慶瀾等前往江邊迎接。
