大中祥符七年二月，徙起居院。為禮儀院故也。
大中祥符八年，榮王宮火，焚及崇文院。命翰林學士陳彭年檢討建置館閣故事。彭年言︰「唐中書、門下兩省，宮城之內有內省，宮城之外有外省。今欲據秘閣舊屋宇間數，重修為內院，奉安太宗聖容及御書額，置供御書籍、天文禁書、圖畫；其四廊並充書庫，及史館日歷庫。至館閣直官、校理宿直；校勘及抄寫書籍、雕造印版，並就外院，即于左右掖門外近便處修蓋，仍別置三館書庫。其三館書籍名目，候將來分擘正副本，取便安置。」從之。上以內廷火禁甚嚴，而館閣 臣更直寓宿，寒冱之月，飲食非便，因命有司檢討故事而行之。崇文外院既置于左右掖門外，遂以舊地還內藏。
天聖中，祠部員外郎直集賢院謝絳言︰「唐室麗正、史官之局，並在大明、華清宮內。太宗肇修三館，更立秘閣于升龍門左，親飛白題額，作贊刻石于閣下。景德中，圖書��廣，大延天下英俊之士，乃益以內帑西庫。二聖因子臨幸，親加勞問，遞宿廣內，有不時之召。人人力道術，究藝文，知天子尊禮甚勤，而名臣高位繇此其選也。往者延燔之後，簡編略盡，訪求典籍，是正疑文，而筆工坌集；有司引兩省故事，別創外館，以從繕寫考校之便。然直舍卑喧，民欄叢接，大官衛尉，供擬滋削，非先朝所以隆儒育才之本意。願開內館，以恢景德之制。」從之。
天聖九年十一月，徙三館于左升龍門外。嘉佑四年，還崇文院于禁中。內藏庫請以前十三間與三館，詔從之。元豐六年，復以還內藏庫。元佑二年，既復置館職，在省凡二十余員，遂以大慶殿中朝服法物庫與內藏庫，而嘉佑所廣十三間復以歸秘書省，于是遂定。
政和中，新作明堂于皇城之東隅，遷左藏庫于天漢橋之東北。又度地于端門之東南、馳道之左、橫街之南為秘書省。方棟宇未成，遷秘書省于西府之空位。空位二相屬，前位居省官與秘閣四庫之書，古畫、器物咸在；後位為著作局編修會要所。宣和三年，新省成。欞星門東向，在景靈宮東北門少西，殿門南向，中為右文殿。殿之後為道山堂，堂之後為監、少直舍。直舍之後為著作局，局有廳，有直舍、書庫、吏舍，周以兩廡。右文殿東廡便門之東，秘閣在焉。秘閣之後為提舉官廳事，廳事之後為提舉官直舍，直舍之後為編修會要所。書局旋罷，不果入。秘閣之南為丞、郎直舍，直舍之南為提舉三館秘閣官廳事，周以四廡，校、正直舍與吏舍、書庫等在焉。朱碧輝煥，棟宇宏麗，上鄰清都，為京城官府之冠。
