國初循前代之制，以昭文館、史館、集賢院為三館，通名之曰崇文院。直館至校勘通謂之館職，必試而後命；不試而命者，皆異恩與功伐，或省府監司之久次者。元豐官制行，盡以三館職事歸秘書省，省官自監少至正字皆為職事官。至元佑中，又舉試學士院入等者，命以為校理、校勘，供職秘書省；若秘書省官，則不試而命。至于進擢之異，待遇之渥，資任之優，選除之遴，簡書之略，蓋不與他司等也。
端拱元年五月辛酉，詔置秘閣于崇文院中堂。按《六典》，秘書省中外三閣，掌典圖書，古今文字皆在禁中。兩漢或徙金馬門外，歷代不常其處。唐季亂離，中原多故，儒雅之風，幾將墜地。故百王之書，蕩然散失，蘭台延閣，空存名號。上崇尚儒術、屢下明詔，訪求 書，四方文籍，往往而出，未數年間，已充 于書府矣。至是，乃于史館建秘閣，仍選三館書萬余卷以實其中，及內出古畫墨跡藏其中。凡史館先貯天文、佔候、讖緯、方術書五千十二卷，圖畫百十四軸，盡付秘閣。有晉王羲之、獻之、庾亮、蕭子雲、唐太宗、明皇、顏真卿、歐陽詢、柳公權、懷素、懷仁墨跡，顧愷之畫維摩詰像、韓干馬、薛稷鶴、戴崧牛及近代東丹王李贊華千角鹿、西川黃筌白兔，亦一時之妙也。
淳化元年八月，李至等言︰「王者藏書之府，自漢置未央宮，即麒麟、天祿閣在其中。命劉向、揚雄典校，皆在禁中，謂之中書，即內庫書也。東漢藏之東觀，亦在禁中也。至桓帝，始置秘書監掌禁中圖書秘記，謂之秘書。及魏分秘書為中書，而秘書監掌藝文圖籍之事。後以秘書屬少府，故王肅為秘書監，表論不應屬少府，以為魏之秘書即漢之東觀，因是不屬少府。而蘭台亦有所藏之書，故薛夏雲蘭台為外台，秘書為內閣。然則秘閣之書，藏之于內明矣。晉、宋以還，皆有秘閣之號，故晉孝武好覽文藝，敕秘書郎徐廣典秘書閣，輯四部三萬余卷。宋謝靈運為秘書監，補秘閣之遺逸。齊末兵火延燒秘閣，經籍遺散。梁江子一亦請歸秘閣觀書。隋寫秘閣之書，分為三品，于觀文殿東西廊貯之。然則秘閣之設，其來久矣。及唐開元五年，亦于干元殿東廊寫四庫書以充內庫，命散騎常侍褚無量、秘書監馬懷素總其事。至十三年，乃更為集賢殿，因置集賢書院。雖沿革不常，然秘閣之書皆置于內也。自唐室陵夷，中原多故，經籍文物，蕩然流離，近及百年，斯道幾廢。國家承衰弊之末，復興經籍，三館之書，訪求漸備。館內復建秘閣，以藏奇書，總 經之博要，資乙夜之觀覽，斯實出于宸心，非因 下之議也。況睿藻宸翰，盈編積簡，則其奧秘非復與 司為比。然自建置之後，寒暑再周，顧其官司，未詳所處。乞降明詔，令與三館並列。至于高下之次，先後之稱，亦昭示明文，著為定式。其秘書省既無書籍，原隸京百司，諸如舊制。」詔曰︰「朕肇興秘府，典掌 書，仍選名儒，入直于內。文籍大備，粲然可觀，處中禁以宏開，非外司之為比。自今秘閣宜次三館，其秘書省依舊屬京百司。」
淳化三年五月，詔增修秘閣。先是，度崇文院之中堂為秘閣之址，而層宇未立，書籍止置偏廳廡內。至是始修之，八月閣成。景德四年五月，詔分內藏西庫地廣秘閣。
